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公开(公告)号：CN118581135A
公开(公告)日：2024-09-03
申请号：CN202410726071.3
申请日：2024-06-06
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明提供了一种杨树CDPK6基因在林木育种中的应用。通过在杨树中过表达CDPK6基因可以获得材质优良的杨树植株。通过检测植株中CDPK6基因的表达水平可以预测杨树植株的发育状况。本发明还提供了一种杨树CDPK6基因，所述基因序列如SEQ ID NO：1所示或者所编码的蛋白序列如SEQ ID NO：2所示。本发明还提供了一种调控杨树茎部木质部细胞壁厚度和/或木质部细胞层数的方法，以及该方法所用到的转化载体、引物和菌株。本发明首次揭示了CDPK6基因在促进杨树木质部细胞壁增厚的应用特征，在杨树材性相关遗传改良中具有重要意义。
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公开(公告)号：CN113234848A
公开(公告)日：2021-08-10
申请号：CN202110578666.5
申请日：2021-05-26
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了与杨树气孔形态、光合效率相关的分子标记，所述分子标记为SNP标记，其位于杨树基因组ZCWCC3基因下游第3140位碱基处，具有C/T多态性，其中，分子标记的基因型为CC的杨树个体，具有较大的气孔宽度、气孔长宽比及较高的光合效率；分子标记的基因型为TT的杨树个体，具有较小的气孔宽度、气孔长宽比及较低的光合效率。本发明提供的分子标记，功能明确、效应显著，可直接应用于杨树的分子标记辅助育种，且具有环境适应性，适用于区域育种和气候适应育种。本发明还提供了用于扩增所述分子标记的引物对、分子标记的应用、杨树遗传改良方法和预测杨树气孔形态、光合效率的系统，为杨树的分子标记辅助选择育种提供了重要基础。
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公开(公告)号：CN113025741A
公开(公告)日：2021-06-25
申请号：CN202110255234.0
申请日：2021-03-09
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明公开了一种改善杨树木材品质的单体型‑上位性位点聚合育种模块，所述聚合育种模块包括1个单体型分子标记和1个上位性分子标记，其中，所述单体型分子标记由标记1、标记2、标记3、标记4组合而成，均位于杨树ALG14基因内，所述上位性标记为SNP标记，位于杨树IRX15‑L基因上游第980位碱基处。本发明公开的改善杨树木材品质的单体型‑上位性位点聚合育种模块，可在杨树幼苗期实现优良品种的早期选育，显著促进杨树的育种进程。本发明还公开了用于检测上述标记的引物组、试剂盒及其应用、改善杨树木材品质的方法，能够在分子水平对杨树的4种木材重要品质性状做出精准评价，提高单位时间内育种群体的木材品质。
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公开(公告)号：CN111863127A
公开(公告)日：2020-10-30
申请号：CN202010690681.4
申请日：2020-07-17
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明涉及一种构建植物转录因子对靶基因遗传调控网络的方法，属于分子遗传学技术领域。获得植物待测转录因子在群体中每一个体的SNP基因型数据、植物待测转录因子在群体中每一个体的特定组织的表达量数据和植物待测候选靶基因在群体中每一个体的相同组织的表达量数据后；确定与候选靶基因表达量显著关联的SNP；确定与待测转录因子表达量高度相关的候选靶基因；当同时满足确定条件时，表明待测转录因子调控了候选靶基因表达，可依此构建转录因子对靶基因的遗传调控网络。本发明所述方法可高通量、精准鉴定植物转录因子与下游靶基因的调控关系，构建转录因子对靶基因的遗传调控网络。
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公开(公告)号：CN118086473A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202410223669.0
申请日：2024-02-28
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/686 , C12Q1/6869 , C12N9/22 , C12N15/113
Abstract: 本发明公开了一种基于原生质体高通量筛选林木CRISPR/Cas基因编辑系统候选靶点的方法，属于分子生物学技术领域。本发明提供了一种高通量筛选林木CRISPR/Cas基因编辑系统候选靶点的方法，包括将多个候选靶点构建到表达Cas蛋白的骨架载体中并提取质粒；分离林木原生质体，利用提取的质粒进行瞬时转化；提取经瞬时转化的原生质体DNA，根据靶点区域设计特异性引物，利用PCR扩增，结合Hi‑TOM高通量系统评价多个候选靶点的编辑效率。本发明将高通量平台Hi‑TOM系统与原生质体瞬时转化进行结合，能够快速筛选精准、高效的靶点。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN117737215A
公开(公告)日：2024-03-22
申请号：CN202311761727.7
