公开(公告)号：CN120015136A

公开(公告)日：2025-05-16

申请号：CN202411949750.3

申请日：2024-12-27

Applicant: 大连理工大学

Inventor： 栾雨时 ,  吕睿丽 ,  王政杰 ,  刘亚荣 ,  李琰 ,  朱嘉璇

IPC: G16B50/00 ,  G16B20/00 ,  G06F16/16

Abstract: 本发明涉及植物基因组学、生物信息学领域，具体涉及一种番茄多肽基因组数据库及其索引文件的构建方法。番茄多肽基因组数据库的构建方法包括：S1.将番茄多肽基因组拆分；S2.对S1得到的多个染色体进行六框翻译；S3.将S2得到的多个氨基酸序列进行组合，得到番茄多肽基因组。番茄多肽基因组数据库索引文件的构建方法包括(1)提取S2得到的多个氨基酸序列的长度、名称和氨基酸排列；(2)合并提取的多个氨基酸序列的长度、名称和氨基酸排列信息，并按照6个阅读框进行拆分；(3)运行自写脚本，根据每条氨基酸的长度计算其核苷酸的位置，并输出bed文件。本发明通过构建番茄多肽基因组及索引文件，为番茄非编码肽的挖掘提供了新的思路，对番茄分子育种有着重要意义。

公开(公告)号：CN112251526A

公开(公告)日：2021-01-22

申请号：CN202011047766.7

申请日：2020-09-29

Applicant: 大连理工大学

Inventor： 栾雨时 ,  刘亚荣 ,  宿承璘

IPC: C12Q1/6895 ,  C12N15/29 ,  C12N15/70 ,  C12N15/11 ,  C12N1/21 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明提供一种由番茄miR172a初级体编码小肽miPEP172a的预测、鉴定方法，包括以下步骤：S1、前体序列设计引物1；S2、以野生型番茄早粉2号的DNA以及cDNA为模板提取总RNA，并作为模板反转录合成cDNA，再以番茄为模板用引物2进行PCR扩增；S3、筛选鉴定；其原核表达方法包括以下步骤：S1.构建原核表达载体；S2.用重组表达质粒转化大肠杆菌感受态细胞；S3.转化大肠杆菌；S4.接种于卡纳霉素培养基，然后诱导。本发明提出的鉴定预测方法解决了当前对miRNA初级体所编码小肽筛选方法的成本问题，使小肽的快速、低价鉴定成为可能；本发明提出的原核表达方法，显著降低了小肽的合成成本，操作简单，对小肽的大量生产应用具有重要价值。