一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法

    公开(公告)号:CN106845152B

    公开(公告)日:2019-01-29

    申请号:CN201710064216.8

    申请日:2017-02-04

    Inventor: 张德强

    Abstract: 本发明提供了一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法,包括以下步骤:1)对待测样品父母本和子代样本进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序,获得父母本和子代样本基因组序列;2)将父母本和子代样本基因组序列与参考基因组比对获得比对结果,确定待测胞嘧啶位点;3)将比对结果进行染色体坐标排序、reads去重复处理,再通过GATK2‑V3.2对已知胞嘧啶位点上下游5~10bp的序列进行Call SNPs,从而区分子代等位基因序列;4)将已获得的被区分过子代等位基因序列与父母本基因组序列比对,完成胞嘧啶表观基因型分型。本发明首次完成了基因组胞嘧啶位点表观基因型分型,技术成熟,成本低,易于操作与推广应用。

    SNP位点基因型分型的方法
    22.
    发明授权

    公开(公告)号:CN105331729B

    公开(公告)日:2019-01-11

    申请号:CN201510869867.5

    申请日:2013-07-16

    Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤:S1,对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对,确定待测SNP位点;S2,针对SNP位点设计PCR扩增引物,PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点,将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰;S3,采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增,并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案,采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型,不仅增加了检测结果的精确性和可靠性,而且极大地提高了实验的灵活性,简化了配套条件并显著地降低了实验成本。

    SNP位点基因型分型的方法
    23.
    发明授权

    公开(公告)号:CN105331728B

    公开(公告)日:2019-01-11

    申请号:CN201510869105.5

    申请日:2013-07-16

    Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤:S1,对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对,确定待测SNP位点;S2,针对SNP位点设计PCR扩增引物,PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点,将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰;S3,采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增,并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案,采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型,不仅增加了检测结果的精确性和可靠性,而且极大地提高了实验的灵活性,简化了配套条件并显著地降低了实验成本。

    一种树木SNP位点基因型检测方法

    公开(公告)号:CN104293894B

    公开(公告)日:2016-08-31

    申请号:CN201310298853.3

    申请日:2013-07-16

    Abstract: 本发明提供了一种树木SNP位点基因型检测方法。该检测方法包括:步骤S1,采用扩增引物对树木的全基因组DNA进行PCR扩增,得到长度不大于500bp的PCR扩增产物,其中扩增引物具有生物素标记;步骤S2,对步骤S1中得到的PCR扩增产物进行单链制备,得到5’端有生物素标记的DNA单链,DNA单链包含多个待测位点;步骤S3,利用测序引物对步骤S2得到的DNA单链进行焦磷酸测序分析,其中序列读取长度为20~50bp,混合酶用量为390~395μl/plate,荧光底物用量为390~395μl/plate,得到分型结果。该检测方法延长了测序长度,一次测序检测多位点;同时节约了1/3试剂用量降低了成本。

    雌雄异株植物中雌雄花器官差异表达的microRNA的筛选方法

    公开(公告)号:CN104293889B

    公开(公告)日:2016-08-10

    申请号:CN201310298603.X

    申请日:2013-07-16

    Inventor: 张德强 宋跃朋

    Abstract: 本发明公开了一种雌雄异株植物中雌雄花器官差异表达的microRNA的筛选方法,该方法包括:S101,选取具有相同基因型的雌性花器官和雄性花器官;S102,分别从雌性花器官和雄性花器官中提取总RNA,得到雌花总RNA和雄花总RNA;S103,根据提取出总RNA建立cDNA;S104,对建立的cDNA文库进行测序;S105,根据测序结果及microRNA评估标准,判断雌花和雌花cDNA文库所对应的microRNA种类及数量;以及S106,根据microRNA种类及数量,筛选出雌性花器官与雄性花器官差异表达的microRNA。本发明的方法快速高效,易于自动化,具有实用价值和广泛的应用前景。

    一种树木SNP位点基因型检测方法

    公开(公告)号:CN104293894A

    公开(公告)日:2015-01-21

    申请号:CN201310298853.3

    申请日:2013-07-16

    CPC classification number: C12Q1/6869 C12Q2563/131

    Abstract: 本发明提供了一种树木SNP位点基因型检测方法。该检测方法包括:步骤S1.采用扩增引物对树木的全基因组DNA进行PCR扩增,得到长度不大于500bp的PCR扩增产物,其中扩增引物具有生物素标记;步骤S2.对步骤S1中得到的PCR扩增产物进行单链制备,得到5’端有生物素标记的DNA单链,DNA单链包含多个待测位点;步骤S3.利用测序引物对步骤S2得到的DNA单链进行焦磷酸测序分析,其中序列读取长度为20~50bp,混合酶用量为390~395μl/plate,荧光底物用量为390~395μl/plate,得到分型结果。该检测方法延长了测序长度,一次测序检测多位点;同时节约了1/3试剂用量,降低了成本。

    以杨树纤维素合酶基因为靶基因的五个microRNA基因及应用

    公开(公告)号:CN104293784A

    公开(公告)日:2015-01-21

    申请号:CN201310298637.9

    申请日:2013-07-16

    Abstract: 本发明提供了以杨树纤维素合酶基因为靶基因的五个microRNA基因及应用。本发明的miRNA为具有SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或者SEQ ID NO:5所示序列的miRNA;miRNA在植物中具有特定的表达部位,影响植物特定部位的纤维素合成;将miRNA的前体基因或者成熟miRNA直接放入表达载体中,转化至植物后可在植物体内形成有颈环结构的前体,然后被加工修饰形成成熟miRNAs,进而抑制或影响基因的表达,达到对基因进行修饰的目标。

    杨树CesAs基因内与木材品质性状显著关联的功能SSR标记、其应用及试剂盒

    公开(公告)号:CN104293774A

    公开(公告)日:2015-01-21

    申请号:CN201310298732.9

    申请日:2013-07-16

    Abstract: 本发明公开了一种杨树CesAs基因内与木材品质性状显著关联的功能SSR标记、其应用及试剂盒。其中,该功能SSR标记包括7A-SSR2和7B-SSR1,7A-SSR2位于杨树CesA7-A外显子3区域,为(TGA)n;7B-SSR1位于CesA7-B内含子4区域,为(TTAA)m。本发明确定的这些功能标记位点为早期筛选优异种质,缩短林木育种周期提供了新的技术手段,同时也为改良木材品质性状的分子研究提供遗传学证据,对于提高我国林木遗传育种工程的发展,以及当前林木育种战略实施具有重要的意义。

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