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公开(公告)号：CN109825583B
公开(公告)日：2021-08-17
申请号：CN201910157573.8
申请日：2019-03-01
Applicant: 清华大学
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 人重复元件DNA甲基化作为肝癌早期诊断的标记物及其应用。本发明属于生物检测领域，涉及一种用于肝癌的标记物及其应用。这些标记物选自基因信息研究机构(GIRI)发布的Repbase数据中人重复元件的原型序列AluYg6上第64，AluSp上第72、231，L1HS第447、493、673，L1第380、448，AluYb3a2第230，LSAU第1569，LTR12E第446位置上修饰的CpG位点中的一个或多个。同时还提供了这些标记物的组合用于诊断肝癌或者预测肝癌患病风险的系统。这些标记物的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织中存在明显差异，在肿瘤组织中低甲基化，这些标记物组合在测试集中区分患者是否患肝癌的准确率达到了90％。
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公开(公告)号：CN109825584B
公开(公告)日：2021-05-14
申请号：CN201910157582.7
申请日：2019-03-01
Applicant: 清华大学
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 利用外周血诊断早期肝癌的DNA甲基化标记物及其应用。本发明属于生物检测领域，涉及一种用于肝癌的标记物及其应用。这些标记物包括选自以下CpG位点中的至少一个：以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，第24167,36996,37361,37178,39913,30789，37020,36832,34428,或者34805位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点。同时还提供了这些标记物的组合用于肝癌诊断的系统及试剂盒等。这些标记物的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织中存在明显差异，在肿瘤组织中低甲基化，这些标记物组合在测试集中区分患者是否患肝癌的准确率达到了95％。
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公开(公告)号：CN110195107B
公开(公告)日：2023-04-14
申请号：CN201910445136.6
申请日：2019-05-27
Applicant: 清华大学
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了外周血中癌症检测的核酸体DNA甲基化标志物及其应用。这些标记物包括选自以下CpG位点中的至少一个：以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，第38974，37148，37013，37028，37076，32936，21740，23407，34657，28277等位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点。同时还提供了这些标记物的任意组合用于癌症诊断的系统及试剂盒等。这些标记物的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织中存在明显差异，在肿瘤组织中低甲基化，这些标记物组合在测试集中区分患者是否患肝癌、肺癌、结直肠癌的ROC分别达到了96％、94％、92％。
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公开(公告)号：CN109841265A
公开(公告)日：2019-06-04
申请号：CN201910131751.X
申请日：2019-02-22
Applicant: 清华大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提供了一种使用片段化模式确定血浆游离核酸分子组织来源的方法和系统及应用。该方法通过将核酸分子的测序结果与多个参考序列进行比对处理，分别确定与所述参考序列对应的已知基因的频谱参数；然后基于预定组织中多个已知基因的表达量信息，以及多个已知基因的所述频谱参数，确定所述核酸分子与所述预定组织的相关性；其中，所述频谱参数是通过确定参考序列上位点的核小体保护分数，确定多个核小体周期作为第一参数以及与所述多个核小体周期对应的傅里叶强度作为第二参数，从而确定所述参考序列对应所述已知基因的所述频谱参数。将本发明所提供的方法应用于癌症的检测中，能够更加灵敏和准确。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109825584A
公开(公告)日：2019-05-31
申请号：CN201910157582.7
申请日：2019-03-01
Applicant: 清华大学
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 利用外周血诊断早期肝癌的DNA甲基化标记物及其应用。本发明属于生物检测领域，涉及一种用于肝癌的标记物及其应用。这些标记物包括选自以下CpG位点中的至少一个：以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，第24167,36996,37361,37178,39913,30789，37020,36832,34428,或者34805位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点。同时还提供了这些标记物的组合用于肝癌诊断的系统及试剂盒等。这些标记物的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织中存在明显差异，在肿瘤组织中低甲基化，这些标记物组合在测试集中区分患者是否患肝癌的准确率达到了95％。
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公开(公告)号：CN109825583A
公开(公告)日：2019-05-31
申请号：CN201910157573.8
申请日：2019-03-01
Applicant: 清华大学
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 人重复元件DNA甲基化作为肝癌早期诊断的标记物及其应用。本发明属于生物检测领域，涉及一种用于肝癌的标记物及其应用。这些标记物选自基因信息研究机构(GIRI)发布的Repbase数据中人重复元件的原型序列AluYg6上第64，AluSp上第72、231，L1HS第447、493、673，L1第380、448，AluYb3a2第230，LSAU第1569，LTR12E第446位置上修饰的CpG位点中的一个或多个。同时还提供了这些标记物的组合用于诊断肝癌或者预测肝癌患病风险的系统。这些标记物的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织中存在明显差异，在肿瘤组织中低甲基化，这些标记物组合在测试集中区分患者是否患肝癌的准确率达到了90％。
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公开(公告)号：CN109841265B
公开(公告)日：2021-09-21
申请号：CN201910131751.X
申请日：2019-02-22
Applicant: 清华大学
IPC: G16B30/00
Abstract: 本发明提供了一种使用片段化模式确定血浆游离核酸分子组织来源的方法和系统及应用。该方法通过将核酸分子的测序结果与多个参考序列进行比对处理，分别确定与所述参考序列对应的已知基因的频谱参数；然后基于预定组织中多个已知基因的表达量信息，以及多个已知基因的所述频谱参数，确定所述核酸分子与所述预定组织的相关性；其中，所述频谱参数是通过确定参考序列上位点的核小体保护分数，确定多个核小体周期作为第一参数以及与所述多个核小体周期对应的傅里叶强度作为第二参数，从而确定所述参考序列对应所述已知基因的所述频谱参数。将本发明所提供的方法应用于癌症的检测中，能够更加灵敏和准确。
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公开(公告)号：CN111575347A
公开(公告)日：2020-08-25
申请号：CN202010425068.X
申请日：2020-05-19
Applicant: 清华大学
IPC: C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , C40B40/06 , C40B50/06
Abstract: 本发明提出了构建用于同时获得血浆中游离DNA甲基化和片段化模式信息的文库的方法，所述方法包括：(1)提取血浆中的游离DNA；(2)将所述游离DNA的末端连接测序接头，以便得到连接有测序接头的游离DNA；(3)将连接有测序接头的游离DNA进行重亚硫酸盐转化处理，以便得到转化后的游离DNA；(4)将所述转化后的游离DNA进行扩增及纯化处理，以便得到测序文库。利用本发明的方法满足了血浆中游离DNA低起始量的要求，能够同时准确地获得血浆中游离DNA甲基化和片段化模式信息，操作简便，为整合分析和检测奠定了基础。
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公开(公告)号：CN110195107A
公开(公告)日：2019-09-03
申请号：CN201910445136.6
申请日：2019-05-27
Applicant: 清华大学
IPC: C12Q1/6886 , C12N15/11
Abstract: 本发明提供了外周血中癌症检测的核酸体DNA甲基化标志物及其应用。这些标记物包括选自以下CpG位点中的至少一个：以人核糖体DNA重复片段单元参考序列U13369.1为基准，第38974，37148，37013，37028，37076，32936，21740，23407，34657，28277等位置处的CpG位点或者经修饰的CpG位点。同时还提供了这些标记物的任意组合用于癌症诊断的系统及试剂盒等。这些标记物的甲基化状态在肿瘤组织和非肿瘤组织中存在明显差异，在肿瘤组织中低甲基化，这些标记物组合在测试集中区分患者是否患肝癌、肺癌、结直肠癌的ROC分别达到了96％、94％、92％。
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