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公开(公告)号：CN111354418A
公开(公告)日：2020-06-30
申请号：CN202010057500.4
申请日：2020-01-19
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提出了一种基于参考基因组注释文件的高通量测序技术动物tRFs数据分析方法，包括文件准备步骤、tRNA数据库整理步骤、GO、KEGG背景文件整理步骤、下机数据质控步骤、参考基因组比对步骤、tRFs比对注释步骤、差异tRFs分析步骤、靶基因预测及富集分析步骤、网页版报告整理步骤。本发明结果全面，包含涉及到的tRFs分析内容以及其靶基因预测，GO、KEGG富集分析以及对应的可视化展示；自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计，可视化，以及逻辑化归类整理，结果文件可直接用于生成网页版报告；所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析报错，会有对应的报错日志信息。
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公开(公告)号：CN111353283A
公开(公告)日：2020-06-30
申请号：CN202010057492.3
申请日：2020-01-19
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
IPC: G06F40/174 , G06F40/186 , G06F8/38
Abstract: 本发明提出了一种自动化报告生成方法，实现高度统一的报告输出，强化了风格统一类型。生成网页报告的同时，自动化生成word报告，word报告中自动插入链接，自动生成文档目录。生成的网页报告仅保存为单一文件，所以数据均存储在文件中，统一呈现，避免显示错误。网页报告中充满了各种交互式操作内容，可以非常方便客户进行结果查看。本发明还提出了一种自动化报告生成系统。
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公开(公告)号：CN116403640A
公开(公告)日：2023-07-07
申请号：CN202310304174.6
申请日：2023-03-27
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种同一组织外泌体miRNA和单细胞核转录组数据联合分析，以获取miRNA介导的细胞群调控网络的方法。通过鉴定单细胞核转录组数据中primarymiRNA及其在mRNA细胞类群中的表达数据，可获得上游细胞和miRNA关系对；通过关联外泌体miRNA表达数据、单细胞mRNA表达数据，可获得miRNA和下游细胞类型gene(mRNA)关系对；最后基于前两种方法结果和单细胞转录组细胞通讯数据，可构建完整上游细胞‑miRNA‑下游细胞功能互作调控网络，为鉴定特定miRNA的来源细胞类型以及下游调控细胞类型，明确不同细胞类型之间的互作与调控提供了数据支持。实现从实验到生物信息分析的同一组织外泌体miRNA测序分析及单细胞核测序分析的完整技术方案。本发明还公开了实现上述方法的系统及方法的应用。
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公开(公告)号：CN113066532B
公开(公告)日：2022-08-26
申请号：CN202110354949.1
申请日：2021-04-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提出了一种基于高通量测序技术的宿主中病毒来源sRNA数据分析方法，包括文件准备步骤、下机数据质控步骤、病毒参考基因组比对以及病毒sRNA注释步骤、病毒sRNA定量步骤、差异病毒sRNA分析步骤、宿主靶基因预测步骤、富集分析步骤、网页版报告整理步骤。本发明结果全面，包含涉及到的病毒sRNA分析内容以及其宿主靶基因预测，GO、KEGG富集分析以及对应的可视化展示；自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计、可视化以及逻辑化归类整理，结果文件可直接用于生成网页版报告，所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析有报错，会生成对应的报错日志信息。
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公开(公告)号：CN111353283B
公开(公告)日：2021-09-10
申请号：CN202010057492.3
申请日：2020-01-19
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
IPC: G06F40/174 , G06F40/186 , G06F8/38
Abstract: 本发明提出了一种自动化网页报告生成方法，实现高度统一的报告输出，强化了风格统一类型。生成网页报告的同时，自动化生成word报告，word报告中自动插入链接，自动生成文档目录。生成的网页报告仅保存为单一文件，所以数据均存储在文件中，统一呈现，避免显示错误。网页报告中充满了各种交互式操作内容，可以非常方便客户进行结果查看。本发明还提出了一种自动化报告生成系统。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN113066532A
