基于全基因组分析与基因组编辑的植物物种鉴定方法与应用

    公开(公告)号:CN115843318A

    公开(公告)日:2023-03-24

    申请号:CN202180026003.0

    申请日:2021-12-14

    Abstract: 本发明公开了一种基于全基因组分析与基因组编辑的植物物种鉴定方法与应用,即GAGE法(Genome Analysis and Genome Editing),所述方法具体包括:筛选待鉴定植物全基因组中带有PAM的序列,将其与混伪品及密切相关物种的基因组比对后选择仅存在于待鉴定植物基因组中的序列作为靶标序列,引入基因组编辑系统对其进行检测,根据所选靶标序列设计并合成crRNA(CRISPR RNA),crRNA引导Cas蛋白与靶标序列结合形成复合体,之后Cas蛋白反式切割活性被激活并切割带有荧光信号基团的单链DNA,通过检测荧光信号鉴定植物物种。

    一种黄曲霉在物种水平的鉴定方法及应用

    公开(公告)号:CN118600086A

    公开(公告)日:2024-09-06

    申请号:CN202410791988.1

    申请日:2024-06-19

    Abstract: 本发明公开了一种黄曲霉在物种水平的鉴定方法及应用。属于真菌物种鉴定技术领域。本发明方法筛选得到了黄曲霉物种特异靶标序列。本发明方法为黄曲霉构建了包含超过四百万个候选靶标序列库,选择的特异靶标序列具有种内高保守、种间特异性的特点,能够用于广泛物种、曲霉属近缘物种的物种水平的准确鉴定。本发明充分考虑种内变异的影响,优化了生信分析策略和流程,使分析结果能够在广泛物种范围内适用,而不仅限于分析范围内的物种鉴定,具有更广阔的应用前景。同时,测序作为序列识别的金标准,不仅证明了每条特异靶标序列在黄曲霉种内的保守性,同时与近缘物种米曲霉同源序列的差异也证明了序列的特异性。

    基于全基因组分析与基因组编辑的植物物种鉴定方法与应用

    公开(公告)号:CN115843318B

    公开(公告)日:2023-07-18

    申请号:CN202180026003.0

    申请日:2021-12-14

    Abstract: 本发明公开了一种基于全基因组分析与基因组编辑的植物物种鉴定方法与应用,即GAGE法(Genome Analysis and Genome Editing),所述方法具体包括:筛选待鉴定植物全基因组中带有PAM的序列,将其与混伪品及密切相关物种的基因组比对后选择仅存在于待鉴定植物基因组中的序列作为靶标序列,引入基因组编辑系统对其进行检测,根据所选靶标序列设计并合成crRNA(CRISPR RNA),crRNA引导Cas蛋白与靶标序列结合形成复合体,之后Cas蛋白反式切割活性被激活并切割带有荧光信号基团的单链DNA,通过检测荧光信号鉴定植物物种。

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