公开(公告)号：CN116646012A

公开(公告)日：2023-08-25

申请号：CN202310286302.9

申请日：2023-03-21

Applicant: 广东工业大学

Inventor： 顾国生 ,  刘世刚 ,  谢国波 ,  林志毅 ,  谢伟洁 ,  许浩杰

IPC: G16B40/00 ,  G16B20/00 ,  G06F18/22 ,  G06F17/11 ,  G06F17/16

Abstract: 本发明提供一种基于不平衡邻居约束随机游走的LncRNA‑疾病关联预测方法(LNS‑NCURW)，包括以下步骤：S1：获取LncRNA‑疾病邻接矩阵A，融合LncRNA的表达相似性矩阵(LES)、功能相似性矩阵(LFS)和高斯相似性矩阵(LGS)得到LncRNA综合相似性矩阵(LS)，融合疾病的语义相似性矩阵(DSS)和高斯相似性矩阵(DGS)得到疾病综合相似性矩阵(DS)，并使用WKNKN算法来获取潜在的关联关系得到关联矩阵Y；S2：使用线性邻域相似性方法(LNS)重构LncRNA和疾病的相似性得到ILLS和ILDS，再分别计算LncRNA和疾病的邻居约束转移矩阵NCl和NCd；S3：整合lncRNA和疾病的相似性信息，通过矩阵乘法的结果更新关联矩阵Y，再利用邻居约束不平衡随机游走方法分别从LncRNA网络和疾病网络预测LncRNA‑疾病关联预测评分，然后再综合LncRNA网络方向评分和疾病方向评分得到最终预测得分P_SCORE。本发明引入了邻居约束来控制随机游走的游走方向，使得节点随机游走的时候往关联性更高的节点游走，使得关联性弱的节点得分低，而关联性高的节点得分高，从而提高预测的精准性，实现了lncRNA‑疾病的关联预测。

公开(公告)号：CN116189780A

公开(公告)日：2023-05-30

申请号：CN202310121993.7

申请日：2023-02-14

Applicant: 广东工业大学

Inventor： 谢国波 ,  谢伟杰 ,  顾国生 ,  林志毅 ,  刘世刚 ,  刘浩杰

IPC: G16B40/00 ,  G06F18/22 ,  G06F17/16 ,  G06F17/18

Abstract: 本发明提供基于Logistic函数填充相似性矩阵的miRNA‑疾病关联预测方法，包括以下步骤：S1：获取miRNA功能相似性MFS、疾病语义相似性DSS以及miRNA‑疾病邻接矩阵MD；S2：将MD矩阵每两行对应位相同且为1与不同的位个数作为Logistic函数的变量，计算出来的值用于填充MFS矩阵的0值处，填充后的矩阵为MS；S3：分别为MS和DS矩阵建立一个权重矩阵来进一步消除整体的噪声；S4：使用拉普拉斯正则化最小二乘法来挖掘潜在的miRNA‑疾病关联。本发明采用拉普拉斯正则化最小二乘法作为主方法，建立一个更好的度量标准来精确描述miRNA或疾病之间的相似关系，实现了更加准确的miRNA‑疾病的关联预测。