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    RNA测序数据的校正方法、装置、电子设备及存储介质
    2.
    发明授权
    RNA测序数据的校正方法、装置、电子设备及存储介质 有权

    公开(公告)号：CN117116350B

    公开(公告)日：2024-02-27

    申请号：CN202311388051.1

    申请日：2023-10-25

    Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

    Inventor： 钱坤 ,  李若男 ,  刘万飞 ,  林强 ,  崔鹏

    IPC: G16B30/00 ,  G16B40/20 ,  G16B40/30 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/08 ,  G06F18/23 ,  G06F18/24

    Abstract: 本申请提供一种RNA测序数据的校正方法、装置、电子设备及存储介质，RNA测序数据的校正方法，包括：利用预先构建的校正模型，对RNA测序数据进行校正处理，获得校正后的RNA测序数据；校正模型基于对变分自编码器的训练获得；变分自编码器包括校正模型，变分自编码器用于提取RNA测序样本中的噪声信息分布和校正后的RNA测序样本中的生物学信息分布，并结合噪声信息分布和生物学信息分布，对RNA测序样本进行解码还原处理，获得还原后的RNA测序样本；变分自编码器，至少基于还原后的RNA测序样本和(56)对比文件钱坤 等.基于 ＲＮＡ－ｓｅｑ技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释《.西北农林科技大学学报（自然科学版）》.2016,第44卷(第6期),第1-8页.刘腾 等.基于变分自编码器的空间转录组细胞聚类研究 《.生物信息学》.2023,第1-10页.Luca Alessandri et al.Sparsely-connected autoencoder (SCA) for singlecell RNAseq data mining《.npj SystemsBiology and Applications》.2021,第1-10页.Lucas Seninge ET AL.VEGA is aninterpretable generative model forinferring biological network activity insingle-cell transcriptomics《.NATURECOMMUNICATIONS》.2021,第1-9页.Wolfgang Kopp ET AL.Simultaneousdimensionality reduction and integrationfor single-cell ATAC-seq data using deeplearning《.NATURE MACHINE INTELLIGENCE》.2022,第4卷第162-168页.

    基因共表达网络建立方法以及相关装置
    4.
    发明公开
    基因共表达网络建立方法以及相关装置 审中-实审

    公开(公告)号：CN119323985A

    公开(公告)日：2025-01-17

    申请号：CN202411856779.7

    申请日：2024-12-17

    Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

    Inventor： 白玉亭 ,  钱坤 ,  刘万飞 ,  林强 ,  崔鹏

    IPC: G16B5/00 ,  G16B40/00 ,  G06N3/0464

    Abstract: 本申请提供了一种基因共表达网络建立方法以及相关装置。其中，该基因共表达网络建立方法包括：获取目标基因表达量矩阵；对所述目标基因表达量矩阵进行特征提取，获得第一基因特征矩阵；根据所述第一基因特征矩阵构建全局的基因共表达网络，和/或，根据所述第一基因特征矩阵和所述目标基因表达量矩阵提取不同细胞类型的第二基因特征矩阵，并且根据不同细胞类型的第二基因特征矩阵构建细胞类型特异性共表达网络。解决了传统的单细胞基因共表达方法直接基于高维度、高稀疏的单细胞转录组测序数据进行预测，导致假阳性偏高，不仅提高了单细胞基因共表达预测的准确性，而且能够预测更显著相关的细胞类型特异性基因模块。

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