公开(公告)号：CN109002689A

公开(公告)日：2018-12-14

申请号：CN201810813090.4

申请日：2018-07-23

Applicant: 西安交通大学医学院第一附属医院

Inventor： 施秉银 ,  王悦 ,  刘宇峰 ,  叶凯 ,  杨晓飞 ,  蔺佳栋

IPC: G06F19/12 ,  G06F19/22

Abstract: 本发明实施例提供一种T细胞数据处理方法及装置，所述T细胞数据处理方法包括：获取多组样本数据，每组所述样本数据中包括不同特征对应的T细胞数据集；计算每一组T细胞数据集的T细胞受体统计量；将每一组T细胞受体统计量通过交叉验证法验证各组T细胞受体统计量的重要性，筛选出指定数量的样本数据中重要性高的特征组；根据所述重要性高的特征组构建朴素贝叶斯识别网络模型。

公开(公告)号：CN119314555A

公开(公告)日：2025-01-14

申请号：CN202411386000.X

申请日：2024-09-30

Applicant: 西安交通大学医学院第一附属医院

Inventor： 叶凯 ,  赵焕焕 ,  贾鹏 ,  郑高洋

IPC: G16B20/50 ,  G16B30/10 ,  G16B40/30 ,  G16B45/00 ,  G06F18/2321 ,  G06F18/21

Abstract: 本发明提出一种基于HMM‑GMM的短串联重复序列（STR）变异检测方法，属于生物学信息技术领域，本发明方法整合了基因组序列、已知STR位点信息及三代测序比对结果，利用长读长优势实现高精度定位。HMM捕捉序列隐藏状态转移，GMM建模复杂分布，结合两者提高变异预测准确性。方法直接比对STR区域与参考基因组，结合CIGAR值减少误差，定量重复次数并检测具体碱基变异，识别致病性STR变异。相较于传统软件，本发明输出图像更详细展示变异情况，为遗传病诊断与基因研究提供有力工具。

公开(公告)号：CN109002689B

公开(公告)日：2020-10-09

申请号：CN201810813090.4

申请日：2018-07-23

Applicant: 西安交通大学医学院第一附属医院

Inventor： 施秉银 ,  王悦 ,  刘宇峰 ,  叶凯 ,  杨晓飞 ,  蔺佳栋

IPC: G16B5/00 ,  G16B30/00

Abstract: 本发明实施例提供一种T细胞数据处理方法及装置，所述T细胞数据处理方法包括：获取多组样本数据，每组所述样本数据中包括不同特征对应的T细胞数据集；计算每一组T细胞数据集的T细胞受体统计量；将每一组T细胞受体统计量通过交叉验证法验证各组T细胞受体统计量的重要性，筛选出指定数量的样本数据中重要性高的特征组；根据所述重要性高的特征组构建朴素贝叶斯识别网络模型。

公开(公告)号：CN119229961A

公开(公告)日：2024-12-31

申请号：CN202411283765.0

申请日：2024-09-13

Applicant: 西安交通大学医学院第一附属医院

Inventor： 叶凯 ,  郑高洋 ,  贾鹏 ,  赵焕焕

IPC: G16B20/30 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种不依赖对照和参考基线的微卫星不稳定性检测方法，涉及微卫星不稳定性检测技术领域，包括以下步骤：已知待检测样本癌症类型，根据其同种癌症类型的样本进行位点筛选，获得适用于微卫星不稳定性检测的差异位点集；筛选在该种癌症类型样本中始终稳定且满足一定检测率要求的恒稳定位点集；对待检测样本差异位点集和恒稳定位点集进行测序，提取各位点的重复次数分布；收集恒稳定位点集的微卫星频率分布构建参考字典，对差异位点集根据其重复单元提取参考字典中数据进行皮尔逊相关性分析；获得当前样本不稳定打分实现样本不稳定性检测。本发明解决了阴性样本采集受限、未准确进行位点筛选而导致检测成本较高，以及准确率较低的问题。

公开(公告)号：CN118797363A

公开(公告)日：2024-10-18

申请号：CN202410887295.2

申请日：2024-07-03

Applicant: 西安交通大学医学院第一附属医院

Inventor： 王澄瑶 ,  叶凯 ,  李妮娜 ,  安欣悦

IPC: G06F18/22 ,  G06F18/25 ,  G06V10/74 ,  G06V10/82 ,  G06V10/26 ,  G06V10/42 ,  G06V10/44 ,  G16B25/20 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了一种评估体外重构肠道与真实肠道相似性的方法、系统、设备及存储介质，属于肠道相似性评估技术领域。依次提取体外重构肠道与真实肠道的结构特征和功能特征；根据真实肠道数据确定各参数特征的权重，构建打分函数；将提取到的结构特征和功能特征代入打分函数中，获得体外重构肠道与真实肠道相似性的评估结果。通过将肠道结构和功能上的形态学参数和基因表达进行数据化转换，构建了同时容纳肠道组织精细结构和功能的参数特征的函数模型。通过将结构和功能方面的相似性用客观的数据表示，形成了系统的打分函数和评估体系。通过融合肠道结构和功能等全方面的对体外重构肠道对于人体真实肠道的相似性进行打分，形成一套系统打分体系。

公开(公告)号：CN118703421A

公开(公告)日：2024-09-27

申请号：CN202410880437.2

申请日：2024-07-02

Applicant: 西安交通大学医学院第一附属医院

Inventor： 王澄瑶 ,  叶凯 ,  安欣悦 ,  李妮娜 ,  孙迪雅

IPC: C12N5/071

Abstract: 本发明公开了一种体外自组织形成肠道隐窝‑绒毛三维结构的方法及其应用，属于体外重构肠道三维结构技术领域。通过交替使用液体‑液体交换界面和气体‑液体交换界面产生压力差刺激促进肠道细胞系Caco‑2自组织形成肠道隐窝‑绒毛三维结构，体外复现肠道隐窝‑绒毛三维结构。通过构建压力差使肠道细胞系自组织形成隐窝‑绒毛结构，不需要额外手段提供三维结构支持，真实再现肠道结构发育过程。重构的肠道隐窝‑绒毛三维结构在高度、宽度、关键蛋白分布等形态特征上接近真实人体肠道。实验材料简单，门槛低，易推广且具备高鲁棒性，易进行冷冻切片、免疫荧光检测和三维结构观测，培养后形成的三维结构维度大，产生的细胞量能满足后续多种组学检测。