公开(公告)日：2021-07-02
申请号：CN202110354949.1
申请日：2021-04-01
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提出了一种基于高通量测序技术的宿主中病毒来源sRNA数据分析方法，包括文件准备步骤、下机数据质控步骤、病毒参考基因组比对以及病毒sRNA注释步骤、病毒sRNA定量步骤、差异病毒sRNA分析步骤、宿主靶基因预测步骤、富集分析步骤、网页版报告整理步骤。本发明结果全面，包含涉及到的病毒sRNA分析内容以及其宿主靶基因预测，GO、KEGG富集分析以及对应的可视化展示；自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计、可视化以及逻辑化归类整理，结果文件可直接用于生成网页版报告，所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析有报错，会生成对应的报错日志信息。
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公开(公告)号：CN111524555A
公开(公告)日：2020-08-11
申请号：CN202010313064.2
申请日：2020-04-20
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
IPC: G16B40/30
Abstract: 本发明公开了一种基于人肠道菌群的自动化分型方法，采用LEfSe方式对聚类结果分组进行Biomarker筛选，然后确定具体肠型，结果全面，包含涉及到的聚类图、Biomarker筛选、肠型boxplot图展示，可自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计，可视化，而且，所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析报错，会有对应的报错日志信息。
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公开(公告)号：CN112634982B
公开(公告)日：2023-06-16
申请号：CN202011320196.4
申请日：2020-11-23
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明公开了一种筛选与研究目的相关的关键基因、关键蛋白集的方法，包括以下步骤：对不同组学数据内容，以差异基因/蛋白或差异基因/蛋白并集为总目标集，筛选出与研究相关的指标，根据所述指标的生物学意义进行赋值；使用一套支持自定义修改和权重设置的打分机制，对总目标集的各个指标进行综合打分；对综合打分的topN基因/蛋白，进行表达和功能上的复现和展示，根据结果返回验证筛选的准确性。本发明不仅可以通过筛选出的top目标集的表达和功能复现实现自我验证和自我完善，也可以通过目标筛选数据集的积累形成字典不断丰富和完善，从而使得整套方法更趋准确和可靠。
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公开(公告)号：CN111354418B
公开(公告)日：2023-02-10
申请号：CN202010057500.4
申请日：2020-01-19
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
Abstract: 本发明提出了一种基于参考基因组注释文件的高通量测序技术动物tRFs数据分析方法，包括文件准备步骤、tRNA数据库整理步骤、GO、KEGG背景文件整理步骤、下机数据质控步骤、参考基因组比对步骤、tRFs比对注释步骤、差异tRFs分析步骤、靶基因预测及富集分析步骤、网页版报告整理步骤。本发明结果全面，包含涉及到的tRFs分析内容以及其靶基因预测，GO、KEGG富集分析以及对应的可视化展示；自动整理所有分析结果，每一步分析完成之后自动对结果进行汇总统计，可视化，以及逻辑化归类整理，结果文件可直接用于生成网页版报告；所有操作步骤可以溯源，方便错误查询，如果分析报错，会有对应的报错日志信息。
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公开(公告)号：CN111370063B
公开(公告)日：2021-09-10
申请号：CN202010207692.2
申请日：2020-03-23
Applicant: 上海欧易生物医学科技有限公司
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提出了一种基于Pacbio数据的MSI微卫星不稳定性检测方法，包括以下步骤：步骤一：测序错误的校正，利用ccs软件将Pacbio测序结果的subreads校正为CCS序列，min‑passes>＝10；步骤二，检测MSI‑PCR上下游引物的位置，并提取产物序列；步骤三，根据MSI核心区域旁邻20bp的特异性序列，进一步提取产物序列中的核心序列；步骤四，旁邻特异性序列是反向比对的，需要对核心序列进行反向互补转化；步骤五，根据给定的microsatellite motif，检测产物序列或核心序列中motif的重复次数以及motif之间的嵌合序列；步骤六，筛选重复次数>＝3的motif，保留它们之间的嵌合序列，作为MSI序列；步骤七，统计全部MSI序列的频次和频率，过滤频率小于5％的MSI序列；考虑到肿瘤的异质性，肿瘤组织样本可以放宽过滤阈值。
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