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公开(公告)号：CN115992267B
公开(公告)日：2023-11-03
申请号：CN202210832657.9
申请日：2022-07-15
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 北京金匙医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12N15/11 , C12Q1/6869 , C12R1/01 , C12R1/185 , C12R1/22 , C12R1/32 , C12R1/38 , C12R1/44 , C12R1/46 , C12R1/445
Abstract: 本发明“一种高通量高精度检出多种病原微生物的引物组合”属于分子生物学领域。所述一种高通量高精度检出多种病原微生物的引物组合，其特征在于，包括：引物池1、引物池2、引物池3；所述引物池1由引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物组5组成；所述引物池2由引物对6、引物对7、引物对8、引物对9组成；所述引物池3由引物对10、引物组11、引物对12、引物对13、引物对14、引物对15、引物对16组成。基于本发明的引物组合构建的引物池可同时检测高达20种以上的微生物，且对无论人源样本还是微生物样本或质粒样本都能达到较高的灵敏度和精确度。
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公开(公告)号：CN115992267A
公开(公告)日：2023-04-21
申请号：CN202210832657.9
申请日：2022-07-15
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 北京金匙医学检验实验室有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12N15/11 , C12Q1/6869 , C12R1/01 , C12R1/185 , C12R1/22 , C12R1/32 , C12R1/38 , C12R1/44 , C12R1/46 , C12R1/445
Abstract: 本发明“一种高通量高精度检出多种病原微生物的引物组合”属于分子生物学领域。所述一种高通量高精度检出多种病原微生物的引物组合，其特征在于，包括：引物池1、引物池2、引物池3；所述引物池1由引物对1、引物对2、引物对3、引物对4、引物组5组成；所述引物池2由引物对6、引物对7、引物对8、引物对9组成；所述引物池3由引物对10、引物组11、引物对12、引物对13、引物对14、引物对15、引物对16组成。基于本发明的引物组合构建的引物池可同时检测高达20种以上的微生物，且对无论人源样本还是微生物样本或质粒样本都能达到较高的灵敏度和精确度。
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公开(公告)号：CN115862730B
公开(公告)日：2023-06-02
申请号：CN202310065401.4
申请日：2023-02-06
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明一种预测克雷伯氏菌属对头孢西丁敏感性的系统及方法属于生物信息技术领域。所述系统包括计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序；所述计算机程序被处理器执行时实现一种Exp(‑k)幂值计算方法；所述Exp(‑k)幂值计算方法按下述计算步骤计算：S1：按下述公式I计算k值：公式I：；S2：求取以自然常数e为底数、以‑k为指数的Exp(‑k)幂值；其中，C1‑C5分别为ramA、sul1、KPC‑1、DHA‑1、bleomycin resistance determinant基因分别在待预测的克雷伯氏菌属菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行克雷伯氏菌属对头孢西丁敏感性的预测的准确率约94.7%。
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公开(公告)号：CN115798574B
公开(公告)日：2023-06-02
申请号：CN202310065167.5
申请日：2023-02-06
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明一种预测克雷伯氏菌属对美罗培南敏感性的系统及方法属于生物信息技术领域。所述系统包括：计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序；所述计算机程序被处理器执行时实现一种Exp(‑k)幂值计算方法；所述Exp(‑k)幂值计算方法按下述计算步骤计算：S1：按下述公式I计算k值：公式I：；S2：求取以自然常数e为底数、以‑k为指数的Exp(‑k)幂值；其中C1‑C5分别为mphA、marA、Klebsiella pneumoniae KpnE、KPC‑1、floR基因在待预测的克雷伯氏菌属菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行克雷伯氏菌属对美罗培南敏感性的预测的准确率约99.4%。
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公开(公告)号：CN115369153B
公开(公告)日：2023-03-10
申请号：CN202211306891.4
申请日：2022-10-25
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 予果生物科技(北京)有限公司
IPC: C12Q1/6825 , C12N15/11 , G01N27/327 , G01N27/26
