-
公开(公告)号：CN116504314B
公开(公告)日：2023-08-29
申请号：CN202310765180.1
申请日：2023-06-27
Applicant: 华东交通大学
Abstract: 本发明提出一种基于细胞动态分化的基因调控网络构建方法，该方法包括，获取单细胞转录组测序数据并进行预处理，再利用Slingshot进行推断，得到包含细胞注释信息和拟时间信息的表达矩阵；根据表达矩阵中拟时间信息的密度计算两种细胞状态之间的交点，以交点为基准，将所有细胞划分成多个窗口；在每个窗口中构建细胞类型特异性基因调控网络；构建参考网络，将参考网络作为参考信息来校准细胞类型特异性基因调控网络。本发明将拟时间信息和细胞类型结合，并且考虑了细胞密度沿拟时间的分布状况，有助于从细胞动态分化的角度构建细胞类型特异性的基因调控网络，使得所构建的基因调控网络更准确。
-
公开(公告)号：CN116504314A
公开(公告)日：2023-07-28
申请号：CN202310765180.1
申请日：2023-06-27
Applicant: 华东交通大学
Abstract: 本发明提出一种基于细胞动态分化的基因调控网络构建方法，该方法包括，获取单细胞转录组测序数据并进行预处理，再利用Slingshot进行推断，得到包含细胞注释信息和拟时间信息的表达矩阵；根据表达矩阵中拟时间信息的密度计算两种细胞状态之间的交点，以交点为基准，将所有细胞划分成多个窗口；在每个窗口中构建细胞类型特异性基因调控网络；构建参考网络，将参考网络作为参考信息来校准细胞类型特异性基因调控网络。本发明将拟时间信息和细胞类型结合，并且考虑了细胞密度沿拟时间的分布状况，有助于从细胞动态分化的角度构建细胞类型特异性的基因调控网络，使得所构建的基因调控网络更准确。
-
Search Results
2
records
(took 0.018 seconds)
