-
公开(公告)号：CN112967754B
公开(公告)日：2024-05-31
申请号：CN202110227797.9
申请日：2021-03-01
Applicant: 中国水稻研究所
IPC: G16B20/20 , G16B20/30 , G06F18/23 , G06F18/2431
Abstract: 本发明公开了一种估测生物分化时间的方法。其中，通过个体、群体与外类群的分子标记构建进化树，并且利用外类群作为进化树的根，确定群体内部的聚类以及分布；通过个体群体内部之间的分子标记差异，不同个体群体与外类群之间的分子标记差异的比值，结合个体、群体与外类群的分化时间，确定个体、群体的分化时间。不依赖于特定基因序列，可以利用全基因组按照某种要求得到的片段，计算分化时间；不依赖于位点的杂合状态，对于位点不同状态的核苷酸多态性，计算分化时间；不依赖于核苷酸多态性的继承，可以计算结点的分化时间；既可以计算群体，也可以计算个体的分化时间。
-
公开(公告)号：CN110910959B
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN201911068002.3
申请日：2019-11-04
Applicant: 中国水稻研究所
Abstract: 本发明提供了一种群体遗传进化图谱及其构建方法。该构建方法包括选择重组冷点区域；利用重组冷点区域的SNP位点构建系统进化树；对系统进化树进行聚类分析，确定物种之间的演化关系，从而获得群体遗传进化图谱。通过选取重组冷点区域(如着丝粒区域)的SNP位点进行系统进化树的构建，一方面由于重组发生率低，在亲本与子代之间稳定遗传，因而遗传进化关系明确，使得构建的系统进化树更准确，另一方面所选用的序列中SNP位点的数量相比全基因组序列的少，又较单倍型分析法中的SNP位点多和全面。因而，能够实现快速准确地构建系统进化树。
-
公开(公告)号：CN112967754A
公开(公告)日：2021-06-15
申请号：CN202110227797.9
申请日：2021-03-01
Applicant: 中国水稻研究所
Abstract: 本发明公开了一种估测生物分化时间的方法。其中，通过个体、群体与外类群的分子标记构建进化树，并且利用外类群作为进化树的根，确定群体内部的聚类以及分布；通过个体群体内部之间的分子标记差异，不同个体群体与外类群之间的分子标记差异的比值，结合个体、群体与外类群的分化时间，确定个体、群体的分化时间。不依赖于特定基因序列，可以利用全基因组按照某种要求得到的片段，计算分化时间；不依赖于位点的杂合状态，对于位点不同状态的核苷酸多态性，计算分化时间；不依赖于核苷酸多态性的继承，可以计算结点的分化时间；既可以计算群体，也可以计算个体的分化时间。
-
公开(公告)号：CN110910959A
公开(公告)日：2020-03-24
申请号：CN201911068002.3
申请日：2019-11-04
Applicant: 中国水稻研究所
Abstract: 本发明提供了一种群体遗传进化图谱及其构建方法。该构建方法包括选择重组冷点区域；利用重组冷点区域的SNP位点构建系统进化树；对系统进化树进行聚类分析，确定物种之间的演化关系，从而获得群体遗传进化图谱。通过选取重组冷点区域(如着丝粒区域)的SNP位点进行系统进化树的构建，一方面由于重组发生率低，在亲本与子代之间稳定遗传，因而遗传进化关系明确，使得构建的系统进化树更准确，另一方面所选用的序列中SNP位点的数量相比全基因组序列的少，又较单倍型分析法中的SNP位点多和全面。因而，能够实现快速准确地构建系统进化树。
-
-
-
Search Results
4
records
(took 0.021 seconds)