Abstract: 本发明属于生物传感器技术领域，涉及一种Smad4基因检测生物传感器及制备方法。本发明提高的Smad4基因检测生物传感器，包含Smad4基因检测DNA探针；所述Smad4基因检测DNA探针的核苷酸序列为：5’‑SH‑（CH2）6‑CATACCAGTCTAGACTTAT‑3’。本发明将电化学、磁性材料以及纳米分子相结合，检测Smad蛋白通路中Smad4序列，其检测特异性、灵敏度、生物相容性和检测限性能优异。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114898808A
公开(公告)日：2022-08-12
申请号：CN202210823538.7
申请日：2022-07-14
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明“一种预测肺炎克雷伯菌对头孢吡肟敏感性的方法及系统”属于分子生物技术领域。所述方法的特征是：按下述公式I计算h(x)值：公式I：；其中，C1‑C5分别为TEM‑1基因、KPC‑1基因、CTX‑M‑65、rmtB基因、AAC(6’)‑Ib‑cr6基因分别在待预测的肺炎克雷伯菌菌株中的拷贝数。采用本发明的方法和系统进行肺炎克雷伯菌对头孢吡肟敏感性的预测的准确率约93%。
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公开(公告)号：CN114898800A
公开(公告)日：2022-08-12
申请号：CN202210823391.1
申请日：2022-07-14
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明“一种预测肺炎克雷伯菌对头孢曲松敏感性的方法及系统”属于分子生物技术领域。所述方法的特征是，按下述公式I计算h(x)值：公式I：；其中，C1‑C6分别为sul1基因、tet(A)基因、QnrS1基因、AAC(6')‑Ib‑cr6基因、KPC‑1基因、TEM‑1基因分别在待预测的肺炎克雷伯菌菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行肺炎克雷伯菌对头孢曲松敏感性的预测的准确率约90%。
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公开(公告)号：CN115798574A
公开(公告)日：2023-03-14
申请号：CN202310065167.5
申请日：2023-02-06
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明一种预测克雷伯氏菌属对美罗培南敏感性的系统及方法属于生物信息技术领域。所述系统包括：计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序；所述计算机程序被处理器执行时实现一种Exp(‑k)幂值计算方法；所述Exp(‑k)幂值计算方法按下述计算步骤计算：S1：按下述公式I计算k值：公式I：；S2：求取以自然常数e为底数、以‑k为指数的Exp(‑k)幂值；其中C1‑C5分别为mphA、marA、Klebsiella pneumoniae KpnE、KPC‑1、floR基因在待预测的克雷伯氏菌属菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行克雷伯氏菌属对美罗培南敏感性的预测的准确率约99.4%。
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公开(公告)号：CN114496085B
公开(公告)日：2022-07-05
申请号：CN202210392556.4
申请日：2022-04-15
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 广州微远基因科技有限公司
Abstract: 本发明涉及一种病原微生物宏基因组生信分析参考品及其制备方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立丰度分布模型：收集临床样本的宏基因组检测数据，建立自变量为测序序列数目因变量为相对丰度的高斯回归模型；标准化高通量测序数据生成：获取参考基因组序列，模拟生成每种微生物物种预定读长和预定测序错误率的高通量序列数据；Gamma‑泊松分布模型：以Gamma‑泊松分布模型拟合临床样本的宏基因组检测数据；参考品制备：以Gamma‑泊松分布模型随机产生一组模拟样本序列数据，并从标准化高通量测序数据中随机挑选相同数目的测序数据，即得。采用该方法得到的生信分析参考品，可全面地评估生物信息分析流程的灵敏度、特异度、召回率和准确性。
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公开(公告)号：CN114496085A
公开(公告)日：2022-05-13
申请号：CN202210392556.4
申请日：2022-04-15
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 广州微远基因科技有限公司
Abstract: 本发明涉及一种病原微生物宏基因组生信分析参考品及其制备方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立丰度分布模型：收集临床样本的宏基因组检测数据，建立自变量为测序序列数目因变量为相对丰度的高斯回归模型；标准化高通量测序数据生成：获取参考基因组序列，模拟生成每种微生物物种预定读长和预定测序错误率的高通量序列数据；Gamma‑泊松分布模型：以Gamma‑泊松分布模型拟合临床样本的宏基因组检测数据；参考品制备：以Gamma‑泊松分布模型随机产生一组模拟样本序列数据，并从标准化高通量测序数据中随机挑选相同数目的测序数据，即得。采用该方法得到的生信分析参考品，可全面地评估生物信息分析流程的灵敏度、特异度、召回率和准确性。
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