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公开(公告)号：CN111676273B
公开(公告)日：2023-08-11
申请号：CN202010599560.9
申请日：2020-06-28
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/6851 , G16B20/30 , G16B40/00
Abstract: 本发明公开了一种检测牛成肌细胞HMGA2基因增强子的方法。根据染色质开放性高通量测序数据分析和序列保守性，并结合双荧光素酶载体报告系统，筛选具备增强子活性的牛HMGA2基因序列片段，根据Hi‑C数据分析确定筛选片段中与HMGA2基因启动子产生远距互作的序列，利用CRISPRi系统和实时荧光定量PCR技术验证序列片段功能。本发明从分子和细胞两个水平鉴定出可以促进牛成肌细胞HMGA2基因表达的增强子，可以用于肉牛的基因编辑和转基因育种，从而加快优良肉牛群体选育进程。
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公开(公告)号：CN107641657B
公开(公告)日：2020-05-29
申请号：CN201711014547.7
申请日：2017-10-26
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858
Abstract: 本发明公开了一种黄牛ACVR1基因插入/缺失的检测方法及其应用。以待测黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P1为引物，通过PCR技术扩增ACVR1基因，再进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定ACVR1基因在AC_000159.1:g33007‑33023位点存在不同的基因型。结果发现，ACVR1基因16‑bp插入/缺失的不同类型与中国黄牛管围和胸围等生长发育性状之间存在显著相关，提示ACVR1基因16‑bp插入/缺失可作为提高中国黄牛生长发育性状的DNA标记，有利于快速建立生长发育性状优良的黄牛遗传资源群体。
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公开(公告)号：CN103243156A
公开(公告)日：2013-08-14
申请号：CN201310003907.9
申请日：2013-01-06
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种验证黄牛CIDEC基因SNPs位点遗传效应的方法，以包含CIDEC基因的黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增黄牛CIDEC基因不同单倍型；用限制性内切酶KpnI和XhoI分别消化PCR扩增产物和pGL3-Basic空载体后，再使用DNA连接酶将不同单倍型连接到pGL3-Basic载体上，构建pGL3-Basic-CIDEC-H1、H2、H3、H4、H8、H9表达载体，将构建成功的表达载体转染至3T3-L1细胞中，使用双荧光报告系统试剂盒检测不同单倍型的转录活性。综合不同单倍型的转录活性，以及SNP位点改变顺式作用元件的信息来验证关联分析结果。本发明提供的检测方法为验证CIDEC基因的单核苷酸多态性遗传效应奠定了基础，以便用于中国黄牛肉用生长性状的标记辅助选择（MAS），快速建立遗传资源优良的黄牛种群。
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公开(公告)号：CN110144412B
公开(公告)日：2022-08-19
申请号：CN201910497680.5
申请日：2019-06-10
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与南阳牛生长相关的CNV标记的检测方法及其应用：所述的CNV标记是指南阳牛SSTR2基因的拷贝数变异，该检测方法是以南阳牛基因组DNA为模板，通过实时荧光定量PCR分别扩增南阳牛SSTR2基因CNV区域和内参基因RPP30部分片段，根据2‑ΔΔCt将定量结果分为增加型、减少型和正常型，从而鉴定南阳牛SSTR2基因的拷贝数变异类型。本发明在DNA水平上检测与南阳牛生长性状密切相关的SSTR2基因的拷贝数变异，以便快速建立遗传资源优良的南阳牛种群。
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公开(公告)号：CN110157810A
公开(公告)日：2019-08-23
申请号：CN201910398624.6
申请日：2019-05-14
