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公开(公告)号：CN114990123B
公开(公告)日：2023-09-01
申请号：CN202210626699.7
申请日：2021-04-13
Applicant: 复旦大学
IPC: C12N15/115 , G01N33/53 , G16C10/00
Abstract: 本发明属于河豚毒素检测技术领域，具体为靶向河豚毒素的高亲和性DNA适配体及其获得方法和用途。本发明对之前已发现的TTX适配体AI‑57（平衡解离常数为28.34 nM）进行了优化设计，获得亲和力更高的变体AI‑52，测得的平衡解离常数为6.61 nM。该适配体的亲和力高于已报道的TTX适配体。本发明确定的适配体AI‑52用于检测河豚毒素，对于食品安全具有极其重要的意义，为开发基于核酸适配体的TTX生物传感器奠定了基础。
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公开(公告)号：CN113129996A
公开(公告)日：2021-07-16
申请号：CN202110304532.4
申请日：2021-03-22
Applicant: 复旦大学
IPC: G16B5/00 , G16B35/00 , G16B50/00 , G16C10/00 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于分子动力学模拟的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导核酸适配体序列的截短优化。本发明已用于特异结合毒素TTX的核酸适配体TTX‑27的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为90.73nM。通过优化得到TTX‑27的一个截短型核酸适配体(TTX‑D2)，适配体序列截去13个碱基，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了2倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110767262B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910879727.4
申请日：2019-09-18
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18‑T‑d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18‑T‑d的一个截短型核酸适配体(GO18‑T‑d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110718265B
公开(公告)日：2021-02-26
申请号：CN201910835138.6
申请日：2019-09-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G‑四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G‑四联体二级结构预测；G‑四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18‑T‑d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G‑四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G‑四联体构型为平行式G‑四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。
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公开(公告)号：CN112210587A
公开(公告)日：2021-01-12
申请号：CN202010924315.0
申请日：2020-09-04
Applicant: 复旦大学
IPC: C12Q1/6811 , C12N15/115
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于单核苷酸分子对接的核酸适配体设计方法。本发明从靶标小分子的实验结构出发，通过水合对接获得结合在靶标小分子周围的核苷酸位置；随后将离散的核苷酸组装为完整的核酸适配体；最后采用MST实验检测所设计核酸适配体与靶标小分子的结合能力。本发明已用于毒素小分子冈田酸(OA)的核酸适配体设计中；该毒素是一种分布广泛的海洋生物毒素，会导致腹泻型贝类中毒，因此检测海产品中的OA对于食品安全具有重要意义。通过计算方法设计得到靶向OA的核酸适配体OA‑D1，MST实验验证该核酸适配体与OA的平衡解离常数为75.6 nM；说明该计算设计方法是合理且有效的。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110767262A
公开(公告)日：2020-02-07
申请号：CN201910879727.4
申请日：2019-09-18
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核酸适配体设计技术领域，具体为一种基于结构的核酸适配体优化设计方法。本发明从SELEX技术筛选所得核酸适配体的3D结构出发，通过自发结合模拟获得小分子结合核酸适配体所形成复合物的3D结构；并分析复合物的结构和关键结合位点，利用所得信息指导高亲和力核酸适配体的优化设计；进而采用核酸适配体表面结合能的能貌图评估设计方案。本发明已用于特异结合毒素GTX1/4的核酸适配体GO18-T-d的优化设计中；该核酸适配体通过SELEX技术筛选所得，亲和力为75.63 nM。通过优化得到GO18-T-d的一个截短型核酸适配体(GO18-T-d_S)，采用MST实验验证该核酸适配体的亲和力提高了20倍；说明本优化方法是合理且有效的。
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公开(公告)号：CN110718265A
公开(公告)日：2020-01-21
申请号：CN201910835138.6
申请日：2019-09-05
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于核苷酸三级结构预测技术领域，具体为一种靶向生物毒素的G-四联体式核酸适配体三级结构预测方法。本发明方法包括：G-四联体二级结构预测；G-四联体三级拓扑构型预测；核酸适配体末端补全和结构优化；温度依赖型分子动力学模拟（包括两个过程：恒温分子动力学模拟和升温分子动力学模拟）；采用RMSD分析方法获得最稳定核酸三级结构模型。本发明方法已用于预测靶向膝沟藻毒素的特异性核酸适配体序列GO18-T-d的三级结构，该序列为已知的通过指数富集配基进化技术筛选得到G-四联体式适配体序列，通过圆二色谱实验检测到其G-四联体构型为平行式G-四联体构型，预测结果与圆二色谱实验检测结果完全吻合，证明本预测方法具有良好的准确性。
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公开(公告)号：CN102051374A
公开(公告)日：2011-05-11
申请号：CN200910198660.4
申请日：2009-11-11
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于生物基因工程技术领域，提供了一种食品级酿酒酵母重组质粒的制备方法：首先，构建含有酵母2μ质粒完整序列、酵母营养缺陷筛选基因、酵母启动子和酵母终止子的穿梭质粒酵母载体部分；同时，构建含有酵母启动子、酵母终止子和目标外源基因的外源基因表达盒；然后，将穿梭质粒酵母载体部分与外源基因表达盒共转化相应营养缺陷型酿酒酵母菌株，在营养缺陷选择性培养基上筛选培养转化子；最后，分离纯化获得目的酿酒酵母重组质粒。该表达质粒只能够在酿酒酵母细胞内生存，不会转移，可以安全、高效的广泛的用于表达各种外源基因。
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公开(公告)号：CN101386868A
公开(公告)日：2009-03-18
申请号：CN200810200344.1
申请日：2008-09-23
Applicant: 复旦大学
Abstract: 本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种提高重组蛋白表达水平的技术方案。该方法中，首先将菊粉酶基因的启动子、α－信号肽、目的蛋白和菊粉酶基因的终止子编码序列依次连接；然后将上述序列插入克鲁维酵母表达载体；最后转化克鲁维酵母，发酵，取发酵上清液分离即得。本发明的方法可以促进克鲁维酵母表达重组蛋白的产量显著增长。本发明可用于提高多种蛋白的表达量，为降低生产成本、扩大生产规模提供了新的方法。
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公开(公告)号：CN101265485A
公开(公告)日：2008-09-17
申请号：CN200810037117.1
申请日：2008-05-08
Applicant: 复旦大学
CPC classification number: Y02E50/17
Abstract: 本发明属于生物技术领域，具体为一种利用菊芋原料生产乙醇的方法。该方法包括，原料处理：鲜菊芋清洗干净，榨汁，或切片，烘干，磨粉；种子液制备：克鲁维酵母在以菊芋粉或菊芋汁为完全组分的种子培养液中培养；发酵：全菊芋汁或全菊芋粉配制的培养基中接入种子液，厌氧发酵生产乙醇，最后蒸馏获得乙醇。本发明中种子培养基和发酵培养基成分均为菊芋汁或菊芋粉，不需添加任何辅助成分，而且发酵培养基中的菊芋原料不需预先糖化处理，利用种子液中克鲁维酵母所分泌产生的菊粉酶直接水解糖化菊芋原料中的多聚果糖，并同时进行发酵，产物乙醇浓度达到12％(v/v)。本发明方法简单，实现糖化与发酵同步进行，降低了生产成本。
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