公开(公告)号：CN117737215A

公开(公告)日：2024-03-22

申请号：CN202311761727.7

申请日：2023-12-20

Applicant: 北京林业大学

Inventor： 张德强 ,  黄伟雄 ,  齐薇娜 ,  权明洋

IPC: C12Q1/6869 ,  C12Q1/6895 ,  C12N15/82 ,  A01H6/26 ,  A01H5/00 ,  G16B20/20

Abstract: 本发明公开了一种快速评价植物CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，属于基因编辑技术领域。本发明提供了一种计算植物全基因组CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，包括：1)选择参考基因组；在目标基因的CDS范围内筛选出最佳基因编辑靶点，并全基因组扫描每个靶点的潜在靶向位点；2)制备原生质体样品，开展基因编辑原生质体瞬时转染，对其DNA文库进行高通量测序；3)将测序数据比对到参考基因组上，提取出靶点区域及潜在脱靶位点区域；4)对每条reads进行分型，并进行统计；5)计算靶点编辑效率。本发明方法可以快速高效地在全基因组水平检测每个靶点的基因编辑效率，具有实用价值和广泛的应用前景。