公开(公告)号：CN110819720B

公开(公告)日：2021-04-27

申请号：CN201910892376.0

申请日：2019-09-20

Applicant: 厦门大学

Inventor： 徐鹏 ,  吕红皂 ,  陈葆华 ,  濮菲

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6858 ,  C12N15/11 ,  G16B40/10 ,  G16B30/00

Abstract: 一种快速鉴定南北方花鲈群体的InDel分子标记方法，涉及利用分子标记种质鉴定领域。基于南北方不同种群花鲈高通量重测序数据，结合Samtools、GATK等基因分型软件分析得到全基因组InDel位点分型信息，从中挑选南北方群体具有完全不同的等位基因的两个InDel位点，根据InDel位点设计筛选两对PCR引物，通过PCR引物目的条带差异可快速准确判断待鉴定花鲈属于哪一个群体，其核苷酸序列为SEQ ID No:1‑6所示。整个鉴定过程仅需0.5～1个工作日。对南北方花鲈群体进行种质鉴定可有效进行种质资源评估，减少苗种混杂的盲目性，为花鲈在遗传育种、分子和生物信息学方面研究等奠定基础。

公开(公告)号：CN110819720A

公开(公告)日：2020-02-21

申请号：CN201910892376.0

申请日：2019-09-20

Applicant: 厦门大学

Inventor： 徐鹏 ,  吕红皂 ,  陈葆华 ,  濮菲

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6858 ,  C12N15/11 ,  G16B40/10 ,  G16B30/00

Abstract: 一种快速鉴定南北方花鲈群体的InDel分子标记方法，涉及利用分子标记种质鉴定领域。基于南北方不同种群花鲈高通量重测序数据，结合Samtools、GATK等基因分型软件分析得到全基因组InDel位点分型信息，从中挑选南北方群体具有完全不同的等位基因的两个InDel位点，根据InDel位点设计筛选两对PCR引物，通过PCR引物目的条带差异可快速准确判断待鉴定花鲈属于哪一个群体，其核苷酸序列为SEQ ID No:1-6所示。整个鉴定过程仅需0.5～1个工作日。对南北方花鲈群体进行种质鉴定可有效进行种质资源评估，减少苗种混杂的盲目性，为花鲈在遗传育种、分子和生物信息学方面研究等奠定基础。