公开(公告)号：CN110819720A

公开(公告)日：2020-02-21

申请号：CN201910892376.0

申请日：2019-09-20

Applicant: 厦门大学

Inventor： 徐鹏 ,  吕红皂 ,  陈葆华 ,  濮菲

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6858 ,  C12N15/11 ,  G16B40/10 ,  G16B30/00

Abstract: 一种快速鉴定南北方花鲈群体的InDel分子标记方法，涉及利用分子标记种质鉴定领域。基于南北方不同种群花鲈高通量重测序数据，结合Samtools、GATK等基因分型软件分析得到全基因组InDel位点分型信息，从中挑选南北方群体具有完全不同的等位基因的两个InDel位点，根据InDel位点设计筛选两对PCR引物，通过PCR引物目的条带差异可快速准确判断待鉴定花鲈属于哪一个群体，其核苷酸序列为SEQ ID No:1-6所示。整个鉴定过程仅需0.5～1个工作日。对南北方花鲈群体进行种质鉴定可有效进行种质资源评估，减少苗种混杂的盲目性，为花鲈在遗传育种、分子和生物信息学方面研究等奠定基础。

公开(公告)号：CN112410435A

公开(公告)日：2021-02-26

申请号：CN202010899506.6

申请日：2020-08-31

Applicant: 厦门大学 ,  宁德市富发水产有限公司

Inventor： 徐鹏 ,  陈葆华 ,  郑炜豪 ,  柯巧珍 ,  潘滢

IPC: C12Q1/6888 ,  C40B40/06 ,  C40B50/00

Abstract: 一种大黄鱼基因组育种芯片及应用，涉及基因组学、生物信息学、分子生物学和基因组育种技术领域。提供一种大黄鱼全基因组育种芯片，命名为宁芯1号，是基于Thermofisher公司的Affymetrix基因芯片技术制造的。每张芯片可以同时检测96个样本，包含591,765个高质量的SNP位点，这些SNP位点具有SEQ ID NO.l至SEQ ID NO.591765所示的核苷酸序列。该芯片可在检测大黄鱼DNA样品中的应用，可以对大黄鱼育种材料的进行遗传背景分析，可以对黄鱼属近缘物种进行基因型鉴定，对大黄鱼经济性状进行关联分析；通量高、重复性好、数据分析简单、单个标记数据成本低，具有广阔的应用前景。

公开(公告)号：CN117778585A

公开(公告)日：2024-03-29

申请号：CN202311536676.8

申请日：2023-11-17

Applicant: 厦门大学

Inventor： 徐鹏 ,  王家迎 ,  陈葆华 ,  柯巧珍 ,  周涛 ,  濮菲

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6837 ,  C40B40/06

Abstract: 一种大黄鱼55K液相芯片及其应用，属于全基因组基因芯片技术领域。所述液相芯片的基因分型对象包括定位于大黄鱼参考基因组GCA_003845795.1上的SNP位点，其在大黄鱼参考基因组GCA_003845795.1上的位置如说明书表2中所示。还公开上述大黄鱼液相芯片在大黄鱼基因组选择育种、大黄鱼全基因组关联分析、大黄鱼遗传多样性分析、大黄鱼亲子鉴定和品种鉴定及大黄鱼种质资源改良与保护中的应用。

公开(公告)号：CN110819720B

公开(公告)日：2021-04-27

申请号：CN201910892376.0

申请日：2019-09-20

Applicant: 厦门大学

Inventor： 徐鹏 ,  吕红皂 ,  陈葆华 ,  濮菲

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6858 ,  C12N15/11 ,  G16B40/10 ,  G16B30/00

Abstract: 一种快速鉴定南北方花鲈群体的InDel分子标记方法，涉及利用分子标记种质鉴定领域。基于南北方不同种群花鲈高通量重测序数据，结合Samtools、GATK等基因分型软件分析得到全基因组InDel位点分型信息，从中挑选南北方群体具有完全不同的等位基因的两个InDel位点，根据InDel位点设计筛选两对PCR引物，通过PCR引物目的条带差异可快速准确判断待鉴定花鲈属于哪一个群体，其核苷酸序列为SEQ ID No:1‑6所示。整个鉴定过程仅需0.5～1个工作日。对南北方花鲈群体进行种质鉴定可有效进行种质资源评估，减少苗种混杂的盲目性，为花鲈在遗传育种、分子和生物信息学方面研究等奠定基础。