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公开(公告)号：CN1366075A
公开(公告)日：2002-08-28
申请号：CN01136952.3
申请日：2001-12-26
Applicant: 北京大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种电极阵列型基因芯片及其制作方法,属于生命科学领域,涉及一种具有对基因进行检测、识别、鉴定、诊断功能的器件。该基因芯片选用金丝或表面镀金的金属丝作为电极,电极排成阵列并固定在芯片基底上;电极的一端用作探针的探头,部分或全部探头表面生长并固化有探测基因;电极的另一端用作引脚。其制备方法为:将电极嵌入方形芯片基底形成阵列,电极的一端作探头,另一端作引脚;将依基因检测目的设计合成的探测基因配成溶液;在探头上固联探测基因、并修饰氧化还原剂。该基因芯片的电极利用探测基因修饰,使得检测过程简化,应用广泛,克服探针断裂或探针间串扰问题,提高检测可靠性。
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公开(公告)号：CN114563259A
公开(公告)日：2022-05-31
申请号：CN202210464835.7
申请日：2022-04-29
Applicant: 北京大学
Abstract: 本发明公开了一种基于微流控芯片制备时间分辨冷冻电镜样品的方法及装置。通过设计微流控芯片，使生化反应的底物进入微流控芯片的反应通道，在反应发生后的不同时间点通过连接在反应通道不同位置处的输出通道将反应溶液引出，并通过枪头快速涂写或喷射在金属载网上，获取反应过程中不同时间点上的样品，然后快速进行冷冻制样，实现对时间分辨的样品进行冷冻电镜数据采集和分析。本发明使捕获生物样品短时间尺度（如微秒级）的中间状态成为可能，从而获得生物分子三维结构与构象分布随时间的演化特征。
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公开(公告)号：CN114581724A
公开(公告)日：2022-06-03
申请号：CN202210485325.8
申请日：2022-05-06
Applicant: 北京大学
IPC: G06V10/764 , G06K9/62 , G06N3/00 , G06N3/04 , G06N3/08
Abstract: 本发明公开了一种生物分子冷冻电镜数据的构象分类方法，属于结构生物学与计算科学的交叉领域。本发明在卷积残差神经网络模型的基础上，对冷冻电镜单颗粒数据进行有监督的高精度构象分类，以发现生物分子的新构象类，使单颗粒图像数据进行性能更为强大的监督分类成为可能，从而获得生物分子潜在新构象状态的结构。
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公开(公告)号：CN114580603A
公开(公告)日：2022-06-03
申请号：CN202210484308.2
申请日：2022-05-06
Applicant: 北京大学
IPC: G06N3/00 , G06N3/04 , G06N3/08 , G06K9/62 , G06V10/764
Abstract: 本发明公开了一种基于冷冻电镜数据构建单颗粒水平的能量曲面的方法，属于数据科学与生物学的交叉领域。本发明通过单颗粒数据的分组分类、三维电子密度图数据集的低维流形映射、单颗粒图像与其对应投影图像的相似程度计算、利用卷积神经网络的训练与预测得到单颗粒水平的能量曲面。本发明得到单颗粒水平能量曲面，可以直观反映生物分子构象分布，扩展了冷冻电镜数据多构象分析的方式，提高了数据处理结果对高噪声的鲁棒性。
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公开(公告)号：CN1425777A
公开(公告)日：2003-06-25
申请号：CN03100489.X
申请日：2003-01-16
Applicant: 北京大学
Abstract: 本发明提供了一种能够在分子水平进行机械操作的可开关的工具——活性基因分子纳米舱，由多个基因分子单元在固体衬底上重复排列构成，每个基因分子单元包含一段双链和一段单链；相对于固体衬底，单链部分靠近衬底，双链部分远离衬底；单链部分的一端固联在固体衬底表面；各基因分子单元的双链部分紧密排列形成一层致密的分子膜，从而在双链部分形成的分子膜和固体衬底表面之间形成一个纳米量级高度的分子舱。本发明还提供了所述活性基因分子纳米舱的制备方法。本发明的活性基因分子纳米舱，可以在分子水平进行人工操作，包括分子捕捉、基因识别、微能量存储与释放等，可应用于分子生物学、生物化学的研究，广泛用于生物物理材料(如生物芯片)的制造和发展。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN118335202B
公开(公告)日：2024-09-24
申请号：CN202410752382.7
申请日：2024-06-12
Applicant: 北京大学
