公开(公告)号：CN116994642A

公开(公告)日：2023-11-03

申请号：CN202310995978.5

申请日：2023-08-09

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 周冰心 ,  郑力荣 ,  吴邦昊 ,  洪亮

IPC: G16B5/20 ,  G16B40/00 ,  G16B25/00 ,  G06N3/042 ,  G06N3/08

Abstract: 本发明公开了用于蛋白质序列生成的离散图概率去噪扩散模型，给定的蛋白质骨架指导相应氨基酸残基类型的扩散过程。该模型推断出氨基酸的联合分布，条件是节点的生物物理特性和局部环境。此外，本发明利用氨基酸替换矩阵进行扩散前向过程，编码氨基酸的生物学意义先验知识，包括它们的空间和序列邻居以及自身，从而减少了生成过程的采样空间。本发明的模型在序列恢复方面取得了业界领先的性能，并在生成确定蛋白质骨架结构的多样性蛋白质序列方面表现出巨大潜力。

公开(公告)号：CN119242612A

公开(公告)日：2025-01-03

申请号：CN202411605787.4

申请日：2024-11-12

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 周冰心 ,  吴邦昊 ,  洪亮

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/70 ,  C12N15/55 ,  C12N15/113 ,  C12N1/21 ,  C12Q1/6816 ,  C12N15/10 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明公开了一种从头设计的高温核酸内切酶蛋白及其制备方法与应用，所述从头设计的高温核酸内切酶蛋白指通过GNN模型依靠AI辅助设计的与PfAgo蛋白具有较低序列相似度的Ago蛋白。与野生型相比，本发明蛋白的热变性中点温度(melting temperature，Tm)明显下降，高温酶催化活性显著提高，最大可达至10倍。在核酸检测技术，以及开发基因编辑工具技术中，都有应用潜力。

公开(公告)号：CN117568312A

公开(公告)日：2024-02-20

申请号：CN202311547124.7

申请日：2023-11-20

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 洪亮 ,  吴邦昊 ,  郑力荣 ,  周冰心

IPC: C12N9/22 ,  C12N15/55 ,  C12N15/70 ,  C12N1/21 ,  C12N15/113 ,  C12N15/10 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明公开了一种从头设计的中温核酸内切酶蛋白及其制备方法与应用，通过广泛而深入的研究，进行大量筛选，获得了对于KmAgo酶的活性具有显著改善的突变型的蛋白，是基于kurthia massiliensis的中温核酸酶Argonaute的从头设计的多点突变蛋白或其活性片段、变异形式、衍生蛋白。本发明所述中温核酸内切酶蛋白KmAgo在10至80℃温度范围内具有核酸酶活性。中温核酸内切酶蛋白KmAgo的酶催化活性较野生型显著提高，具有更好的高温热稳定性。