本发明公开了一种电力列车过分段控制系统及其方法，涉及轨道交通三相供电系统的技术领域。该电力列车过分段控制系统包括变频变压设备、定位单元和地面运控系统；所述变频变压设备用于向电力列车提供三相供电；所述定位单元安装靠近于所述供电轨被分段处；所述地面运控系统一端与所述变频变压设备连接，另一端与所述定位单元连接。因此，本发明通过采用定位单元、地面运控系统来协调控制变频变压设备供电，结合利用电力列车惯性实现“无感知”的过分段，从而提高了电力列车的承载效率和供电效率，也使经济成本大大降低，同时也为人工智能无人驾驶创造有利条件。