公开(公告)号：CN119785895A

公开(公告)日：2025-04-08

申请号：CN202411940138.X

申请日：2024-12-26

Applicant: 南京大学

Inventor： 杨四海 ,  魏帼 ,  王龙 ,  张小辉

IPC: G16B50/10 ,  G16B40/20 ,  G16B25/10 ,  G06F18/213 ,  G06F18/22 ,  G06F18/2413 ,  G06F18/2415 ,  G06N3/045 ,  G06N3/084 ,  G06N3/0895 ,  G06N5/045

Abstract: 本发明公开了基于神经网络的细胞类型注释方法、装置、介质和设备。该方法基于特征提取器和分类器所组成的全线性神经网络模型。该模型以细胞测序数据转换成的细胞特征基因向量为输入，输出所属细胞类型的概率值数据。该模型在训练时，分训练样本和验证样本，其中训练样本是细胞类型已知的。训练模型初始化时，模型挂接注意力机制网络。损失系数由五个损失项加权计算得到：交叉熵损失值、正则化损失值、对比学习损失值、模态对齐损失值、稀疏中心损失值。相比于现有技术的方法，本发明在各种不同数据集的测试中，具有较高的准确度。

公开(公告)号：CN109652426A

公开(公告)日：2019-04-19

申请号：CN201910056765.X

申请日：2019-01-22

Applicant: 南京大学

Inventor： 田大成 ,  王观 ,  杨四海 ,  张小辉

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/113 ,  C12N1/21 ,  C07K14/415 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46 ,  C12R1/01

Abstract: 本发明公开了一种水稻稻瘟病抗性基因对TP22及其应用。本发明公开了水稻稻瘟病新抗性基因对TP22中两个基因的核苷酸序列及其编码的氨基酸多肽序列。该基因对中两个基因均属于NBS-LRR类型抗病基因家族的成员。本发明中的抗稻瘟病的两个基因克隆自对稻瘟病菌表现出高抗的水稻品系，并将其同时转化至对稻瘟病菌感病的品种中，利用稻瘟病菌侵染的方法对其抗病能力进行评估，从而最终确定该基因对对于水稻稻瘟病具有抗性。

公开(公告)号：CN105063206A

公开(公告)日：2015-11-18

申请号：CN201510483647.9

申请日：2015-08-03

Applicant: 南京大学

Inventor： 田大成 ,  杨四海 ,  张小辉

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/11 ,  C07K14/415 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00

CPC classification number: C12Q1/6895 ,  C07K14/415 ,  C12N15/8282 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2600/13

Abstract: 本发明公开了一种利用植物抗病基因富集簇的分子育种方法及其应用，利用植物抗病基因富集簇的分子育种方法包括如下步骤：(1)抗稻瘟病基因富集簇的挖掘与功能验证；(2)挑选抗病基因位点；(3)培育中介品种；(4)筛选目的品种；(5)定位选育抗病品种。本发明所述的含多个抗病基因的富集簇，其包含的稻瘟病抗性基因的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1-15所示。本发明含有所述的稻瘟病抗性基因的载体。本发明所述的稻瘟病抗性基因所编码的蛋白，其氨基酸序列如SEQ ID NO:16-30。本发明所述的稻瘟病抗性基因在制备转基因抗稻瘟病水稻的应用。本发明的分子育种方法得到的水稻的稻瘟病性强并能保持优良农艺性状。

公开(公告)号：CN104404052A

公开(公告)日：2015-03-11

申请号：CN201410462177.3

申请日：2014-09-11

Applicant: 南京大学

Inventor： 田大成 ,  贾艳晓 ,  杨四海 ,  张小辉

IPC: C12N15/29 ,  C07K14/415 ,  C12N15/113 ,  C12N15/84 ,  A01H5/00 ,  A01N47/44 ,  A01P3/00

Abstract: 本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种水稻稻瘟病抗性基因RMg39及其应用。本发明公开了水稻稻瘟病新抗性基因RMg39的核苷酸序列及其编码的氨基酸多肽序列。此基因属于NBS-LRR类型抗病基因家族的成员。本发明中的抗稻瘟病基因克隆自对稻瘟病菌表现出高抗的水稻品系，并将其转化至对稻瘟病菌感病的品种中，利用稻瘟病菌侵染的方法对其抗病能力进行评估，从而最终确定该基因对水稻稻瘟病具有抗性。

公开(公告)号：CN104293799A

公开(公告)日：2015-01-21

申请号：CN201410460903.8

申请日：2014-09-11

Applicant: 南京大学

Inventor： 张小辉 ,  谢正清 ,  田大成 ,  杨四海

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  C12N1/21 ,  C07K14/415 ,  A01H5/00 ,  A01N47/44 ,  A01P3/00

Abstract: 本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种水稻稻瘟病抗性基因RMg38及其应用。本发明公开了水稻稻瘟病新抗性基因RMg38的核苷酸序列及其编码的氨基酸多肽序列。此基因属于NBS-LRR类型抗病基因家族的成员。本发明中的抗稻瘟病基因克隆自对稻瘟病菌表现出高抗的水稻品系，并将其转化至对稻瘟病菌感病的品种中，利用稻瘟病菌侵染的方法对其抗病能力进行评估，从而最终确定该基因对水稻稻瘟病具有抗性。

