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公开(公告)号:CN111549098A
公开(公告)日:2020-08-18
申请号:CN202010546218.2
申请日:2020-06-16
Applicant: 南开大学
IPC: C12Q1/6804 , G16B5/00 , G16B30/00
Abstract: 本发明涉及一种测量人端粒精准长度的单分子力学方法。首先,提取目标细胞的基因组DNA;使用组合酶切,消化基因组,保留端粒DNA;分别采用地高辛和生物素对端粒DNA两端进行亲和标记,从而获得可用于单分子力学测量的端粒DNA结构。其次,将端粒结构固定于链霉亲和素包被的磁珠和抗地高辛抗体铺敷的玻璃表面之间,在单分子仪器上进行DNA力学拉伸实验。最后,使用蠕虫模型,对实测端粒长度进行纳米与碱基对之间的长度转换,即可实现端粒长度的精准测量。本发明属于精密仪器测量分析与细胞分子生物学领域,为细胞研究、健康筛查和临床药物疗效评估开发了一种直接测量端粒精准长度的新方法。
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公开(公告)号:CN111269911A
公开(公告)日:2020-06-12
申请号:CN202010076133.2
申请日:2020-01-23
Applicant: 南开大学
IPC: C12N15/113 , G01N33/53
Abstract: 本发明涉及一种测量CpG毗邻序列影响蛋白解离时间常数的单分子力学方法。本发明基于单分子力学方法,高通量探测蛋白从同一个DNA分子上多个CpG位点的解离事件,对比分析不同毗邻序列对蛋白与CpG位点相互作用的影响。本发明构建了一种包括CpG位点的发夹结构,其茎干部分含有多个等距分布的CpG位点,CpG毗邻序列可按需设置,譬如CG、GC、AT和TA,对照DNA发卡结构的相应CpG位点则仅含有一种毗邻序列,对比分析蛋白在每个CpG位点的解离时间,可精确测量CpG毗邻序列如何影响蛋白解离时间常数。本发明可用于高通量实时重复探测蛋白与不同CpG位点的相互作用时间和概率,获得精确的解离时间常数,广泛用于精密分析蛋白核酸相互作用,有助于生命科学和医药研发。
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公开(公告)号:CN111254144A
公开(公告)日:2020-06-09
申请号:CN202010076132.8
申请日:2020-01-23
Applicant: 南开大学
IPC: C12N15/113 , C12Q1/686 , G16B25/20 , G16B5/00
Abstract: 本发明涉及一种分子尺发夹结构及其用于测量单分子磁镊空间尺度准确性的方法,首先构建茎干部分含有多个CCGG位点的发夹结构为分子尺发夹结构,将发夹结构固定于工作池表面,使用单分子磁镊实时监测磁珠的位置,计算可以得到分子尺发夹结构于两个相邻停顿态之间的精确长度,亦即相邻CCGG位点间长度。通过长度与碱基对数的转换,可以精确计算长度转换系数,并与蠕虫模型理论值进行比较,从而衡量单分子磁镊空间尺度的准确度。本发明可用于精密仪器准确度的标定,拓宽了衡量精密仪器准确度的方法。
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公开(公告)号:CN111549098B
公开(公告)日:2024-10-29
申请号:CN202010546218.2
申请日:2020-06-16
Applicant: 南开大学
IPC: C12Q1/6804 , G16B5/00 , G16B30/00
Abstract: 本发明涉及一种测量人端粒精准长度的单分子力学方法。首先,提取目标细胞的基因组DNA;使用组合酶切,消化基因组,保留端粒DNA;分别采用地高辛和生物素对端粒DNA两端进行亲和标记,从而获得可用于单分子力学测量的端粒DNA结构。其次,将端粒结构固定于链霉亲和素包被的磁珠和抗地高辛抗体铺敷的玻璃表面之间,在单分子仪器上进行DNA力学拉伸实验。最后,使用蠕虫模型,对实测端粒长度进行纳米与碱基对之间的长度转换,即可实现端粒长度的精准测量。本发明属于精密仪器测量分析与细胞分子生物学领域,为细胞研究、健康筛查和临床药物疗效评估开发了一种直接测量端粒精准长度的新方法。
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公开(公告)号:CN111269911B
公开(公告)日:2023-05-02
申请号:CN202010076133.2
申请日:2020-01-23
Applicant: 南开大学
