公开(公告)号：CN106055921A

公开(公告)日：2016-10-26

申请号：CN201610361900.8

申请日：2016-05-27

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 张红雨 ,  周雄辉 ,  朱丽达 ,  全源 ,  崔泽嘉 ,  杨庆勇

IPC: G06F19/18 ,  G06F19/00

CPC classification number: G06F19/3456 ,  G16B20/00

Abstract: 本发明公开了一种基于基因表达和药物靶标的药物活性预测与筛选方法，包括以下步骤：1)根据药物靶标数据库中的信息，获取待测药物对应的靶基因；获取病人的疾病组织的基因表达数据以及相应对照数据，通过系统生物学的方法计算评价基因的重要性，得出在该病人发病过程中的重要基因列表；2)通过统计分析查看步骤1)中得到的待测药物的靶基因是否靶向了该病人发病过程中的重要基因列表来预测该待测药物对于该病人的活性，筛选适合该病人的药物。本发明的方法易于使用、效率高、适用范围广，本发明的预测方法可以用于筛选针对特定病人个体的适合药物，从而为该病人提供个性化的治疗方案。

公开(公告)号：CN117497066A

公开(公告)日：2024-02-02

申请号：CN202311389932.5

申请日：2023-10-24

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 刘建晓 ,  王振业 ,  彭勇 ,  李杰 ,  李骥英 ,  周雄辉 ,  谢傲 ,  张江陵 ,  袁豪 ,  丁新茹 ,  王守哲 ,  李克勤 ,  石佳奇 ,  刑广杰 ,  史维瀚 ,  严建兵

IPC: G16B40/20 ,  G16B35/00 ,  G16B20/20

Abstract: 本发明公开了一种基于染色质交互高精度预测玉米基因表达量的方法，其特征在于，该方法通过构建的DeepCBA模型实现，包括：对输入染色质序列进行one‑hot编码处理；将编码后的序列输入卷积神经网络，实现特征降维和特征提取。为了捕获序列中的时序特征，利用双向长短期记忆网络捕获隐藏在DNA序列中的时序特征，得到两个向量矩阵，垂直拼接两个向量矩阵。使用注意力机制增强关键特征对模型的贡献，并使用Dropout防止过拟合等。在输出层，使用sigmoid/linear函数完成相应的基于启动子近端和远端染色质交互的玉米基因表达量预测；并识别和挖掘玉米染色质序列中潜在的重要基序。本发明实现了对基因表达量的从头预测，进而为基因表达量精准设计乃至未来智能育种提供了新的思路。

公开(公告)号：CN117912547A

公开(公告)日：2024-04-19

申请号：CN202311770739.6

申请日：2023-12-21

Applicant: 中山大学附属第八医院(深圳福田) ,  华中农业大学

Inventor： 李青娇 ,  周雄辉 ,  黄仕颖 ,  梁茵

IPC: G16B20/20 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明属于生物医药技术领域，公开了一种孕妇胎龄预测模型及其在早产和/或胎儿生长受限预警中的应用，具体公开了一种孕妇胎龄预测模型的构建方法。本发明通过外周血循环RNA全转录组数据得到所有转录物的表达值并计算TMP值，使用Spearman相关系数来计算其转录本的TPM与孕周时间的相关性。选择具有p‑value小于

公开(公告)号：CN116665784A

公开(公告)日：2023-08-29

申请号：CN202310639854.3

申请日：2023-05-31

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 周雄辉 ,  王运泽

IPC: G16B40/20 ,  G16B20/30 ,  G16H50/20 ,  G16H50/70

Abstract: 本发明提供了一种cfDNA片段模式的分析方法，根据样本cfDNA全基因组测序数据在人类参考基因组上的位置，结合区间划分，计算该区间的片段离散度，片段离散度的计算方法为：其中，n是区间的cfDNA端点总数量，对于第j个端点，其周围20bp内的端点总数量为mj，Std(coverage)为该区间的片段覆盖度标准差。提供了基于cfDNA全基因组测序数据识别染色质开放区域的方法，筛选基因组中片段离散度显著高的区域作为离散区域。提供了一种癌症预测模型、构建方法以及癌症预测系统。本发明的片段离散度能够反映基因组中的染色质开放性，基于此的癌症预测模型在泛癌以及单一癌症中均有比较高的预测精度。

公开(公告)号：CN106815486B

公开(公告)日：2021-06-04

申请号：CN201710046416.0

申请日：2017-01-22

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 张红雨 ,  周雄辉 ,  全源 ,  崔泽嘉 ,  杨庆勇

IPC: G16C20/50 ,  G16B20/00 ,  C12Q1/68

Abstract: 本发明公开了一种个性化用药的系统药理学方法，本发明使用基因依赖网络刻画在疾病发病过程中基因之间的关系，结合特定病人的基因表达数据，使用能够利用基因间调控关系的基因排序算法来挖掘特定病人发病过程中的关键基因，构建关键基因列表，从而根据药物靶标是否显著地靶向了该特定病人发病过程中的关键基因进行个性化用药。本发明提出的个性化用药的系统药理学方法易于实现、成本低、效率高，在精准医疗和药物发现中具有广泛的应用前景。

公开(公告)号：CN106815486A

公开(公告)日：2017-06-09

申请号：CN201710046416.0

申请日：2017-01-22

Applicant: 华中农业大学

Inventor： 张红雨 ,  周雄辉 ,  全源 ,  崔泽嘉 ,  杨庆勇

IPC: G06F19/00 ,  G06F19/18 ,  C12Q1/68

CPC classification number: G16H20/10 ,  G06F17/30312 ,  G06F19/20 ,  G16H10/60 ,  G16H50/30 ,  G06F19/706 ,  C12Q1/6883 ,  C12Q2600/136 ,  G06F19/18

Abstract: 本发明公开了一种个性化用药的系统药理学方法，本发明使用基因依赖网络刻画在疾病发病过程中基因之间的关系，结合特定病人的基因表达数据，使用能够利用基因间调控关系的基因排序算法来挖掘特定病人发病过程中的关键基因，构建关键基因列表，从而根据药物靶标是否显著地靶向了该特定病人发病过程中的关键基因进行个性化用药。本发明提出的个性化用药的系统药理学方法易于实现、成本低、效率高，在精准医疗和药物发现中具有广泛的应用前景。