公开(公告)号：CN117198431A

公开(公告)日：2023-12-08

申请号：CN202311107665.8

申请日：2023-08-30

Applicant: 南京邮电大学

Inventor： 吴建盛 ,  王晨宇 ,  丁季 ,  唐诗迪 ,  张豪

IPC: G16C20/90 ,  G16C20/50 ,  G06F9/54 ,  G06F9/50

Abstract: 本发明提供了一种基于GPU的快速分子对接方法，目的是进一步提升QuickVina2‑GPU方法的对接精度和速度。在提升对接精度上，利用Gypsum‑DL方法对输入的小分子结构进行优化；利用交叉对接方法选择最佳的受体结构；利用Coach‑D方法优化受体的对接口袋。在提升对接速度上，利用全局网格缓存实现QuickVina2‑GPU的分子间能量计算加速。本发明在小分子库的准备上，弥补了Openbabel对小分子电荷处理的不足，选择出对接精度较好、能有效还原真实构象的受体，减少CPU和GPU之间的数据传输次数，大大提高了分子对接的速度，降低通信开销，本发明可以进一步满足大规模药物虚拟筛选下对对接速度和精度的无限追求。