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与夏南牛生长性状相关的CNV标记的检测方法及其应用：以夏南牛血液基因组DNA为模板，通过实时荧光定量PCR分别扩增夏南牛APOL3基因拷贝数变异区域和内参基因BTF3部分片段，根据2*2-ΔΔCt将定量结果划分为增加型、减少型、正常型，从而鉴定夏南牛APOL3基因的拷贝数变异类型。本发明所检测的夏南牛APOL3基因的不同拷贝数类型与个体生长性状差异存在显著关联，通过在DNA水平上检测与夏南牛生长性状相关的CNV标记，可用于夏南牛生长性状的标记辅助选择，加快建立优质夏南牛资源群体。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110144412A
公开(公告)日：2019-08-20
申请号：CN201910497680.5
申请日：2019-06-10
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/6888 , C12Q1/6858 , C12N15/11
Abstract: 本发明公开了一种与南阳牛生长相关的CNV标记的检测方法及其应用：所述的CNV标记是指南阳牛SSTR2基因的拷贝数变异，该检测方法是以南阳牛基因组DNA为模板，通过实时荧光定量PCR分别扩增南阳牛SSTR2基因CNV区域和内参基因RPP30部分片段，根据2-ΔΔCt将定量结果分为增加型、减少型和正常型，从而鉴定南阳牛SSTR2基因的拷贝数变异类型。本发明在DNA水平上检测与南阳牛生长性状密切相关的SSTR2基因的拷贝数变异，以便快速建立遗传资源优良的南阳牛种群。
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公开(公告)号：CN109182539A
公开(公告)日：2019-01-11
申请号：CN201811173459.6
申请日：2018-10-09
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/6888
Abstract: 本发明公开了一种黄牛IGF1R基因插入/缺失的检测方法及其应用。以包含IGF1R基因的待测全基因组DNA为模板，以参照牛全基因组设计的引物对P1为引物，通过PCR技术扩增IGF1R基因，再进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定IGF1R基因在AC_000178.1:g 8086630-8086657位点存在不同的基因型。结果发现，IGF1R基因28-bp插入/缺失的不同类型与晋南牛体斜长、胸围和体重等生长性状之间存在显著相关，提示IGF1R基因28-bp插入/缺失的不同类型可作为提高黄牛生长发育性状的DNA标记。本发明有利于快速建立生长发育性状优良的黄牛遗传资源群体。
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公开(公告)号：CN107400720A
公开(公告)日：2017-11-28
申请号：CN201710808013.5
申请日：2017-09-08
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种KLF3基因CNV标记辅助检测黄牛生长性状的方法及其专用试剂盒。基于实时荧光定量PCR技术，以黄牛基因组DNA为模板，扩增黄牛KLF3基因的拷贝数变异区域，并扩增牛通用转录因子BTF3基因作为内参，最后利用2-ΔΔCt方法计算并判定个体的拷贝数变异类型。本发明提供的方法为建立牛KLF3基因拷贝数变异与生长性状之间的关联奠定了基础，有利于加快黄牛分子标记辅助选择育种工作，该方法简单，快速，便于推广应用。
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公开(公告)号：CN103243156B
公开(公告)日：2016-06-22
申请号：CN201310003907.9
申请日：2013-01-06
Applicant: 西北农林科技大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种验证黄牛CIDEC基因SNPs位点遗传效应的方法，以包含CIDEC基因的黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增黄牛CIDEC基因不同单倍型；用限制性内切酶KpnI和XhoI分别消化PCR扩增产物和pGL3-Basic空载体后，再使用DNA连接酶将不同单倍型连接到pGL3-Basic载体上，构建pGL3-Basic-CIDEC-H1、H2、H3、H4、H8、H9表达载体，将构建成功的表达载体转染至3T3-L1细胞中，使用双荧光报告系统试剂盒检测不同单倍型的转录活性。综合不同单倍型的转录活性，以及SNP位点改变顺式作用元件的信息来验证关联分析结果。本发明提供的检测方法为验证CIDEC基因的单核苷酸多态性遗传效应奠定了基础，以便用于中国黄牛肉用生长性状的标记辅助选择（MAS），快速建立遗传资源优良的黄牛种群。
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