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公开(公告)号:CN118629491A
公开(公告)日:2024-09-10
申请号:CN202410794374.9
申请日:2024-06-19
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明提供了一种融合多环境因子预测新环境材料表型的方法,首先根据材料的种植环境和种植时期,获得整个生育期以天为单位的25类环境数据;然后针对每种环境数据、经过不同大小窗口的滑窗,求得每个窗口内环境数据的均值,将环境均值和表型关联,挑选具有最大相关性的窗口代表该环境数据;在单环境下使用GBLUP预测已知环境新材料表型;最后利用三个地点的环境数据和表型数据构建模型,一个地点的环境数据和表型数据挑选环境因子,实现了预测新环境表型的功能。本发明帮助育种家无需种植就得到目标材料在新环境的表型,进而辅助遗传改良和材料选育,以及为特定生态环境培育具有优秀表现的品种提供了建议。
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公开(公告)号:CN117711484A
公开(公告)日:2024-03-15
申请号:CN202311826967.0
申请日:2023-12-27
Applicant: 华中农业大学
IPC: G16B20/00 , G16B40/00 , G06N3/0464 , G06N3/08 , G06N3/047
Abstract: 本发明公开了一种基于深度学习的复杂性状高效基因组预测方法,包括:S1,获取测序得到的全基因组数据以及田间获取的表型数据,并对其数据预处理;S2,通过充分提取SNP位点间的局部和全局特征,构建单性状基因组预测模型;S3,通过计算表型性状之间的相关性确定辅助性状的数量,构建多性状联合基因组预测深度学习模型;S4,基于预处理后的全基因组数据和表型数据训练gMLP模型和MT‑gMLP模型,进而实现育种决策辅助;S5,通过Saliency map的可解释技术解析MT‑gMLP模型与gMLP模型预测准确率差异的原因,以及挖掘表型相关的潜在基因以及功能位点。本发明实现了基于SNP数据精准预测复杂性状的表型值,进而加快作物智能设计育种。
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公开(公告)号:CN112521471B
公开(公告)日:2022-04-05
申请号:CN202011363996.4
申请日:2020-11-27
Applicant: 华中农业大学
IPC: C07K14/415 , C12N15/29 , C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04 , C12N15/82 , A01H5/10 , A01H6/46
Abstract: 本发明涉及控制玉米籽粒含水量基因ZmGAR,相关的分子标记及其在筛选或改良玉米籽粒含水量或脱水速率性状方面的应用,属于分子遗传学领域。本发明提供了ZmGAR基因的序列,且公开了ZmGAR基因内部一个与玉米籽粒含水量或脱水速率显著相关的InDel_8/0位点。本发明公开了基于该InDel_8/0位点开发的分子标记用于筛选玉米籽粒含水量或脱水速率的方法。进一步,本发明公开了通过基因工程手段突变ZmGAR蛋白来改变玉米籽粒含水量或脱水速率的方法。
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公开(公告)号:CN118196669A
公开(公告)日:2024-06-14
申请号:CN202410451507.2
申请日:2024-04-16
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明公开了一种基于无人机与深度学习的大田作物幼苗高精度检测方法。该方法首先通过无人机拍摄获取高清遥感图像,然后将这些图像经过无人机影像处理软件拼接为具有地理坐标的DOM影像,DOM影像经过裁切、检测、拼接等处理步骤,以获取大田作物幼苗的具体位置和大小信息。结合数据分析和图像处理技术,进一步获取大田作物苗情信息。在检测和拼接的关键环节,本发明采用了IoA方法,用于消除了深度学习模型在检测过程中产生的错误,以及图像裁切过程带来的偏差。结果表明,本方法在识别大田作物幼苗时,幼苗计数精度达到了95.3%以上,mAP指标也不低于87.1%。此方法为大田作物幼苗的高精度检测提供了一种有效的技术途径。
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公开(公告)号:CN117153247A
公开(公告)日:2023-12-01
申请号:CN202310986747.8
申请日:2023-08-04
Applicant: 华中农业大学
Abstract: 本发明公开了一种用于整合多类型数据进行表型预测的多视图GBLUP方法,包括以下步骤:将SNP基因型数据按照不同的表型类型表示为0/1/2形式的多类型数据,对数据进行Z‑score标准化;设多类型数据矩阵中的第i行和第j行为个体xi,xj,计算Kinship矩阵,定义两个个体间的相似性函数;将多类型数据加权整合成一个Kinship矩阵,使用差分进化算法,对种群进行变异、交叉操作,对比种群中的个体和经过变异、交叉后的个体,将权重赋予多类型数据的Kinship矩阵,将其代入到GBLUP模型中学习,选择表型预测精度高的个体作为下一代种群的成员;设置终止条件,输出多类型数据最优的权重组合。本发明能够快速准确的获取多类型数据的最优权重组合,辅助表型预测。