公开(公告)号：CN103805595A

公开(公告)日：2014-05-21

申请号：CN201210453400.9

申请日：2012-11-13

Applicant: 南京大学

Inventor： 田大成 ,  杨四海 ,  张小辉 ,  王娇 ,  谭生军 ,  仲岩

IPC: C12N15/10 ,  C12N15/29 ,  C12N15/63 ,  C12N15/84 ,  A01H5/00 ,  C07K14/415 ,  A01N47/44 ,  A01P3/00

CPC classification number: C12N15/8279 ,  A01H1/04 ,  C07K14/415 ,  C12N15/8282

Abstract: 本发明公开了一种高通量克隆植物抗病基因的方法。该方法通过生物信息学手段筛选候选抗病基因；然后利用高抗品种或近缘物种作为抗性基因源，大量克隆并转化这些候选基因到感病品种中，利用病原菌侵染的方法对其抗病能力做评估，从而最终找到在生产上具有重要价值的广谱高抗的植物抗病基因。本发明还公开了用该方法筛选到的稻瘟病抗性基因。

公开(公告)号：CN102732530B

公开(公告)日：2013-10-09

申请号：CN201210182282.2

申请日：2012-06-05

Applicant: 南京大学

Inventor： 田大成 ,  王娇 ,  杨四海 ,  徐婷

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/113 ,  C12N15/63 ,  C07K14/415 ,  A01H5/00 ,  A01N47/44 ,  A01P3/00

Abstract: 本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种水稻稻瘟病抗性基因RMg1或RMg2或RMg3及其应用。本发明公开了水稻稻瘟病新抗性基因RMg1,RMg2和RMg3的核苷酸序列及其编码的氨基酸多肽序列。此三个基因皆属于NBS-LRR类型抗病基因家族的成员。本发明中的三个抗稻瘟病基因均克隆自对稻瘟病菌表现出高抗的水稻品系，并将其转化至对稻瘟病菌感病的品种中，利用稻瘟病菌侵染的方法对其抗病能力进行评估，从而最终确定该三个基因对水稻稻瘟病具有抗性。

公开(公告)号：CN114512186A

公开(公告)日：2022-05-17

申请号：CN202210145716.5

申请日：2022-02-17

Applicant: 南京大学

Inventor： 杨四海 ,  季逸伦 ,  张小辉 ,  王龙

IPC: G16B20/20 ,  G16B25/10

Abstract: 本发明公开了一种在植物基因组中检测体细胞突变的方法。所述方法包括（1）重测序数据的评估；（2）重测序数据的拼装；（3）突变位点的鉴定；（4）突变位点的评估；（5）突变位点的筛选；（6）候选突变位点的分类与标签化；（7）突变位点的人工检验。本发明提供的方法，可以在各种植物基因组中高效、全面的检测体细胞突变，包括单核苷酸变异位点（SNV）与插入缺失位点(INDEL)，为评估植物体细胞突变率提供了有力分析工具，从而为研究体细胞突变对植物发育与进化的影响提供分子基础。

公开(公告)号：CN108753793B

公开(公告)日：2021-06-22

申请号：CN201711036909.2

申请日：2017-10-30

Applicant: 南京大学

Inventor： 田大成 ,  张玉涵 ,  杨四海 ,  张小辉

IPC: C12N15/29 ,  C07K14/415 ,  C12N15/11 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H5/10 ,  A01N47/44 ,  A01P3/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种水稻稻瘟病抗性基因RMg42及其应用。本发明公开了水稻稻瘟病新抗性基因RMg42的核苷酸序列及其编码的氨基酸多肽序列。此基因属于NBS‑LRR类型抗病基因家族的成员。本发明中的抗稻瘟病基因克隆自对稻瘟病菌表现出高抗的水稻品系，并将其转化至对稻瘟病菌感病的品种中，利用稻瘟病菌侵染的方法对其抗病能力进行评估，从而最终确定该基因对水稻稻瘟病具有抗性。

公开(公告)号：CN104293799B

公开(公告)日：2017-05-17

申请号：CN201410460903.8

申请日：2014-09-11

Applicant: 南京大学

Inventor： 张小辉 ,  谢正清 ,  田大成 ,  杨四海

IPC: C12N15/29 ,  C12N15/113 ,  C12N15/82 ,  C12N1/21 ,  C07K14/415 ,  A01H5/00 ,  A01N47/44 ,  A01P3/00

Abstract: 本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种水稻稻瘟病抗性基因RMg38及其应用。本发明公开了水稻稻瘟病新抗性基因RMg38的核苷酸序列及其编码的氨基酸多肽序列。此基因属于NBS‑LRR类型抗病基因家族的成员。本发明中的抗稻瘟病基因克隆自对稻瘟病菌表现出高抗的水稻品系，并将其转化至对稻瘟病菌感病的品种中，利用稻瘟病菌侵染的方法对其抗病能力进行评估，从而最终确定该基因对水稻稻瘟病具有抗性。