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公开(公告)号：CN102521529A
公开(公告)日：2012-06-27
申请号：CN201110410201.5
申请日：2011-12-09
Applicant: 北京市计算中心
IPC: G06F19/22
Abstract: 本发明涉及计算机和生物信息学技术领域，公开了一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，包括：S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列，每个MPI线程读取各自的MPI线程序号；S2、根据MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有则响应，并将当前任务分配给提出通信请求的线程；继续分配任务；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完再请求任务序号；S3、合并所有BLAST比对结果。本发明能降低生物信息学研究的硬件成本。
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公开(公告)号：CN102521024B
公开(公告)日：2013-07-31
申请号：CN201110375843.6
申请日：2011-11-23
Applicant: 北京市计算中心
IPC: G06F9/46
Abstract: 本发明公开了一种基于生物信息云平台的作业调度方法，涉及云平台构建技术领域，包括以下步骤：S1：表达层传输参数字符流至服务层；S2：根据所述参数字符流中的参数变量及参数字符流头部的程序名称生成以程序命名的参数文件；S3：最后根据参数字符流中指定的路径、作业类型和所述参数文件的文件名组装成格式统一的作业提交脚本并提交作业至资源层，所述作业提交脚本中还包括与所述作业类型相应的作业提交命令；S4：所述资源层解析所述作业提交脚本，执行所述作业提交命令以调用所述作业需调用的程序。本发明实现了平台的软件快速集成，提高了平台的可扩展性及可部署性，减小了开发成本，缩短了开发周期。
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公开(公告)号：CN104546857A
公开(公告)日：2015-04-29
申请号：CN201310492708.9
申请日：2013-10-18
Applicant: 北京市计算中心
IPC: A61K31/519 , A61P31/04
CPC classification number: A61K31/519
Abstract: 本发明公开了一种小分子化合物的抗菌用途，具体为一种β-内酰胺的抗菌用途。该小分子化合物是naphthoylenequinazolone，化合物名：benzo[lmn]diquinazolino[2,1-b:1',2'-j][3,8]phenanthroline-6,9,15,20-tetra one。本发明是基于β-内酰胺类抗生素的作用机制来发现新的小分子化合物。结果发现，上述小分子化合物对氨苄青霉素耐药的金黄色葡萄球菌具有抑制和杀菌作用，可治疗金黄色葡萄球菌引起的疾病，可用于医院环境的消毒灭菌。该小分子化合物在本发明的工业实施中可将药品制成适应各种用药途径的各种剂型。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN102289572A
公开(公告)日：2011-12-21
申请号：CN201110210221.8
申请日：2011-07-26
Applicant: 北京市计算中心
Abstract: 本发明涉及工程计算技术领域，公开了一种降低工程计算过程中计算成本的方法，包括步骤：S1、在服务器端创建一个Web接入系统，所述Web接入系统用于启动远程的软件；S2、通过所述Web接入系统，以远程桌面方式启动远程的超级计算集群上的软件，然后在线建立模型，同时将这个模型保存在远程的文件系统上；或者，在本地建立模型，将所述模型上传到远程的超级计算集群上，同时将这个模型保存在远程的文件系统上；S3、通过所述Web接入系统提交计算作业，使其在超级计算集群上运行；S4、将所述计算作业在超级计算集群上运行的结果输出到所述服务器端上。本发明能够缩短工程计算任务开发周期，从而降低工程计算过程的计算成本。
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公开(公告)号：CN104546856A
公开(公告)日：2015-04-29
申请号：CN201310492687.0
申请日：2013-10-18
Applicant: 北京市计算中心
IPC: A61K31/519 , A61P31/04 , A01P1/00
CPC classification number: A61K31/519
Abstract: 本发明公开了一种小分子化合物的抗菌用途，具体为一种β-内酰胺的抗菌用途。该小分子化合物是2-(1,3-dioxo-1H-benzo[de]isoquinolin-2(3H)-yl)-5H,13H-benzo[4,5]isoq uino[2,1-a]quinazoline-5,13-dione。本发明是基于β-内酰胺类抗生素的作用机制来发现新的小分子化合物。结果发现，上述小分子化合物对氨苄青霉素耐药的金黄色葡萄球菌具有抑制和杀菌作用，可治疗金黄色葡萄球菌引起的疾病，可用于医院环境的消毒灭菌。该小分子化合物在本发明的工业实施中可将药品制成适应各种用药途径的各种剂型。
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公开(公告)号：CN102521024A
公开(公告)日：2012-06-27
申请号：CN201110375843.6
申请日：2011-11-23
Applicant: 北京市计算中心
IPC: G06F9/46
Abstract: 本发明公开了一种基于生物信息云平台的作业调度方法，涉及云平台构建技术领域，包括以下步骤：S1：表达层传输参数字符流至服务层；S2：根据所述参数字符流中的参数变量及参数字符流头部的程序名称生成以程序命名的参数文件；S3：最后根据参数字符流中指定的路径、作业类型和所述参数文件的文件名组装成格式统一的作业提交脚本并提交作业至资源层，所述作业提交脚本中还包括与所述作业类型相应的作业提交命令；S4：所述资源层解析所述作业提交脚本，执行所述作业提交命令以调用所述作业需调用的程序。本发明实现了平台的软件快速集成，提高了平台的可扩展性及可部署性，减小了开发成本，缩短了开发周期。
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公开(公告)号：CN102254021A
公开(公告)日：2011-11-23
申请号：CN201110210166.2
申请日：2011-07-26
Applicant: 北京市计算中心
IPC: G06F17/30
Abstract: 本发明公开了一种基于虚拟机管理系统的数据库构建方法，包括：S1：根据用户输入的数据表创建参数创建数据表；S2：以虚拟机映像表和虚拟机实例表为主表，确定所述数据表中具有外键约束的字段，并给出所述字段在主表中的被参照字段；S3：对参照字段和被参照字段建立索引；S4：重复执行步骤S1～S3建立所有数据表，以完成数据库的构建。本发明增强了虚拟机管理调度系统的扩展性、移植性、兼容性，提高了数据库构建代码的可重用性，降低了私有云平台开发的复杂程度。
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