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公开(公告)号：CN106399579A
公开(公告)日：2017-02-15
申请号：CN201611160425.4
申请日：2016-12-15
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6858 , C12Q2563/107 , C12Q2565/125
Abstract: 本发明提供了一种InDel位点基因型分型的方法，包括以下步骤：1)将目的基因DNA序列进行T载体克隆测序，得到目的基因克隆产物序列，将所述目的基因克隆产物序列进行多重比对，得到InDel位点；2)根据所述InDel位点设计PCR扩增引物，所述PCR扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物的5'末端采用荧光基团修饰；3)用所述PCR扩增引物对待测样本DNA进行PCR扩增获得扩增产物，用毛细管荧光凝胶电泳检测扩增产物确定所述待测样本中InDel位点的基因型。本发明提供的基因型分型方法，成本低、操作简单灵活、结果准确。
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公开(公告)号：CN104293887B
公开(公告)日：2016-10-05
申请号：CN201310298553.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种杨属派间不同种亲缘关系的鉴定方法及鉴定试剂盒。其中，该方法包括以下步骤：S1，采用多态性微卫星DNA引物对对杨树进行基因分型，构建种间个体的微卫星DNA指纹图谱；S2，采用多态性微卫星DNA引物对对待鉴定杨树进行基因型扩增，并根据微卫星DNA指纹图谱判断待鉴定杨树的亲缘关系；其中，多态性微卫星DNA引物对包括：引物对1、引物对2、引物对3、引物对4和引物对5。应用本发明的技术方案，利用5对多态性高且两两不发生相互作用的微卫星DNA引物组合构建微卫星DNA指纹图谱，然后通过微卫星DNA指纹图谱判断杨属派间不同种亲缘关系。本发明的方法快速、高效、稳定，适用于杨树不同生长时期。
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公开(公告)号：CN104293888B
公开(公告)日：2016-03-23
申请号：CN201310298555.4
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种筛选杨树生长和木材品质性状的SNP位点、筛选方法、试剂盒及应用。其中，该SNP位点为毛白杨GA20氧化酶基因第617位、第888位、第1138位和第1607位碱基以及毛白杨UDP-葡萄糖脱氢酶基因第69位、第92位和第229位碱基。应用本发明的毛白杨GA20氧化酶基因和毛白杨UDP-葡萄糖脱氢酶基因内与杨树生长和木材品质性状关联的7个功能SNP标记，可以在杨树生长的早期就能够高效、准确地鉴定出生长快和木材品质好的单株，从而大大加速育种进程，缩短了选育周期。
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公开(公告)号：CN104293896B
公开(公告)日：2016-03-16
申请号：CN201310298870.7
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN105331728A
公开(公告)日：2016-02-17
申请号：CN201510869105.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6858 , C12Q1/6853 , C12Q2531/113 , C12Q2525/113
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104293893A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298785.0
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6858 , C12Q2525/191 , C12Q2521/301 , C12Q2531/113
Abstract: 本发明公开了一种采用MSAP技术检测林木木质部DNA甲基化的方法及试剂盒。其中，该方法包括以下步骤：S1，提取林木木质部DNA；S2，分别用EcoRI/HpaII、EcoRI/MspI两组酶对林木木质部DNA进行酶切；S3，分别对酶切得到的产物连接上限制性内切酶的接头；S4，以接头为模板设计的预扩增引物进行PCR预扩增，得PCR预扩增产物；S5，将PCR预扩增产物稀释后，加入带有选择性碱基的筛选引物进行PCR扩增；S6，电泳检测PCR扩增产物，统计并分析DNA条带。应用本发明的技术方案，能够为表观遗传变异研究提供有力的技术支持，为目标的林木分子标记辅助育种提供新的候选标记位点。
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公开(公告)号：CN118086473A
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202410223669.0
申请日：2024-02-28
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/686 , C12Q1/6869 , C12N9/22 , C12N15/113
Abstract: 本发明公开了一种基于原生质体高通量筛选林木CRISPR/Cas基因编辑系统候选靶点的方法，属于分子生物学技术领域。本发明提供了一种高通量筛选林木CRISPR/Cas基因编辑系统候选靶点的方法，包括将多个候选靶点构建到表达Cas蛋白的骨架载体中并提取质粒；分离林木原生质体，利用提取的质粒进行瞬时转化；提取经瞬时转化的原生质体DNA，根据靶点区域设计特异性引物，利用PCR扩增，结合Hi‑TOM高通量系统评价多个候选靶点的编辑效率。本发明将高通量平台Hi‑TOM系统与原生质体瞬时转化进行结合，能够快速筛选精准、高效的靶点。
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公开(公告)号：CN117737215A
公开(公告)日：2024-03-22
申请号：CN202311761727.7
申请日：2023-12-20
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6869 , C12Q1/6895 , C12N15/82 , A01H6/26 , A01H5/00 , G16B20/20
Abstract: 本发明公开了一种快速评价植物CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，属于基因编辑技术领域。本发明提供了一种计算植物全基因组CRISPR/Cas9靶点编辑效率的方法，包括：1)选择参考基因组；在目标基因的CDS范围内筛选出最佳基因编辑靶点，并全基因组扫描每个靶点的潜在靶向位点；2)制备原生质体样品，开展基因编辑原生质体瞬时转染，对其DNA文库进行高通量测序；3)将测序数据比对到参考基因组上，提取出靶点区域及潜在脱靶位点区域；4)对每条reads进行分型，并进行统计；5)计算靶点编辑效率。本发明方法可以快速高效地在全基因组水平检测每个靶点的基因编辑效率，具有实用价值和广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN109599147B
公开(公告)日：2023-06-23
申请号：CN201811502694.3
申请日：2018-12-10
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明属于生物信息学技术领域，本发明提供了镉胁迫条件下毛白杨中的一种差异表达的NACs转录因子及其获取方法。本发明采用高通量测序技术和生物信息学分析的方法，获取了镉胁迫条件下毛白杨中的差异表达的NACs转录因子。本发明首次通过转录组分析和关联分析相结合的策略，获得了镉胁迫条件下毛白杨的差异表达的NACs转录因子，这些转录因子能够影响镉胁迫条件下毛白杨的生长和光合作用，对于治理和修复重金属污染以及提高植物的抗逆性具有重要的参考价值和理论意义。
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公开(公告)号：CN113005214B
公开(公告)日：2022-05-20
申请号：CN202110064846.1
申请日：2021-01-18
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/11 , A01H1/04
Abstract: 本发明公开了与毛白杨抗旱性状相关的分子标记及其单倍型组合，所述分子标记选自SNP1、SNP2和SNP3中的一个，分子标记组合由SNP1、SNP2和SNP3三个标记组合而成，所述分子标记组合按SNP 1～SNP3依次为A、T、C纯合基因型，即为AA‑TT‑CC基因型组合时，对应的毛白杨具有最强的抗旱能力，利用上述分子标记及其组合，能够在分子水平对毛白杨的抗旱性状做出精准评价，在杨树幼苗期精准、高效地筛选出抗旱种质。本发明还公开了利用上述分子标记鉴定或筛选抗旱能力强的毛白杨的方法及对毛白杨进行遗传改良的方法等，为毛白杨分子标记辅助选择育种提供了有效手段。
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