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公开(公告)号：CN102521529A
公开(公告)日：2012-06-27
申请号：CN201110410201.5
申请日：2011-12-09
Applicant: 北京市计算中心
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开了一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，包括：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列，每个MPI线程读取各自的MPI线程序号；S2、根据MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有则响应，并将当前任务分配给提出通信请求的线程；继续分配任务；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完再请求任务序号；S3、合并所有BLAST比对结果。本发明能降低生物信息学研究的硬件成本。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN108595915B
公开(公告)日：2021-06-22
申请号：CN201810336881.2
申请日：2018-04-16
Abstract: 本发明提供了属于生物信息技术领域的一种基于DNA变异检测的三代数据校正方法，首先将三代测序数据处理后作为参考序列数据，然后将二代测序数据处理后与其进行比对，得到比对文件。对比对文件进行变异分析检测，可以得到二代测序数据相对于三代测序数据的变异信息，利用变异信息完成对三代测序数据的校正。将DNA变异检测方法应用到三代测序数据纠错中，联合使用二代测序数据与三代测序数据，降低三代数据校正的成本，程序采用多线程的思想，加快三代数据的校正速度。本发明通过联合校正技术解决三代测序技术中存在的高错误率和高成本问题，为后续的三代测序数据变异检测方面奠定基础。
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公开(公告)号：CN107955834B
公开(公告)日：2019-03-12
申请号：CN201711270823.6
申请日：2017-12-05
Applicant: 北京市计算中心
IPC: C12Q1/6883 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及分子生物学，具体公开了检测2型糖尿病易感基因的突变位点组合及其检测引物与应用。所述突变位点组合包括来自KCNQ1、C2CD4A、TCF7L2、SLC30A8、CDKAL1、CDKN2A/2B、KCNJ11、PPAR2、IGF2BP2、FTO、JAZFl、GRK5、RASGRP1、HHEX、PTPRD和SSR基因中21个突变位点。本发明经过试验研究发现，对本发明选择的突变位点组合进行突变位点基因型的检测，可有效判断待检样本是否为2型糖尿病。本发明针对现有技术中已公开的21个SNP位点，筛选出了最佳的检测组合，在控制成本的基础上，将检测准确率提到到92％以上。
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公开(公告)号：CN108595915A
公开(公告)日：2018-09-28
申请号：CN201810336881.2
申请日：2018-04-16
Abstract: 本发明提供了属于生物信息技术领域的一种基于DNA变异检测的三代数据校正方法，首先将三代测序数据处理后作为参考序列数据，然后将二代测序数据处理后与其进行比对，得到比对文件。对比对文件进行变异分析检测，可以得到二代测序数据相对于三代测序数据的变异信息，利用变异信息完成对三代测序数据的校正。将DNA变异检测方法应用到三代测序数据纠错中，联合使用二代测序数据与三代测序数据，降低三代数据校正的成本，程序采用多线程的思想，加快三代数据的校正速度。本发明通过联合校正技术解决三代测序技术中存在的高错误率和高成本问题，为后续的三代测序数据变异检测方面奠定基础。
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公开(公告)号：CN107955834A
公开(公告)日：2018-04-24
申请号：CN201711270823.6
申请日：2017-12-05
Applicant: 北京市计算中心
IPC: C12Q1/6883 , C12N15/11
CPC classification number: C12Q1/6883 , C12Q2600/156
Abstract: 本发明涉及分子生物学，具体公开了检测2型糖尿病易感基因的突变位点组合及其检测引物与应用。所述突变位点组合包括来自KCNQ1、C2CD4A、TCF7L2、SLC30A8、CDKAL1、CDKN2A/2B、KCNJ11、PPAR2、IGF2BP2、FTO、JAZFl、GRK5、RASGRP1、HHEX、PTPRD和SSR基因中21个突变位点。本发明经过试验研究发现，对本发明选择的突变位点组合进行突变位点基因型的检测，可有效判断待检样本是否为2型糖尿病。本发明针对现有技术中已公开的21个SNP位点，筛选出了最佳的检测组合，在控制成本的基础上，将检测准确率提到到92％以上。
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公开(公告)号：CN106126976A
公开(公告)日：2016-11-16
申请号：CN201610425221.2
申请日：2016-06-15
Applicant: 北京市计算中心
IPC: G06F19/28
CPC classification number: G06F19/28
Abstract: 本发明提供了一种用于服务器中的生物信息分析系统。本发明提供的生物信息分析系统，集群了生物分析计算中常用的各类软件，当用户需要安装某一生物计算软件时，只需通过显示界面查找并点击该软件，系统即可自动对该软件进行安装，避免现有技术中需要用户自己查找并一一安装的麻烦，省时省力且方便快捷。此外，本发明提供的系统还能对经过生物计算软件计算之后的数据进行进一步的分析，得到分析结果，便于研究人员对于海量计算数据的分析与整合，使研究人员通过本发明提供的系统能够快速有效的获取需要的分析结果。
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