一种基于16S rDNA全长高通量测序检测根际细菌群落的方法

    公开(公告)号:CN112251503A

    公开(公告)日:2021-01-22

    申请号:CN202010185817.6

    申请日:2020-03-17

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明是一种基于16S rDNA全长高通量测序检测根际细菌群落的方法,由以下步骤构成:1.采集不同基因型植物在各发育时期的根区外土壤(作为系统对照)及根际土壤;2.从各样品土壤中提取微生物总DNA;3.用双标签引物法做PCR扩增上述总DNA中16S rDNA全长片段以构建文库;4.对合格文库用PacBio Sequel II平台进行CCS模式测序;5.得到纯净的成对READS后拼接,每样品产出至少1万条有效TAG用于聚类成可操作分类单元;6.据系统对照,准确测定各样品根际土壤细菌群落组成、结构、多样性、相对丰度显著性分析,并比较不同植物之间的异同。

    一种药用天然产物的硬紫草转基因毛状根株系及其制备方法

    公开(公告)号:CN104450772A

    公开(公告)日:2015-03-25

    申请号:CN201410657429.8

    申请日:2014-11-18

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明属于植物生物技术领域,具体涉及一种药用天然产物的硬紫草转基因毛状根株系及其制备方法。该株系首先通过克隆一个硬紫草中的关键转录因子基因(LeMYC)并构建其植物过表达载体,然后将该载体转入发根农杆菌ATCC15834后,侵染硬紫草的无菌苗而获得。该转基因株系所产紫草宁及其衍生物的含量是直接用ATCC15834侵染硬紫草无菌苗所获得的毛状根株系的3.37倍。同时,该株系易于繁殖、生长迅速。本发明不仅可有效解决我国野外硬紫草资源日益短缺、人工栽培周期长、受气候及地理条件等因素制约问题,并且可高效大量生产硬紫草药用天然产物。该高产株系将为利用硬紫草毛状根工厂化生产硬紫草药用天然产物提供材料支撑,具有广阔的开发应用前景。

    一个高产药用天然产物的硬紫草转LeMYB1基因毛状根株系

    公开(公告)号:CN104178510A

    公开(公告)日:2014-12-03

    申请号:CN201410366272.3

    申请日:2014-07-28

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一个能高产紫草药用天然产物(紫草宁及其衍生物)的硬紫草转LeMYB1基因毛状根株系。该株系通过构建一个受茉莉酸甲酯高效诱导表达的关键转录因子基因LeMYB1的植物过表达载体,然后将该载体转入发根农杆菌ATCC15834后,侵染硬紫草的无菌苗而获得。该株系易于繁殖、生长迅速,所产紫草宁及其衍生物的含量是直接用ATCC15834侵染硬紫草无菌苗所获得的毛状根株系的2.88倍。本发明不仅可有效解决我国硬紫草资源的日益短缺、人工栽培周期长、受气候及地理条件制约等问题,并且可高效大量生产硬紫草药用天然产物。该高产株系将为利用硬紫草毛状根工厂化生产硬紫草药用天然产物提供材料支撑,具有广阔的开发应用前景。

    一种基于高通量测序检测作物根际原核微生物的方法

    公开(公告)号:CN108342465A

    公开(公告)日:2018-07-31

    申请号:CN201810180946.9

    申请日:2018-03-02

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明是一种基于16S rDNA高通量测序检测不同作物根际土壤原核微生物的方法,由以下步骤构成:1.采集不同基因型作物在各发育时期的根区外或根系抖落土壤(作为系统对照)及根际土壤;2.从各样品土壤中提取微生物总DNA;3.用双标签引物法做PCR扩增上述总DNA中16S rDNA的V5-V7高变区片段以构建文库;4.对合格文库用Illumina Miseq平台做双末端300核苷酸模式的边合成边测序;5.得到纯净的成对READS后拼接,每样品产出至少4万条有效TAG用于聚类成可操作分类单元;6.据系统对照,准确测定各样品根际土壤原核微生物群落组成、结构、多样性、相对丰度显著性分析,并比较不同作物之间的异同。

    基于16SrDNA深度测序检测不同大豆根际土壤原核微生物的方法

    公开(公告)号:CN105525025A

    公开(公告)日:2016-04-27

    申请号:CN201610089583.9

    申请日:2016-02-17

    Applicant: 南京大学

    CPC classification number: C12Q1/6869 C12Q2535/122 C12Q2525/191

    Abstract: 本发明属于土壤微生物学技术领域,具体涉及基于16SrDNA深度测序检测不同大豆根际土壤原核微生物的方法。该方法由以下步骤构成1.采集不同大豆在各发育时期的根系抖落土壤及根际土壤;2.从土壤中提取微生物宏基因组DNA;3.用双标签引物做PCR扩增上述DNA中16S rDNA第四高变区,以构建文库;4.对合格文库用Illumina Miseq平台做双末端250个核苷酸的边合成边测序,得到纯净READS;5.拼接,每样品产出至少3.8万条有效TAG用于聚类成可操作分类单元;6.物种组成、结构、多样性及相对丰度差异显著性分析;7.以根系抖落土壤作为系统对照,准确测定根际土壤原核微生物群落组成、结构、多样性、相对丰度,并比较不同大豆之间的异同。

    一个高产药用天然产物的硬紫草转基因毛状根株系

    公开(公告)号:CN104278050A

    公开(公告)日:2015-01-14

    申请号:CN201310286872.4

    申请日:2013-07-10

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一个能高产药用天然产物(紫草宁及其衍生物)的硬紫草的转基因毛状根株系。该株系是通过构建一个硬紫草乙烯合成的关键酶基因(LeACS-1)的植物过表达载体,然后将该载体转入发根农杆菌ATCC15834后侵染硬紫草无菌苗而获得。该株系所产紫草宁及其衍生物的含量是直接用ATCC15834侵染硬紫草无菌苗所获得的毛状根株系的2.73倍。另外,该株系亦易于繁殖、生长迅速。本发明不仅可有效解决我国野外硬紫草资源日益短缺、人工栽培周期长、受气候及地理条件等因素制约等问题,并且可高效大量生产硬紫草药用天然产物。该高产株系将为利用硬紫草毛状根工厂化生产硬紫草药用天然产物提供材料支撑,具有广阔的开发应用前景。

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