公开(公告)号：CN117070493A

公开(公告)日：2023-11-17

申请号：CN202310820609.2

申请日：2023-07-05

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 姜帆 ,  余元玺 ,  康里奇 ,  谈攀 ,  洪亮

IPC: C12N9/12 ,  C12N15/70 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/48

Abstract: 本发明公开了一种具有高热稳定性的T7RNA聚合酶突变体及其应用，涉及生物技术领域，包括突变体C125A、C216L、Q269M、C347L、M401K、W422F、Y457L、G464M、A468F、F481W、Q505A、C510E、C515P、V567P、V687E、M696A、A703T、H772K、P780K、R792M、H799G、K801G、E830G、C839N、P865L或/和A881F；其氨基酸序列分别如SEQ ID NO.3‑SEQ ID NO.28所示。公开了突变位点的选择方法、表达方法、解链温度测量和活性测量方法。该突变体可以在高温下进行转录反应以减少mRNA疫苗和药物制备中产生副产物以及适用于核酸等温扩增技术。本发明利用深度学习来预测氨基酸的突变位点，改良蛋白质的热稳定性，快速筛选出具有高温活性和稳定性的变体。新点位有很好的稳定性提升的效果。

公开(公告)号：CN117025571A

公开(公告)日：2023-11-10

申请号：CN202310758174.3

申请日：2023-06-26

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 郑力荣 ,  路红芳 ,  吴邦昊 ,  徐恒 ,  洪亮

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/113 ,  C12N15/873

Abstract: 本发明公开了一种低温限制性核酸内切酶突变蛋白及其制备方法与应用，本发明通过广泛而深入的研究，通过对蛋白进行氨基酸单位点突变，首次获得了对于KmAgo酶的活性具有显著改善的突变体蛋白，是基于kurthia massiliensis的常温核酸酶Argonaute(KmAgo，SEQ ID NO.1所示的野生型序列)的突变蛋白或其活性片段、变异形式、衍生蛋白。在果蝇胚胎体内实验中，与野生型相比，本发明突变蛋白的DNA剪切活性是野生型的8倍，并且利用突变体首次在果蝇胚胎中实现了高效的单链DNA剪切，为细胞和组织的多轮基因标记技术提供了重要的方法支持。

公开(公告)号：CN115954050A

公开(公告)日：2023-04-11

申请号：CN202211209310.5

申请日：2022-09-30

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 洪亮 ,  谈攀 ,  李明辰

IPC: G16B20/50 ,  G16B40/00 ,  G16B30/10 ,  G06N3/048 ,  G06N3/08 ,  G06N3/0442

Abstract: 本发明公开了一种基于蛋白质工程的集成序列与结构特征的深度学习模型及预测方法，本发明先建立了整合序列和结构信息来预测蛋白质突变效果的深度学习模型。然后结合特定的数据增强策略，以减少深度学习模型对实验样本量的依赖程度。具体是大量来自无监督模型的低质量预测结果会首先被用来对深度学习模型进行预训练，之后对于有实验结果的则用有限数量的高品质实验结果会被用来对模型进行微调。实验表明当后续微调的实验数据量小于40或没有任何实验数据时，仅经过预训练得到的深度学习模型可以在预测高阶突变效果的任务上取得非常高的精度。

公开(公告)号：CN115819405A

公开(公告)日：2023-03-21

申请号：CN202211643320.X

申请日：2022-12-20

Applicant: 沪渝人工智能研究院 ,  上海交通大学 ,  重庆飞因科生物科技有限公司 ,  上海天鹜科技有限公司

Inventor： 雷皇书 ,  洪亮 ,  刘才平 ,  刘灏 ,  柯颂

IPC: C07D401/14 ,  A61K31/506 ,  A61P25/16

Abstract: 本发明公开了一种嘧啶氨基吡唑衍生物及其作为富亮氨酸重复激酶2抑制剂的应用，在嘧啶氨基吡唑为骨架的基础上进一步发现了一类含氮杂环衍生物，相比现有类似骨架结构化合物，该衍生物显示出对LRRK2活性更强的抑制作用。是一类潜在的中枢神经疾病(如：帕金森)治疗效应的化合物。

公开(公告)号：CN103092559A

公开(公告)日：2013-05-08

申请号：CN201310037554.4

申请日：2013-01-30

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 洪亮 ,  朱惠 ,  何卫锋 ,  李琛 ,  毛志刚

IPC: G06F7/52

Abstract: 本发明涉及一种用于HEVC标准下DCT/IDCT电路的乘法器结构，包括依次串联连接的预处理运算模块、第一级移位加运算模块和第二级移位加运算模块，所述的预运算单元设有输入数据端口和输入参数端口，所述的第二级移位加运算模块设有运算结果输出端口。与现有技术相比，本发明具有可满足系统功能并具有更小的硬件资源占用和更快的运行周期等优点。