IPC: G16B40/00 , G16B30/00 , G06N3/042 , G06N3/0475 , G06N3/09
Abstract: 本发明公开了一种基于生成式神经网络模型设计抗体结构和序列的方法，属于人工智能技术领域。本发明利用公开的实验观测抗原‑抗体复合物结构数据集和开源序列模型构建图数据集，搭建基于图消息传播、离散变分自编码器和注意力机制的神经网络并完成网络训练，给定抗原和模板抗体复合物结构，从头生成抗体CDR区域的序列和结构。该方法实现了对靶向结合特定抗原结合位点的抗体功能片段的序列‑结构联合设计，同时利用基于离散隐空间张量的机器学习模型有效衡量新生成抗体片段的亲和力改善程度，其结果与实验数据具有良好的对应关系，且对模型的中间特征层分析体现了网络对普适生化规律的捕捉，对于实现功能引导的抗体分子生成具有开创性意义。
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公开(公告)号：CN114563259B
公开(公告)日：2022-07-26
申请号：CN202210464835.7
申请日：2022-04-29
Applicant: 北京大学
Abstract: 本发明公开了一种基于微流控芯片制备时间分辨冷冻电镜样品的方法及装置。通过设计微流控芯片，使生化反应的底物进入微流控芯片的反应通道，在反应发生后的不同时间点通过连接在反应通道不同位置处的输出通道将反应溶液引出，并通过枪头快速涂写或喷射在金属载网上，获取反应过程中不同时间点上的样品，然后快速进行冷冻制样，实现对时间分辨的样品进行冷冻电镜数据采集和分析。本发明使捕获生物样品短时间尺度（如微秒级）的中间状态成为可能，从而获得生物分子三维结构与构象分布随时间的演化特征。
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公开(公告)号：CN1170944C
公开(公告)日：2004-10-13
申请号：CN01136952.3
申请日：2001-12-26
Applicant: 北京大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明公开了一种电极阵列型基因芯片及其制作方法，属于生命科学领域，涉及一种具有对基因进行检测、识别、鉴定、诊断功能的器件。该基因芯片选用金丝或表面镀金的金属丝作为电极，电极排成阵列并固定在芯片基底上；电极的一端用作探针的探头，部分或全部探头表面生长并固化有探测基因；电极的另一端用作引脚。其制备方法为：将电极嵌入方形芯片基底形成阵列，电极的一端作探头，另一端作引脚；将依基因检测目的设计合成的探测基因配成溶液；在探头上固联探测基因、并修饰氧化还原剂。该基因芯片的电极利用探测基因修饰，使得检测过程简化，应用广泛，克服探针断裂或探针间串扰问题，提高检测可靠性。
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公开(公告)号：CN1164765C
公开(公告)日：2004-09-01
申请号：CN02100344.0
申请日：2002-01-11
Applicant: 北京大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明涉及一种化学电极型基因探针的制备方法，选择金丝或表面镀金的金属丝为电极探针的原始材料，将探测DNA固联到探针的探头上，探测DNA具有发夹结构，再修饰氧化还原指示剂，得到具有化学和生物活性的基因探针。这种基因探针避免了对目标基因的化学修饰，简化了检测、识别的过程；具有理想的高灵敏度；可实时检测；避免了荧光检测方法中容易出现的“假阳性”问题；有良好的复用性；制备工艺简单，易于使用和制作各种生物探针。可广泛用于分子生物学、细胞生物学、生物医学、生物探针、人类基因组研究，及临床诊断等方面。
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公开(公告)号：CN118335202A
公开(公告)日：2024-07-12
申请号：CN202410752382.7
申请日：2024-06-12
Applicant: 北京大学
IPC: G16B40/00 , G16B30/00 , G06N3/042 , G06N3/0475 , G06N3/09
Abstract: 本发明公开了一种基于生成式神经网络模型设计抗体结构和序列的方法，属于人工智能技术领域。本发明利用公开的实验观测抗原‑抗体复合物结构数据集和开源序列模型构建图数据集，搭建基于图消息传播、离散变分自编码器和注意力机制的神经网络并完成网络训练，给定抗原和模板抗体复合物结构，从头生成抗体CDR区域的序列和结构。该方法实现了对靶向结合特定抗原结合位点的抗体功能片段的序列‑结构联合设计，同时利用基于离散隐空间张量的机器学习模型有效衡量新生成抗体片段的亲和力改善程度，其结果与实验数据具有良好的对应关系，且对模型的中间特征层分析体现了网络对普适生化规律的捕捉，对于实现功能引导的抗体分子生成具有开创性意义。
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