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公开(公告)号：CN106845152B
公开(公告)日：2019-01-29
申请号：CN201710064216.8
申请日：2017-02-04
Applicant: 北京林业大学
Inventor： 张德强
Abstract: 本发明提供了一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法，包括以下步骤：1)对待测样品父母本和子代样本进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序，获得父母本和子代样本基因组序列；2)将父母本和子代样本基因组序列与参考基因组比对获得比对结果，确定待测胞嘧啶位点；3)将比对结果进行染色体坐标排序、reads去重复处理，再通过GATK2‑V3.2对已知胞嘧啶位点上下游5～10bp的序列进行Call SNPs，从而区分子代等位基因序列；4)将已获得的被区分过子代等位基因序列与父母本基因组序列比对，完成胞嘧啶表观基因型分型。本发明首次完成了基因组胞嘧啶位点表观基因型分型，技术成熟，成本低，易于操作与推广应用。
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公开(公告)号：CN105331729B
公开(公告)日：2019-01-11
申请号：CN201510869867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN105331728B
公开(公告)日：2019-01-11
申请号：CN201510869105.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6858 , C12Q1/6853
Abstract: 本发明公开了一种SNP位点基因型分型的方法。该方法包括以下步骤：S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；S2，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，将对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S3，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型。应用本发明的技术方案，采用锁核酸引物进行PCR扩增以确定SNP位点的基因型，不仅增加了检测结果的精确性和可靠性，而且极大地提高了实验的灵活性，简化了配套条件并显著地降低了实验成本。
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公开(公告)号：CN108517368A
公开(公告)日：2018-09-11
申请号：CN201710266801.6
申请日：2017-04-21
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12M1/34
Abstract: 本发明提出了利用上位性解析毛白杨LncRNA Pto-CRTG及其靶基因Pto-CAD5互作关系的方法及系统。利用根据本发明实施例的方法和系统，能够利用上位性解析毛白杨LncRNA及其靶基因的互作关系。在lncRNA Pto-CRTG和其Cis靶基因Pto-CAD5中发现的功能性SNP位点为这两个基因在林木分子标记育种中的应用提供了重要的参考价值。
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公开(公告)号：CN108467899A
公开(公告)日：2018-08-31
申请号：CN201710100533.0
申请日：2017-02-23
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12M1/34
CPC classification number: C12Q1/6895 , C12Q2600/13 , C12Q2600/156 , C12Q2600/172
Abstract: 本发明提出了预测杨树木材品质性状的方法、杨树选育方法、用于预测杨树木材品质性状的试剂盒、用于预测杨树木材品质性状的设备、杨树选育系统以及预定位点的基因型在预测杨树木材品质性状中的用途。所述方法包括：(1)确定所述杨树下列预定位点的基因型：Pto-miR167e基因的第536位、Pto-miR167g-5p基因的第456位以及Pto-TPS5基因的第1387位；以及(2)基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的木材品质性状。利用本发明的方法能够预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN104293894B
公开(公告)日：2016-08-31
申请号：CN201310298853.3
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供了一种树木SNP位点基因型检测方法。该检测方法包括：步骤S1，采用扩增引物对树木的全基因组DNA进行PCR扩增，得到长度不大于500bp的PCR扩增产物，其中扩增引物具有生物素标记；步骤S2，对步骤S1中得到的PCR扩增产物进行单链制备，得到5’端有生物素标记的DNA单链，DNA单链包含多个待测位点；步骤S3，利用测序引物对步骤S2得到的DNA单链进行焦磷酸测序分析，其中序列读取长度为20～50bp，混合酶用量为390～395μl/plate，荧光底物用量为390～395μl/plate，得到分型结果。该检测方法延长了测序长度，一次测序检测多位点；同时节约了1/3试剂用量降低了成本。
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公开(公告)号：CN104293889B
公开(公告)日：2016-08-10
申请号：CN201310298603.X
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种雌雄异株植物中雌雄花器官差异表达的microRNA的筛选方法，该方法包括：S101，选取具有相同基因型的雌性花器官和雄性花器官；S102，分别从雌性花器官和雄性花器官中提取总RNA，得到雌花总RNA和雄花总RNA；S103，根据提取出总RNA建立cDNA；S104，对建立的cDNA文库进行测序；S105，根据测序结果及microRNA评估标准，判断雌花和雌花cDNA文库所对应的microRNA种类及数量;以及S106，根据microRNA种类及数量，筛选出雌性花器官与雄性花器官差异表达的microRNA。本发明的方法快速高效，易于自动化，具有实用价值和广泛的应用前景。
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公开(公告)号：CN104293894A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298853.3
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6869 , C12Q2563/131
Abstract: 本发明提供了一种树木SNP位点基因型检测方法。该检测方法包括：步骤S1.采用扩增引物对树木的全基因组DNA进行PCR扩增，得到长度不大于500bp的PCR扩增产物，其中扩增引物具有生物素标记；步骤S2.对步骤S1中得到的PCR扩增产物进行单链制备，得到5’端有生物素标记的DNA单链，DNA单链包含多个待测位点；步骤S3.利用测序引物对步骤S2得到的DNA单链进行焦磷酸测序分析，其中序列读取长度为20～50bp，混合酶用量为390～395μl/plate，荧光底物用量为390～395μl/plate，得到分型结果。该检测方法延长了测序长度，一次测序检测多位点；同时节约了1/3试剂用量，降低了成本。
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公开(公告)号：CN104293784A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298637.9
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12N15/113 , C12N15/54 , C12N15/11 , C12N15/63
Abstract: 本发明提供了以杨树纤维素合酶基因为靶基因的五个microRNA基因及应用。本发明的miRNA为具有SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4或者SEQ ID NO:5所示序列的miRNA；miRNA在植物中具有特定的表达部位，影响植物特定部位的纤维素合成；将miRNA的前体基因或者成熟miRNA直接放入表达载体中，转化至植物后可在植物体内形成有颈环结构的前体，然后被加工修饰形成成熟miRNAs，进而抑制或影响基因的表达，达到对基因进行修饰的目标。
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公开(公告)号：CN104293774A
公开(公告)日：2015-01-21
申请号：CN201310298732.9
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种杨树CesAs基因内与木材品质性状显著关联的功能SSR标记、其应用及试剂盒。其中，该功能SSR标记包括7A-SSR2和7B-SSR1，7A-SSR2位于杨树CesA7-A外显子3区域，为(TGA)n；7B-SSR1位于CesA7-B内含子4区域，为(TTAA)m。本发明确定的这些功能标记位点为早期筛选优异种质，缩短林木育种周期提供了新的技术手段，同时也为改良木材品质性状的分子研究提供遗传学证据，对于提高我国林木遗传育种工程的发展，以及当前林木育种战略实施具有重要的意义。
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