IPC: C12N15/113 , G01N33/53
Abstract: 本发明涉及一种测量CpG毗邻序列影响蛋白解离时间常数的单分子力学方法。本发明基于单分子力学方法,高通量探测蛋白从同一个DNA分子上多个CpG位点的解离事件,对比分析不同毗邻序列对蛋白与CpG位点相互作用的影响。本发明构建了一种包括CpG位点的发夹结构,其茎干部分含有多个等距分布的CpG位点,CpG毗邻序列可按需设置,譬如CG、GC、AT和TA,对照DNA发卡结构的相应CpG位点则仅含有一种毗邻序列,对比分析蛋白在每个CpG位点的解离时间,可精确测量CpG毗邻序列如何影响蛋白解离时间常数。本发明可用于高通量实时重复探测蛋白与不同CpG位点的相互作用时间和概率,获得精确的解离时间常数,广泛用于精密分析蛋白核酸相互作用,有助于生命科学和医药研发。
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公开(公告)号:CN111254144B
公开(公告)日:2023-04-28
申请号:CN202010076132.8
申请日:2020-01-23
Applicant: 南开大学
IPC: C12N15/113 , C12Q1/686 , G16B25/20 , G16B5/00
Abstract: 本发明涉及一种分子尺发夹结构及其用于测量单分子磁镊空间尺度准确性的方法,首先构建茎干部分含有多个CCGG位点的发夹结构为分子尺发夹结构,将发夹结构固定于工作池表面,使用单分子磁镊实时监测磁珠的位置,计算可以得到分子尺发夹结构于两个相邻停顿态之间的精确长度,亦即相邻CCGG位点间长度。通过长度与碱基对数的转换,可以精确计算长度转换系数,并与蠕虫模型理论值进行比较,从而衡量单分子磁镊空间尺度的准确度。本发明可用于精密仪器准确度的标定,拓宽了衡量精密仪器准确度的方法。
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公开(公告)号:CN109750055A
公开(公告)日:2019-05-14
申请号:CN201910188876.6
申请日:2019-03-13
Applicant: 南开大学
Abstract: 本发明提供一种基于α螺旋把手提高蛋白核酸生物耦合效率的方法;首先设计携带非天然氨基酸的把手H-tag,其次构建含有H-tag和待测蛋白的融合重组表达质粒,再次表达纯化在H-tag中含有非天然氨基酸的融合重组蛋白,最后对融合蛋白H-tag中非天然氨基酸和核酸底物上的耦合基团进行高效点击化学连接。本方法使用α螺旋把手为非天然氨基酸提供可控的蛋白表面反应条件,避免待测蛋白表面复杂的结构、电荷和极性纳米环境,从而实现对蛋白与核酸进行高效点击化学连接等目标。
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公开(公告)号:CN109750055B
公开(公告)日:2022-12-23
申请号:CN201910188876.6
申请日:2019-03-13
Applicant: 南开大学
Abstract: 本发明提供一种基于α螺旋把手提高蛋白核酸生物耦合效率的方法;首先设计携带非天然氨基酸的把手H‑tag,其次构建含有H‑tag和待测蛋白的融合重组表达质粒,再次表达纯化在H‑tag中含有非天然氨基酸的融合重组蛋白,最后对融合蛋白H‑tag中非天然氨基酸和核酸底物上的耦合基团进行高效点击化学连接。本方法使用α螺旋把手为非天然氨基酸提供可控的蛋白表面反应条件,避免待测蛋白表面复杂的结构、电荷和极性纳米环境,从而实现对蛋白与核酸进行高效点击化学连接等目标。
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公开(公告)号:CN107828826A
公开(公告)日:2018-03-23
申请号:CN201711318006.3
申请日:2017-12-12
Applicant: 南开大学
CPC classification number: C12N15/907 , C12N5/0623 , C12N9/22
Abstract: 本发明涉及细胞生物学技术领域,具体来说是一种体外高效获得神经干细胞的方法,A、通过CRISPR/Cas9系统构建拥有Pax6-GFP报告系统的胚胎干细胞细胞系;B、Pax6-GFP ES报告系统在体外和体内指示神经分化;C、Pax6-GFP报告系统富集纯化神经干细胞;本发明使用CRISPR/Cas9基因编辑工具构建了具有Pax6-GFP荧光报告系统的细胞系,并通过这个细胞系实现了体外神经干细胞的快速、高效获得。
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