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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN103093119A
公开(公告)日：2013-05-08
申请号：CN201310028142.4
申请日：2013-01-24
Applicant: 南京大学
IPC: G06F19/18
Abstract: 本发明公开了一种利用网络结构信息识别显著生物通路的方法，包括以下步骤：输入基因芯片数据；将基因芯片中测量的所有基因归属到已知的生物通路集合中；使用网络结构信息计算每条生物通路的差异性；构造随机对照数据，计算随机情况下每条生物通路差异性的分布，并且计算p值；对原始p值进行校正；判断每条生物通路的显著性是否符合阈值要求，如果判断结果为否，则抛弃；如果判断结果为是，则输出识别结果。本发明方法能够有效识别当生物条件发生变化时被显著影响的生物通路，同时也能从多种角度发现导致这些生物通路发生变化的关键基因和调控路径。
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公开(公告)号：CN101565747A
公开(公告)日：2009-10-28
申请号：CN200910032863.6
申请日：2009-06-04
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种提取多种基因集合特征表达模式的方法，包括以下步骤：输入芯片数据；判断基因表达谱芯片所含基因所属的基因集合；判断每一个基因集合中基因的个数是否在基因集合容量大小设置的范围之内，如果判断结果为否，则抛弃此基因集合；否则，执行下一步；计算基因集合的单态显著性和多态显著性；对原始p值进行校正；判断基因集合的单态显著性和多态显著性是否符合阈值要求，如果判断结果为否，则抛弃；如果判断结果为是，则输出识别结果。本发明方法能够有效识别多种特征表达模式，甄别无效的干扰噪音，大大提高了基因表达谱在实际应用中的价值。
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公开(公告)号：CN101250584B
公开(公告)日：2012-06-13
申请号：CN200810019862.3
申请日：2008-03-19
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种识别显著差异表达基因集合的方法，它包括以下步骤：(1)设置和输入数据；(2)将基因归属至各个基因集合；(3)检查每一个基因集合中基因的个数是否大于设置中定义的个数，如果结果为否，则抛弃此基因集合；(4)计算每一个基因集合的表达变化指数；(5)将整张芯片上所有基因作为背景基因，计算背景基因集合的表达变化指数；(6)从背景基因中随机抽样，检验各基因集合E值的显著性；(7)根据设定的E值和p值的阈值，输出符合阈值要求的基因集合作为识别结果。本发明方法对大基因集合识别效果优良，保证了在较少检测次数的情况下有较高的准确率，大大提高了基因表达值在实际应用中的价值。
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公开(公告)号：CN101565747B
公开(公告)日：2012-11-28
申请号：CN200910032863.6
申请日：2009-06-04
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种提取多种基因集合特征表达模式的方法，包括以下步骤：输入芯片数据；判断基因表达谱芯片所含基因所属的基因集合；判断每一个基因集合中基因的个数是否在基因集合容量大小设置的范围之内，如果判断结果为否，则抛弃此基因集合；否则，执行下一步；计算基因集合的单态显著性和多态显著性；对原始p值进行校正；判断基因集合的单态显著性和多态显著性是否符合阈值要求，如果判断结果为否，则抛弃；如果判断结果为是，则输出识别结果。本发明方法能够有效识别多种特征表达模式，甄别无效的干扰噪音，大大提高了基因表达谱在实际应用中的价值。
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公开(公告)号：CN101250584A
公开(公告)日：2008-08-27
申请号：CN200810019862.3
申请日：2008-03-19
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种识别显著差异表达基因集合的方法，它包括以下步骤：(1)设置和输入数据；(2)将基因归属至各个基因集合；(3)检查每一个基因集合中基因的个数是否大于设置中定义的个数，如果结果为否，则抛弃此基因集合；(4)计算每一个基因集合的表达变化指数；(5)将整张芯片上所有基因作为背景基因，计算背景基因集合的表达变化指数；(6)从背景基因中随机抽样，检验各基因集合E值的显著性；(7)根据设定的E值和p值的阈值，输出符合阈值要求的基因集合作为识别结果。本发明方法对大基因集合识别效果优良，保证了在较少检测次数的情况下有较高的准确率，大大提高了基因表达值在实际应用中的价值。
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