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公开(公告)号：CN117919389A
公开(公告)日：2024-04-26
申请号：CN202410331405.7
申请日：2024-03-22
Applicant: 上海南方模式生物科技股份有限公司 , 同济大学
Abstract: 本发明属于生物医药技术领域，公开一种肿瘤新抗原DNA疫苗，具体的，所述DNA疫苗以PVAX1为原始载体，于PVAX1的酶切位点Hind III和Not I之间设置有抗原表达单元，所述抗原表达单元从Hind III位点的右边界顺序依次为Kozak、Signal peptides、Ubiquitous、BamHI、EcoRI、F2A和GM‑CSF，所述抗原表达单元BamHI和EcoRI酶切位点之间插入有TMGs序列，本发明设计的疫苗可以显著减缓肿瘤的生长速度，改善疫苗发挥作用时的免疫微环境，招募更多的免疫细胞，提高疫苗的有效性。
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公开(公告)号：CN107056937A
公开(公告)日：2017-08-18
申请号：CN201710232307.8
申请日：2017-04-11
Applicant: 同济大学
CPC classification number: C07K16/1018 , C07K16/00 , C07K2317/565
Abstract: 本发明涉及一种基于抗原表位结构直接设计抗体高变区序列的方法，包括以下步骤：1)根据抗原抗体复合物结构数据集，提取一组表征抗原抗体相互作用界面互补特异性的空间匹配模式；2)基于目标抗原空间表位，选取抗体框架模板与之预对接；3)根据1)所述的空间匹配模式，模拟生成抗体高变区的互补序列，替换到抗体框架模板的对应区域，生成多个模拟抗体；4)对所述模拟抗体进行理论亲和力排序。与现有技术相比，本发明具有降低实验时间成本、提高实验准确度等优点。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN105138862A
公开(公告)日：2015-12-09
申请号：CN201510464329.8
申请日：2015-07-31
Applicant: 同济大学
Abstract: 本发明涉及一种协同抗癌症药物组合预测方法及药物组合物，包括以下步骤：1)数据收集：根据药物组合的疾病治疗效果不同，分类得到已知协同抗癌症药物组合以及相应的靶点；2)模型建立：对于已知协同抗癌症药物组合以及未知药物组合，计算协同抗癌症药物组合的特征，建立协同抗癌症药物组合预测模型；3)结果过滤：利用药物表达谱信息，探索归纳已知协同抗癌症药物组合的特征，对步骤2)的预测结果进行筛除。基于该方法得到抗乳腺癌药物组合物和抗肺癌药物组合物。与现有技术相比，本发明综合运用药物组合的各种特征，设计巧妙，预测准确，并具有重要的实际应用价值，适用于大规模推广应用。
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公开(公告)号：CN102521527B
公开(公告)日：2015-01-14
申请号：CN201110412679.1
申请日：2011-12-12
Applicant: 同济大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明涉及一种根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位的方法，包括：(1)数据收集：按照抗体物种来源信息(如，鼠源，人源等)分类收集抗原-抗体结构数据，得到分类数据集；收集蛋白相互作用结合位点的描述性特征；(2)模型建立：对于收集到的分类数据集，计算上述描述性特征，根据类间差异建立针对结合不同物种来源抗体的抗原空间表位预测模型；(3)表位预测：根据需结合的抗体物种来源选择抗原空间表位预测模型，对未知表位的抗原进行潜在空间表位预测。本发明根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位，综合运用蛋白质中氨基酸理化性质和三维空间局部结构特征，设计巧妙，显著提高预测准确性，适于大规模推广应用。
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公开(公告)号：CN105138862B
公开(公告)日：2017-12-26
申请号：CN201510464329.8
申请日：2015-07-31
Applicant: 同济大学
Abstract: 本发明涉及一种协同抗癌症药物组合预测方法及药物组合物，包括以下步骤：1)数据收集：根据药物组合的疾病治疗效果不同，分类得到已知协同抗癌症药物组合以及相应的靶点；2)模型建立：对于已知协同抗癌症药物组合以及未知药物组合，计算协同抗癌症药物组合的特征，建立协同抗癌症药物组合预测模型；3)结果过滤：利用药物表达谱信息，探索归纳已知协同抗癌症药物组合的特征，对步骤2)的预测结果进行筛除。基于该方法得到抗乳腺癌药物组合物和抗肺癌药物组合物。与现有技术相比，本发明综合运用药物组合的各种特征，设计巧妙，预测准确，并具有重要的实际应用价值，适用于大规模推广应用。
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公开(公告)号：CN102521527A
公开(公告)日：2012-06-27
申请号：CN201110412679.1
申请日：2011-12-12
Applicant: 同济大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明涉及一种根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位的方法，包括：(1)数据收集：按照抗体物种来源信息(如，鼠源，人源等)分类收集抗原-抗体结构数据，得到分类数据集；收集蛋白相互作用结合位点的描述性特征；(2)模型建立：对于收集到的分类数据集，计算上述描述性特征，根据类间差异建立针对结合不同物种来源抗体的抗原空间表位预测模型；(3)表位预测：根据需结合的抗体物种来源选择抗原空间表位预测模型，对未知表位的抗原进行潜在空间表位预测。本发明根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位，综合运用蛋白质中氨基酸理化性质和三维空间局部结构特征，设计巧妙，显著提高预测准确性，适于大规模推广应用。
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公开(公告)号：CN117919389B
公开(公告)日：2024-07-23
申请号：CN202410331405.7
申请日：2024-03-22
Applicant: 上海南方模式生物科技股份有限公司 , 同济大学
Abstract: 本发明属于生物医药技术领域，公开一种肿瘤新抗原DNA疫苗，具体的，所述DNA疫苗以PVAX1为原始载体，于PVAX1的酶切位点Hind III和Not I之间设置有抗原表达单元，所述抗原表达单元从Hind III位点的右边界顺序依次为Kozak、Signal peptides、Ubiquitous、BamHI、EcoRI、F2A和GM‑CSF，所述抗原表达单元BamHI和EcoRI酶切位点之间插入有TMGs序列，本发明设计的疫苗可以显著减缓肿瘤的生长速度，改善疫苗发挥作用时的免疫微环境，招募更多的免疫细胞，提高疫苗的有效性。
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