申请日：2023-12-20
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6895 , C12N15/82 , A01H6/26 , A01H5/00 , G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种快速评价植物CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，属于基因编辑技术领域。本发明提供了一种计算植物全基因组CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，包括：1)选择参考基因组；在目标基因的CDS范围内筛选出最佳基因编辑靶点，并全基因组扫描每个靶点的潜在靶向位点；2)制备原生质体样品，开展基因编辑原生质体瞬时转染，对其DNA文库进行高通量测序；3)将测序数据比对到参考基因组上，提取出靶点区域及潜在脱靶位点区域；4)对每条reads进行分型，并进行统计；5)计算靶点编辑效率。本发明方法可以快速高效地在全基因组水平检测每个靶点的基因编辑效率，具有实用价值和广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN109545278B
公开(公告)日：2020-07-28
申请号：CN201811549079.8
申请日：2018-12-18
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B20/00 , G16B30/00 , C12Q1/6895
Abstract: 本发明提供了一种鉴定植物lncRNA与基因互作的方法，涉及分子遗传学技术领域，包括获得lncRNA与基因的群体SNP基因型数据；获得基因在所研究组织的群体表达量数据；获得目标性状群体表型数据；将群体SNP基因型数据与目标性状群体表型数据关联分析；将群体SNP基因型数据与群体表达量数据关联分析；计算群体SNP基因型数据与所述目标性状群体表型数据的相关性系数r；当同时满足3个限定条件时，表明lncRNA与基因有相互作用，共同影响植物目标性状的表型变异。采用该方法准确检测毛白杨lncRNA LNC‑0052611与基因Pto‑COMT25之间存在互作关系，且该互作关系影响了毛白杨胸径的表型变异。
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公开(公告)号：CN106997429B
公开(公告)日：2019-12-03
申请号：CN201611198893.0
申请日：2017-02-17
Applicant: 北京林业大学
IPC: G16B15/30
Abstract: 本发明涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，属于分子遗传技术领域。本发明提供的林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法包括以下步骤：1)获得林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对所述步骤3)中的lncRNA及二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系。本发明预测方法能够高效、稳定地检测lncRNA及其靶基因的作用区段，并且能够显著提高林木lncRNA靶基因预测的准确性。
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公开(公告)号：CN109402285A
公开(公告)日：2019-03-01
申请号：CN201811332420.4
申请日：2018-11-09
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种基于全基因组DNA甲基化位点基因型的分型方法，涉及植物分子育种技术领域，包括提取相同组织样品的基因组DNA；建立重亚硫酸盐处理的DNA文库，再进行测序，根据测序结果鉴定每个样品的DNA甲基化位点，计算甲基化支持率，根据甲基化位点的DNA甲基化支持率进行基因型分型。本发明提供的方法能够实现DNA甲基化位点等位基因型分型，而且本发明提供的分型方法是在相同时间点采取群体内不同个体的同一组织，可以排除环境效应以及生长状态对DNA甲基化状态的影响。本发明提供的方法利用高通量测序技术方法，对DNA甲基化位点的基因型进行精准分型。
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公开(公告)号：CN106997429A
公开(公告)日：2017-08-01
申请号：CN201611198893.0
申请日：2017-02-17
Applicant: 北京林业大学
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，属于分子遗传技术领域。本发明提供的林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法包括以下步骤：1)获得林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对所述步骤3)中的lncRNA及二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系。本发明预测方法能够高效、稳定地检测lncRNA及其靶基因的作用区段，并且能够显著提高林木lncRNA靶基因预测的准确性。
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