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公开(公告)号:CN113393897B
公开(公告)日:2022-04-12
申请号:CN202110707252.8
申请日:2021-06-22
Applicant: 华中农业大学
Inventor: 杨万能 , 冯慧 , 宋鹏 , 戴国新 , 宋京燕 , 赵爽 , 陈晓茜 , 叶军立 , 李为坤 , 严建兵 , 罗杰 , 郭亮 , 陈伟 , 石涛涛 , 肖英杰 , 刘谦 , 熊立仲
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种基于高光谱成像的作物籽粒代谢性状检测和遗传解析方法。首先利用高光谱相机采集作物籽粒的高光谱图像,得到上千种作物籽粒高光谱指数,其次利用气相/高效液相色谱‑串联质谱法检测上千种代谢物;基于群体各株系的基因分型信息,分别以高光谱指数和代谢物含量作为作物籽粒表型性状进行全基因组关联分析,筛选显著SNP位点,对两组显著SNP位点进行共定位分析,构建高光谱表型‑基因型‑代谢表型关联网络H1‑G‑M1;对高光谱指数和代谢物含量使用Lasso回归进行特征筛选,构建高光谱‑代谢表型关联网络H2‑M2;综合分析H1‑G‑M1和H2‑M2网络,整合二者构建高光谱表型‑基因型‑代谢物表型关联网络H3‑G‑M3,进一步挖掘作物籽粒代谢遗传结构的新信息。
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公开(公告)号:CN113393897A
公开(公告)日:2021-09-14
申请号:CN202110707252.8
申请日:2021-06-22
Applicant: 华中农业大学
Inventor: 杨万能 , 冯慧 , 宋鹏 , 戴国新 , 宋京燕 , 赵爽 , 陈晓茜 , 叶军立 , 李为坤 , 严建兵 , 罗杰 , 郭亮 , 陈伟 , 石涛涛 , 肖英杰 , 刘谦 , 熊立仲
IPC: G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种基于高光谱成像的作物籽粒代谢性状检测和遗传解析方法。首先利用高光谱相机采集作物籽粒的高光谱图像,得到上千种作物籽粒高光谱指数,其次利用气相/高效液相色谱‑串联质谱法检测上千种代谢物;基于群体各株系的基因分型信息,分别以高光谱指数和代谢物含量作为作物籽粒表型性状进行全基因组关联分析,筛选显著SNP位点,对两组显著SNP位点进行共定位分析,构建高光谱表型‑基因型‑代谢表型关联网络H1‑G‑M1;对高光谱指数和代谢物含量使用Lasso回归进行特征筛选,构建高光谱‑代谢表型关联网络H2‑M2;综合分析H1‑G‑M1和H2‑M2网络,整合二者构建高光谱表型‑基因型‑代谢物表型关联网络H3‑G‑M3,进一步挖掘作物籽粒代谢遗传结构的新信息。
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公开(公告)号:CN117327832B
公开(公告)日:2024-10-18
申请号:CN202311515520.1
申请日:2023-11-13
Applicant: 武汉双绿源创芯科技研究院有限公司 , 华中农业大学 , 海南芯玉科技有限公司
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6837 , C40B40/06 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种玉米高密度全基因组SNP芯片,该芯片命名为Maize 50K,所述芯片的基因分型对象包括定位于玉米参考基因组B73v4上的41,900个SNP位点,这些SNP均匀分布在玉米基因组的10条染色体上,平均密度为每100 Kb有2个SNP,它们在玉米参考基因组B73v4上的位置如说明书表1所示,所述SNP在所有测试品种中均具有丰富的多态性。与现有的玉米SNP芯片相比,Maize 50K芯片的SNP标记来源于507份玉米品种的重测序结果,具有更好的品种代表性,并包含897个功能基因探针和94个玉米品种真实性鉴定探针,能够更有效地用于功能基因鉴定、遗传多样性分析以及品种分析。
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公开(公告)号:CN117327832A
公开(公告)日:2024-01-02
申请号:CN202311515520.1
申请日:2023-11-13
Applicant: 武汉双绿源创芯科技研究院有限公司 , 华中农业大学 , 海南芯玉科技有限公司
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6837 , C40B40/06 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种玉米高密度全基因组SNP芯片,该芯片命名为Maize 50K,所述芯片的基因分型对象包括定位于玉米参考基因组B73v4上的41,900个SNP位点,这些SNP均匀分布在玉米基因组的10条染色体上,平均密度为每100 Kb有2个SNP,它们在玉米参考基因组B73v4上的位置如说明书表1所示,所述SNP在所有测试品种中均具有丰富的多态性。与现有的玉米SNP芯片相比,Maize 50K芯片的SNP标记来源于507份玉米品种的重测序结果,具有更好的品种代表性,并包含897个功能基因探针和94个玉米品种真实性鉴定探针,能够更有效地用于功能基因鉴定、遗传多样性分析以及品种分析。
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