公开(公告)号：CN107858401A

公开(公告)日：2018-03-30

申请号：CN201711050889.4

申请日：2017-10-31

Applicant: 重庆邮电大学

Inventor： 浦丹 ,  舒坤贤 ,  沈辰辰 ,  唐曼妮 ,  陈慧敏

IPC: C12Q1/6806

CPC classification number: C12Q1/6806 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2521/101 ,  C12Q2527/107 ,  C12Q2525/186

Abstract: 本发明公开了一种低丰度基因突变的富集方法，本发明方法在PCR反应体系中使用高保真DNA聚合酶和3'末端碱基在基因突变位点上且3'末端被封闭的引物，并加入3'末端被封闭的含所述突变位点的核苷酸单链，通过设置关键变性温度Tc使所述3'末端被封闭的核苷酸单链与突变型序列杂交形成的异源双链DNA解链，但与野生型序列杂交形成的同源双链DNA不能解链，然后引物退火后高保真DNA聚合酶将3'末端被封闭且3'末端碱基错配的引物的配错碱基移除使其继续延伸，从而选择性地从大量野生型序列中扩增低丰度突变序列，使突变序列得以富集。该发明操作简单易行且扩增准确度和灵敏度高，可应用于医学和生物学的诸多领域。

公开(公告)号：CN114530199A

公开(公告)日：2022-05-24

申请号：CN202210061903.5

申请日：2022-01-19

Applicant: 重庆邮电大学

Inventor： 浦丹 ,  陈慧敏 ,  向旭东 ,  李杰 ,  张扬 ,  舒坤贤

IPC: G16B20/30 ,  G16B20/50 ,  G16B30/10 ,  G06F16/215

Abstract: 本发明请求保护一种基于双重测序数据检测低频突变的方法、装置及存储介质，本发明通过降低read family所包含的读段数目的阈值为1以及充分利用读段互补的特性来筛选read family，保留读段数目大于等于2的read family，或者保留只含有1条读段的read family，且该读段能与读段数目大于等于2的read family生成的SSCS序列互补，或者保留均只含有一条读段，但所含读段之间互补的两个read families。对3类read family采用贝叶斯定理确定每个位置上的一致性碱基及其质量分数，然后根据一致性碱基生成单链一致性序列SSCS，两条互补SSCS进一步形成DCS。最后，将DCS与参考基因组再次比对，识别读段上的低频突变以及测序错误。本发明能有效抑制高通量测序数据错误，提高低频突变检测的准确率。