公开(公告)号：CN102932643A

公开(公告)日：2013-02-13

申请号：CN201210457226.5

申请日：2012-11-14

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 朱惠 ,  陈伟伟 ,  何卫锋 ,  洪亮 ,  毛志刚

IPC: H04N7/26

Abstract: 本发明涉及一种适用于HEVC标准的扩展可变块运动估计电路，用于对系统内存中的图像数据进行压缩，所述的电路包括数据流控制模块、缓存阵列、PE阵列、加法树模块和扩展计算模块，所述的数据流控制模块的输入端与系统内存的图像数据端口连接，输出端依次连接缓存阵列、PE阵列、加法树模块和扩展计算模块。与现有技术相比，本发明具有硬件资源消耗少、计算量小等优点。

公开(公告)号：CN119242612A

公开(公告)日：2025-01-03

申请号：CN202411605787.4

申请日：2024-11-12

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 周冰心 ,  吴邦昊 ,  洪亮

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/70 ,  C12N15/55 ,  C12N15/113 ,  C12N1/21 ,  C12Q1/6816 ,  C12N15/10 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明公开了一种从头设计的高温核酸内切酶蛋白及其制备方法与应用，所述从头设计的高温核酸内切酶蛋白指通过GNN模型依靠AI辅助设计的与PfAgo蛋白具有较低序列相似度的Ago蛋白。与野生型相比，本发明蛋白的热变性中点温度(melting temperature，Tm)明显下降，高温酶催化活性显著提高，最大可达至10倍。在核酸检测技术，以及开发基因编辑工具技术中，都有应用潜力。

公开(公告)号：CN117568312A

公开(公告)日：2024-02-20

申请号：CN202311547124.7

申请日：2023-11-20

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 洪亮 ,  吴邦昊 ,  郑力荣 ,  周冰心

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/70 ,  C12N1/21 ,  C12N15/113 ,  C12N15/10 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明公开了一种从头设计的中温核酸内切酶蛋白及其制备方法与应用，通过广泛而深入的研究，进行大量筛选，获得了对于KmAgo酶的活性具有显著改善的突变型的蛋白，是基于kurthia massiliensis的中温核酸酶Argonaute的从头设计的多点突变蛋白或其活性片段、变异形式、衍生蛋白。本发明所述中温核酸内切酶蛋白KmAgo在10至80℃温度范围内具有核酸酶活性。中温核酸内切酶蛋白KmAgo的酶催化活性较野生型显著提高，具有更好的高温热稳定性。

公开(公告)号：CN116694608A

公开(公告)日：2023-09-05

申请号：CN202310713716.5

申请日：2023-06-15

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 余元玺 ,  姜帆 ,  康里奇 ,  谈攀 ,  洪亮

IPC: C12N9/78 ,  C12N15/10 ,  C12N15/70 ,  C12Q1/34 ,  G16B20/50 ,  G16B40/30 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明公开了一种具备更高热稳定性的肌酸脒基水解酶突变体及其应用，涉及生物技术领域，包括突变体V283L、H193Y、E170T、S19L、Y310L、Q151V和/或突变体A180K；其氨基酸序列分别如SEQ ID NO.2‑SEQ ID NO.8所示。突变位点的选择方法，对产碱杆菌Alcaligenes faecalis的Creatniase蛋白的野生型借助深度学习，改造靶点打分；辅以该酶的晶体结构或者同源建模的结构共进化分析来选择靶标位点。该突变体在肌酐检测试剂中的应用。本发明了通过机器学习辅助的定点突变的方式制造了热稳定性提高的的肌酸脒基水解酶突变体。

公开(公告)号：CN116421057A

公开(公告)日：2023-07-14

申请号：CN202111653377.3

申请日：2021-12-30

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 吕轶啸 ,  薛峤 ,  吴净峰 ,  洪亮 ,  金石 ,  马征

IPC: A47J31/52 ,  G06F18/214 ,  G06N20/00

Abstract: 本法公布了一种基于人工智能算法的咖啡制作方法，包括咖啡样品制作，通过改变通用咖啡机的水粉比和冲泡温度，对选定咖啡豆进行加工，获得冲泡完成的咖啡样品，并记录样品对应的水粉比和冲泡温度。咖啡样品标准成分测定；对咖啡样品进行标准成分测定，选择酸味分子、甜味分子、苦味分子、涩味分子中的成分组合作为样品标准成分。数据样本集选定；人工智能机器学习；将训练样本集中的数据分别设为输入层和输出层。根据人工神经网络学习模型对数据进行训练，获得优化模型。咖啡成品制作；输入希望的标准成分，获得选定咖啡豆对应的优选水粉比和冲泡温度，制作咖啡成品。本发明适用范围广，基于人智能算法使使用者获得直接、易用的个性化咖啡定制。