公开(公告)号：CN106676099B

公开(公告)日：2019-07-02

申请号：CN201611193343.X

申请日：2016-12-21

Applicant: 中国水稻研究所

Inventor： 王克剑 ,  刘庆

IPC: C12N15/10 ,  C40B50/06

CPC classification number: C12N15/1093 ,  C40B50/06

Abstract: 本发明提供了一种构建简化基因组文库的方法及试剂盒。该方法包括：利用第一对引物对全基因组进行非特异性扩增，得到随机扩增片段；利用第二对引物对随机扩增片段进行特异性扩增，得到简化基因组文库。该方法利用非特异性扩增在基因组上存在随机性的特点，无需高质量或高浓度的DNA，无需繁琐的酶切建库步骤，只需要对样本DNA进行简单的PCR反应，可以随意选择目标片段。通过简单更改PCR退火温度或引物序列就可以灵活控制目标片段在全基因组的覆盖区域。该方法步骤简捷易行、灵活度高、成本较低，而且测序结果准确性高。

公开(公告)号：CN108456685A

公开(公告)日：2018-08-28

申请号：CN201810389985.X

申请日：2018-04-27

Applicant: 中国水稻研究所

Inventor： 王玲 ,  黄世文 ,  刘庆 ,  刘连盟

IPC: C12N15/31 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/04

CPC classification number: C07K14/37 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6895 ,  C12Q2600/16 ,  C12Q2537/143

Abstract: 三种产生伏马毒素镰刀菌小种的特异基因及其应用，属于分子生物学领域。本发明一方面公开了三种产生伏马毒素镰刀菌小种的特异基因序列，另一方面公开了三种产生伏马毒素镰刀菌小种的特异基因在检测水稻穗腐病菌中的用途。本发明的优点在于，基于产生伏马毒素的三种镰刀菌的基因组序列信息中获得小种特定基因，通过小种特异的核酸序列检测病原菌，检测引物具有很好的特异性，能从目标菌株中扩增出特异大小的条带。本发明的特异基因、引物与检测方法可以用来快速、简便、准确区分引起水稻穗腐病的三种伏马毒素产毒菌株。

公开(公告)号：CN107368706A

公开(公告)日：2017-11-21

申请号：CN201710504178.3

申请日：2017-06-27

Applicant: 中国水稻研究所

Inventor： 王克剑 ,  刘庆 ,  王春

IPC: G06F19/22 ,  G06F19/28

CPC classification number: G06F19/22 ,  G06F19/28

Abstract: 本发明公开了一种测序数据结果分析方法和装置、测序文库构建和测序方法。其中，该方法包括：获取测序文库的测序数据结果，其中，测序文库包括混合的多个样本，每个样本对应一个标签序列组合，且不同样本对应的标签序列组合不同，其中，标签序列组合包括多个标签序列，测序数据结果为对混合的多个样本进行测序得到的测序片段集，测序片段集包括无序的多个测序片段；确定每个测序片段的标签序列组合；根据每个测序片段的标签序列组合确定其对应的样本。本发明解决了相关技术中的测序下机结果需要具有技术背景的科技工作人员进行人工辨别样本导致效率较低且成本较高的技术问题。

公开(公告)号：CN112226456B

公开(公告)日：2022-08-05

申请号：CN201910572754.7

申请日：2019-06-28

Applicant: 中国水稻研究所

Inventor： 王克剑 ,  王俊杰 ,  王春 ,  刘庆

IPC: C12N15/82 ,  C12N15/85 ,  C12N15/90 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46 ,  C12N9/22

Abstract: 本发明公开了一种在染色体上定点产生遗传重组的方法。该方法通过敲除/RNAi等方法使得生物体减数分裂过程中DSB产生相关蛋白的功能受到阻碍，同时以减数分裂时期特异表达基因的启动子驱动产生DSB的外源蛋白表达，在染色体上特异位点产生DSB，通过生物体自身修复机制发展成CO，实现定点遗传重组。本发明尤其能够在重组冷点、盲点等引入遗传重组，打破基因之间的强连锁，加速优良性状聚合，剔除不利性状，使得育种过程更加高效，对于生物新品种培育有重大的应用价值。

公开(公告)号：CN112226456A

公开(公告)日：2021-01-15

申请号：CN201910572754.7

申请日：2019-06-28

Applicant: 中国水稻研究所

Inventor： 王克剑 ,  王俊杰 ,  王春 ,  刘庆

IPC: C12N15/82 ,  C12N15/85 ,  C12N15/90 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46 ,  C12N9/22

Abstract: 本发明公开了一种在染色体上定点产生遗传重组的方法。该方法通过敲除/RNAi等方法使得生物体减数分裂过程中DSB产生相关蛋白的功能受到阻碍，同时以减数分裂时期特异表达基因的启动子驱动产生DSB的外源蛋白表达，在染色体上特异位点产生DSB，通过生物体自身修复机制发展成CO，实现定点遗传重组。本发明尤其能够在重组冷点、盲点等引入遗传重组，打破基因之间的强连锁，加速优良性状聚合，剔除不利性状，使得育种过程更加高效，对于生物新品种培育有重大的应用价值。

公开(公告)号：CN110910959A

公开(公告)日：2020-03-24

申请号：CN201911068002.3

申请日：2019-11-04

Applicant: 中国水稻研究所

Inventor： 王克剑 ,  刘庆 ,  孙亭亭 ,  王春 ,  焦晓真

IPC: G16B30/10 ,  G06F16/36

Abstract: 本发明提供了一种群体遗传进化图谱及其构建方法。该构建方法包括选择重组冷点区域；利用重组冷点区域的SNP位点构建系统进化树；对系统进化树进行聚类分析，确定物种之间的演化关系，从而获得群体遗传进化图谱。通过选取重组冷点区域(如着丝粒区域)的SNP位点进行系统进化树的构建，一方面由于重组发生率低，在亲本与子代之间稳定遗传，因而遗传进化关系明确，使得构建的系统进化树更准确，另一方面所选用的序列中SNP位点的数量相比全基因组序列的少，又较单倍型分析法中的SNP位点多和全面。因而，能够实现快速准确地构建系统进化树。