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公开(公告)号：CN116083393A
公开(公告)日：2023-05-09
申请号：CN202310140791.7
申请日：2023-02-14
Applicant: 南方科技大学
IPC: C12N9/12 , C12N15/54 , C12Q1/6844 , C12Q1/6869 , C40B50/06
Abstract: 本发明公开了一种DNA装配分子机器及其应用，涉及分子生物技术领域。DNA装配分子机器包括掌结构域、2个末端插入结构域、拇指结构域、手指结构域和外切酶活性结构域。DNA装配分子稳定性好，适用于等温扩增。此外，上述DNA装配分子及其突变体具备在多种金属离子、不同温度下的DNA组装功能，可应用于纳米孔测序、单分子测序、RCA建库、环境检测和体外诊断。
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公开(公告)号：CN118335197B
公开(公告)日：2024-09-24
申请号：CN202410772925.1
申请日：2024-06-17
Applicant: 南方科技大学
Abstract: 本发明提供了一种基于纳米孔测序芯片的DNA数据存储方法，涉及DNA数据存储技术领域，包括有效载荷、引物序列、条形码序列和若干个均匀分布于有效载荷上的锚定序列；引物序列用于启动复合核酸分子的复制或扩增；条形码序列用于识别和追踪不同的DNA特异性序列；有效载荷用于承载拟存储数据的DNA序列；锚定序列用于过滤数据、重定位和扩充条形码序列空间大小。能够精准过滤纳米孔测序得到的长度>200bp的测序读段中的高插入和删除错误，提高准确性，解决了现有技术中方法无法对应用于高纳米孔测序的长度>200bp的测序读段中的高插入和删除错误进行有效处理的技术问题。
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公开(公告)号：CN113470751A
公开(公告)日：2021-10-01
申请号：CN202110739359.0
申请日：2021-06-30
Applicant: 南方科技大学
Abstract: 本发明提供一种蛋白纳米孔氨基酸序列的筛选方法、蛋白纳米孔及其应用。所述筛选方法包括：评估双孔结构的特征序列，利用模型搜索与所述双孔结构的特征序列相匹配的氨基酸序列，去除冗余候选序列后进行定位和筛选，计算候选序列的匹配长度和包络长度，再进行配准得到与已知的蛋白纳米孔的相对失配关系，分析得到最终序列。通过该方法筛选得到的氨基酸序列形成的蛋白纳米孔与已知T2SS、T3SS以及T4SS的分泌素蛋白相似度较低，所述蛋白纳米孔特有的序列缩小了孔的内径，使其通道孔径较小且选择性较高，是一类新型的选择性较好的蛋白纳米孔，能够应用于在物质检测或海水淡化等多个领域。
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公开(公告)号：CN119119299A
公开(公告)日：2024-12-13
申请号：CN202411290646.8
申请日：2024-09-14
Applicant: 南方科技大学
IPC: C07K19/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本申请涉及一种双门控纳米孔蛋白的修饰方法和测序用双门控纳米孔蛋白及其应用，属于生物技术领域。一种双门控纳米孔蛋白的修饰方法，包括：在双门控纳米孔的β桶的相邻两个β折叠片上分别插入x1L2x3L4x5氨基酸序列和x6L7x8L9x10氨基酸序列，其中，x1L2x3L4x5氨基酸序列和x6L7x8L9x10氨基酸序列均包括2‑20个氨基酸，其中包括至少两个疏水性氨基酸；且双门控纳米孔的感应区至少两个氨基酸被极性氨基酸取代。经修饰获得的测序用双门控纳米孔蛋白，可以在片上大规模集成，以形成稳定、均匀的孔道，具有高效的测序性能。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118335197A
公开(公告)日：2024-07-12
申请号：CN202410772925.1
申请日：2024-06-17
Applicant: 南方科技大学
Abstract: 本发明提供了一种基于纳米孔测序芯片的DNA数据存储方法，涉及DNA数据存储技术领域，包括有效载荷、引物序列、条形码序列和若干个均匀分布于有效载荷上的锚定序列；引物序列用于启动复合核酸分子的复制或扩增；条形码序列用于识别和追踪不同的DNA特异性序列；有效载荷用于承载拟存储数据的DNA序列；锚定序列用于过滤数据、重定位和扩充条形码序列空间大小。能够精准过滤纳米孔测序得到的长度>200bp的测序读段中的高插入和删除错误，提高准确性，解决了现有技术中方法无法对应用于高纳米孔测序的长度>200bp的测序读段中的高插入和删除错误进行有效处理的技术问题。
