一种基于信息熵的基因序列数字化实现方法及系统

    公开(公告)号:CN109903812A

    公开(公告)日:2019-06-18

    申请号:CN201910133090.4

    申请日:2019-02-22

    Abstract: 本发明公开了一种基于信息熵的基因序列数字化实现方法及系统。其中,所述方法包括:输入脱氧核糖核酸DNA序列,设定滑动窗口的长度l及子串长度n,和根据该设定的滑动窗口的长度l,从该输入的脱氧核糖核酸DNA序列的第一个碱基开始,步长为1,和计算该设定的滑动窗口内的给定子串长度下的拓扑熵大小,赋值给该设定的滑动窗口内的碱基,和重复计算该设定的滑动窗口内的给定子串长度下的拓扑熵大小,赋值给该设定的滑动窗口内的碱基,直到到达该输入的脱氧核糖核酸DNA序列的最后一个碱基位置,和输出得到同该输入的脱氧核糖核酸DNA序列长度的数字序列。通过上述方式,能够实现预测基因序列中的外显子区域。

    基于图神经网络的基因模块挖掘方法、装置、计算机设备

    公开(公告)号:CN113611366B

    公开(公告)日:2022-04-29

    申请号:CN202110854545.9

    申请日:2021-07-26

    Abstract: 本发明公开了一种基于图神经网络的基因模块挖掘方法、装置、计算机设备。其中,所述方法包括:根据基因表达谱数据,构造基因共表达网络,和基于该构造的基因共表达网络,通过图神经网络方式,配置社区隶属度矩阵,以及基于该配置的社区隶属度矩阵,通过设定阈值的方式,生成已知模块。通过上述方式,能够实现通过图神经网络表示学习的方式配置社区归属矩阵,再通过设定阈值的方式生成已知模块,实现在基因模块挖掘结果上能够允许有密集连接的多个基因可归属于不同的模块。

    用于疾病预测的异质图表示方法、装置、设备及存储介质

    公开(公告)号:CN114141375A

    公开(公告)日:2022-03-04

    申请号:CN202111504144.7

    申请日:2021-12-10

    Abstract: 本发明公开了一种异质图表示方法、异质图表示设备、移动设备及存储介质,该方法包括:基于元路径将同一向量空间的异构图转化为同构图,各个同构图的节点类型与其源节点相同;对所述同构图的每个节点的子图进行分解,获得多个因子图;采用双注意力机制对所述多个因子图进行邻居信息聚合,并拼接聚合后的特征信息,获得元路径的节点特征向量;对不同元路径的节点特征向量进行融合,获得异构图节点的节点嵌入。由此,将异构图转化为同构图后,对节点的子图进行分解获得大量的因子图,并通过双注意力机制对因子图进行邻居信息聚合,以获得该异构图的节点嵌入,进而得到了异构图全面、准确的信息,提高了机器学习中基于少量数据的信息提取的准确性和全面性。

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