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公开(公告)号：CN116504314A
公开(公告)日：2023-07-28
申请号：CN202310765180.1
申请日：2023-06-27
Applicant: 华东交通大学
Abstract: 本发明提出一种基于细胞动态分化的基因调控网络构建方法，该方法包括，获取单细胞转录组测序数据并进行预处理，再利用Slingshot进行推断，得到包含细胞注释信息和拟时间信息的表达矩阵；根据表达矩阵中拟时间信息的密度计算两种细胞状态之间的交点，以交点为基准，将所有细胞划分成多个窗口；在每个窗口中构建细胞类型特异性基因调控网络；构建参考网络，将参考网络作为参考信息来校准细胞类型特异性基因调控网络。本发明将拟时间信息和细胞类型结合，并且考虑了细胞密度沿拟时间的分布状况，有助于从细胞动态分化的角度构建细胞类型特异性的基因调控网络，使得所构建的基因调控网络更准确。
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公开(公告)号：CN116504314B
公开(公告)日：2023-08-29
申请号：CN202310765180.1
申请日：2023-06-27
Applicant: 华东交通大学
Abstract: 本发明提出一种基于细胞动态分化的基因调控网络构建方法，该方法包括，获取单细胞转录组测序数据并进行预处理，再利用Slingshot进行推断，得到包含细胞注释信息和拟时间信息的表达矩阵；根据表达矩阵中拟时间信息的密度计算两种细胞状态之间的交点，以交点为基准，将所有细胞划分成多个窗口；在每个窗口中构建细胞类型特异性基因调控网络；构建参考网络，将参考网络作为参考信息来校准细胞类型特异性基因调控网络。本发明将拟时间信息和细胞类型结合，并且考虑了细胞密度沿拟时间的分布状况，有助于从细胞动态分化的角度构建细胞类型特异性的基因调控网络，使得所构建的基因调控网络更准确。
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公开(公告)号：CN114974435A
公开(公告)日：2022-08-30
申请号：CN202210509532.2
申请日：2022-05-10
Applicant: 华东交通大学
Abstract: 本申请涉及一种统一细胞类型和状态特征的细胞相似性度量方法，它包括如下步骤：S1：选择特征基因；S2：计算细胞类型差异；S3：计算细胞状态差异；S4：计算细胞间的距离；S5：根据步骤S4中得到的细胞间的距离构建距离矩阵Wα和邻接矩阵Wfinal；S6：在邻接矩阵Wfinal上实施谱聚类。本发明能够有效处理表达矩阵中存在大量零表达的情形，有效减少单细胞数据固有噪声的影响，可应用于单细胞数据集的细胞鉴定和衡量肿瘤内异质性分析。
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公开(公告)号：CN114974435B
公开(公告)日：2024-04-09
申请号：CN202210509532.2
申请日：2022-05-10
Applicant: 华东交通大学
Abstract: 本申请涉及一种统一细胞类型和状态特征的细胞相似性度量方法，它包括如下步骤：S1：选择特征基因；S2：计算细胞类型差异；S3：计算细胞状态差异；S4：计算细胞间的距离；S5：根据步骤S4中得到的细胞间的距离构建距离矩阵Wα和邻接矩阵Wfinal；S6：在邻接矩阵Wfinal上实施谱聚类。本发明能够有效处理表达矩阵中存在大量零表达的情形，有效减少单细胞数据固有噪声的影响，可应用于单细胞数据集的细胞鉴定和衡量肿瘤内异质性分析。
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