公开(公告)号：CN101979540B

公开(公告)日：2013-03-06

申请号：CN201010518335.4

申请日：2010-10-26

Applicant: 南京大学

Inventor： 王进 ,  何沉峰 ,  李颖新 ,  杨嵘 ,  严先昭 ,  龚晨光 ,  李捷 ,  周志华 ,  张辰宇

IPC: C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种microRNA探针序列的设计方法，包括以下步骤：从基因组序列中收集所有能形成茎环结构的茎种序列；计算各茎种序列及其附近100nt～150nt区域序列所形成的RNA二级结构；根据microRNA前体茎环结构特征对产生的RNA二级结构进行筛选，提取含microRNA的茎环结构；计算含microRNA茎环结构的自由能分布；使用microRNA茎环结构的自由能特征谱确定microRNA前体；使用标准转换关系将microRNA前体二级结构归属为成熟体等效长度；用设定的等效总长度在microRNA前体二级结构中截取microRNA成熟体序列并输出结果。

公开(公告)号：CN101979540A

公开(公告)日：2011-02-23

申请号：CN201010518335.4

申请日：2010-10-26

Applicant: 南京大学

Inventor： 王进 ,  何沉峰 ,  李颖新 ,  杨嵘 ,  严先昭 ,  龚晨光 ,  李捷 ,  周志华 ,  张辰宇

IPC: C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种microRNA探针序列的设计方法，包括以下步骤：从基因组序列中收集所有能形成茎环结构的茎种序列；计算各茎种序列及其附近100nt～150nt区域序列所形成的RNA二级结构；根据microRNA前体茎环结构特征对产生的RNA二级结构进行筛选，提取含microRNA的茎环结构；计算含microRNA茎环结构的自由能分布；使用microRNA茎环结构的自由能特征谱确定microRNA前体；使用标准转换关系将microRNA前体二级结构归属为成熟体等效长度；用设定的等效总长度在microRNA前体二级结构中截取microRNA成熟体序列并输出结果。