基于氨基酸序列的密码子优化设计mRNA疫苗的方法

    公开(公告)号:CN116072231B

    公开(公告)日:2024-02-13

    申请号:CN202211265184.5

    申请日:2022-10-17

    Abstract: 本发明公开了基于氨基酸序列的密码子优化在mRNA疫苗研发中的应用。基于目标抗原蛋白的氨基酸序列,对其CDS在密码子适应指数(CAI)水平上进行优化得到HighestCAI序列,在最小折叠自由能(MFE)水平上进行优化得到LowestMFE序列,再以HighestCAI序列作为祖先序列进行MFE的定向优化,在某一个或某几个世代分别取MFE值最低的序列作为兼顾翻译效率和mRNA稳定性的优化序列,最终将这些序列通过细胞水平的蛋白表达验证,获得稳定高表达的CDS序列应用于mRNA疫苗的设计。本发明采用不同方式的密码子优化策略以提高mRNA疫苗转导机体后产生有效抗原量,为进一步优化疫苗生产提供了指导。

    基于氨基酸序列的密码子优化在mRNA疫苗研发中的应用

    公开(公告)号:CN116072231A

    公开(公告)日:2023-05-05

    申请号:CN202211265184.5

    申请日:2022-10-17

    Abstract: 本发明公开了基于氨基酸序列的密码子优化在mRNA疫苗研发中的应用。基于目标抗原蛋白的氨基酸序列,对其CDS在密码子适应指数(CAI)水平上进行优化得到HighestCAI序列,在最小折叠自由能(MFE)水平上进行优化得到LowestMFE序列,再以HighestCAI序列作为祖先序列进行MFE的定向优化,在某一个或某几个世代分别取MFE值最低的序列作为兼顾翻译效率和mRNA稳定性的优化序列,最终将这些序列通过细胞水平的蛋白表达验证,获得稳定高表达的CDS序列应用于mRNA疫苗的设计。本发明采用不同方式的密码子优化策略以提高mRNA疫苗转导机体后产生有效抗原量,为进一步优化疫苗生产提供了指导。

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