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公开(公告)号：CN117238360A
公开(公告)日：2023-12-15
申请号：CN202311311991.0
申请日：2023-10-11
Applicant: 南方科技大学
Abstract: 本申请提供一种提高生物分子在纳米孔分析时的数据存储稳定性、保密性和数据准确性的方法，属于生物分子数据存储和分析技术领域。提高生物分子在纳米孔分析时的数据存储稳定性、保密性和数据准确性的方法包括：对生物分子中的一个或多个结构单元进行基团修饰，以使被基团修饰的结构单元在纳米孔分析时的电流信号发生变化；其中，生物分子包括核酸、蛋白质、多糖以及多肽中的任意一种。本申请提供的方法可有效改善现有的生物分子在纳米孔分析时数据存储稳定性不佳、数据安全性不佳以及数据准确性不佳的技术问题。
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公开(公告)号：CN116083395A
公开(公告)日：2023-05-09
申请号：CN202211024823.9
申请日：2022-08-25
Applicant: 南方科技大学
IPC: C12N9/14 , C12N15/55 , C12Q1/6869
Abstract: 本申请提供一种分子马达、构建体、核酸、载体、宿主细胞及其应用，涉及生物技术领域，本申请提供的分子马达由氨基酸序列构造而成，在结构上构造形成塔结构、销结构和钩结构，其中，塔结构中由短的双β折叠区和长的双α螺旋结构构成，销结构和钩结构由双β折叠片构造而成，其中销结构短小。构造而成的特殊结构一方面有利于核酸与分子马达的结合；另一方面，也会加快核酸在分子马达中的解旋速度，提高分子马达的解旋活性。该分子马达能够在宽温度范围(10‑50℃)、盐离子(0‑600mMNaCl)以及多种重金属离子溶液中行使DNA解链活性，对环境溶液具备广泛的适应性。该分子马达能够实现核苷酸的移动控速，可应用于纳米孔测序等领域。
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公开(公告)号：CN115974984A
公开(公告)日：2023-04-18
申请号：CN202310095505.X
申请日：2023-01-17
Applicant: 南方科技大学
IPC: C07K14/00 , C07K1/107 , C12Q1/6806 , C12Q1/6869 , G01N33/487 , G01N27/327
Abstract: 本申请提供一种双门孔道蛋白、孔道蛋白突变体、核苷酸序列及其应用，属于纳米孔单分子检测技术领域。双门孔道蛋白的氨基酸序列如SEQ IDNO.1所示。孔道蛋白突变体，孔道蛋白突变体的氨基酸序列为：SEQ IDNO.2所示序列、第一突变体序列或第二突变体序列。第一突变体序列和第二突变体序列分别为与SEQ ID NO.1以及SEQ ID NO.2同源性大于等于75％的序列。本申请的双门孔道蛋白和孔道蛋白突变体有利于提高待测物质的检测准确性、孔道蛋白的集成组装效果，也有利于有效对连续同一碱基序列进行检测，具有较佳的结构稳定性和电生理稳定性，也有利于促进跨孔道蛋白的待测物质待测物的有效捕获和/或易位。
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公开(公告)号：CN113470751B
公开(公告)日：2024-09-20
申请号：CN202110739359.0
申请日：2021-06-30
Applicant: 南方科技大学
Abstract: 本发明提供一种蛋白纳米孔氨基酸序列的筛选方法、蛋白纳米孔及其应用。所述筛选方法包括：评估双孔结构的特征序列，利用模型搜索与所述双孔结构的特征序列相匹配的氨基酸序列，去除冗余候选序列后进行定位和筛选，计算候选序列的匹配长度和包络长度，再进行配准得到与已知的蛋白纳米孔的相对失配关系，分析得到最终序列。通过该方法筛选得到的氨基酸序列形成的蛋白纳米孔与已知T2SS、T3SS以及T4SS的分泌素蛋白相似度较低，所述蛋白纳米孔特有的序列缩小了孔的内径，使其通道孔径较小且选择性较高，是一类新型的选择性较好的蛋白纳米孔，能够应用于在物质检测或海水淡化等多个领域。
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