公开(公告)号：CN106701965A

公开(公告)日：2017-05-24

申请号：CN201710034912.4

申请日：2017-01-17

Applicant: 南京大学

Inventor： 杨永华 ,  廖永辉 ,  汤程贻 ,  方荣俊

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: C12Q1/6895 ,  C12Q2600/156

Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体涉及一种基于单核苷酸多态性标记的桑树遗传分型方法。本发明根据高通量转录组测序筛选得到目的基因，通过PCR反应及PCR产物测序得到多个单核苷酸多态性位点。再由所有有效的单核苷酸多态性位点组成单倍体型用于分子标记以达到遗传分型。本发明操作简单、通量灵活、单核苷酸多态性标记遗传稳定可靠，可在生物学、遗传学研究中推广应用，为考证桑类中药原植物提供有力技术支持。

公开(公告)号：CN102071471A

公开(公告)日：2011-05-25

申请号：CN201010614347.7

申请日：2010-12-30

Applicant: 南京大学

Inventor： 杨永华 ,  戚金亮 ,  李永春 ,  杨统一 ,  汤程贻 ,  王焱 ,  孔令如 ,  黄惺祺 ,  李爱倩

IPC: C40B40/08 ,  C40B50/06

Abstract: 本发明属于环境微生物学技术领域，具体涉及大豆根际土壤宏基因组文库的构建及其应用，其特征包括根际土壤样本获得、菌体细胞回收、细菌基因组DNA提取、DNA酶切及与pUC19连接、转化大肠杆菌后蓝白斑筛选得到阳性克隆，及构建成含9504个阳性克隆的宏基因组文库，随机挑取克隆测序并进行生物信息学分析。该发明在明确根际微生物群落（包括固氮菌群）结构、遗传、功能多样性具有重要的意义，并为深入探讨其在改善土壤营养状况中的作用机制、开发利用大豆根际土壤中的不可培养微生物资源及深入揭示整个土壤微生物群落的生态过程和功能提供重要的信息，具有重要的应用价值。

公开(公告)号：CN108342465A

公开(公告)日：2018-07-31

申请号：CN201810180946.9

申请日：2018-03-02

Applicant: 南京大学

Inventor： 杨永华 ,  陆桂华 ,  汤程贻 ,  戚金亮 ,  庞延军

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明是一种基于16S rDNA高通量测序检测不同作物根际土壤原核微生物的方法，由以下步骤构成：1.采集不同基因型作物在各发育时期的根区外或根系抖落土壤(作为系统对照)及根际土壤；2.从各样品土壤中提取微生物总DNA；3.用双标签引物法做PCR扩增上述总DNA中16S rDNA的V5-V7高变区片段以构建文库；4.对合格文库用Illumina Miseq平台做双末端300核苷酸模式的边合成边测序；5.得到纯净的成对READS后拼接，每样品产出至少4万条有效TAG用于聚类成可操作分类单元；6.据系统对照，准确测定各样品根际土壤原核微生物群落组成、结构、多样性、相对丰度显著性分析，并比较不同作物之间的异同。

公开(公告)号：CN105525025A

公开(公告)日：2016-04-27

申请号：CN201610089583.9

申请日：2016-02-17

Applicant: 南京大学

Inventor： 杨永华 ,  陆桂华 ,  戚金亮 ,  杨荣武 ,  庞延军 ,  朱银玲 ,  孔令如 ,  汤程贻

IPC: C12Q1/68 ,  C12Q1/04

CPC classification number: C12Q1/6869 ,  C12Q2535/122 ,  C12Q2525/191

Abstract: 本发明属于土壤微生物学技术领域，具体涉及基于16SrDNA深度测序检测不同大豆根际土壤原核微生物的方法。该方法由以下步骤构成1.采集不同大豆在各发育时期的根系抖落土壤及根际土壤；2.从土壤中提取微生物宏基因组DNA；3.用双标签引物做PCR扩增上述DNA中16S rDNA第四高变区,以构建文库；4.对合格文库用Illumina Miseq平台做双末端250个核苷酸的边合成边测序，得到纯净READS；5.拼接，每样品产出至少3.8万条有效TAG用于聚类成可操作分类单元；6.物种组成、结构、多样性及相对丰度差异显著性分析；7.以根系抖落土壤作为系统对照，准确测定根际土壤原核微生物群落组成、结构、多样性、相对丰度，并比较不同大豆之间的异同。