公开(公告)号：CN117219167A

公开(公告)日：2023-12-12

申请号：CN202311388048.X

申请日：2023-10-25

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 钱坤 ,  李若男 ,  刘万飞 ,  林强 ,  崔鹏

IPC: G16B30/10 ,  G16B20/00 ,  G16B40/00 ,  G06F18/214 ,  G06F18/23213 ,  G06F18/24

Abstract: 本申请提供一种样本间差异的归因方法、装置、电子设备及存储介质，所述样本间差异的归因方法，包括：获得第一RNA测序样本和第二RNA测序样本之间的至少一个中间RNA测序样本；基于所述至少一个中间RNA测序样本与所述第一RNA测序样本之间的样本差异，构建第一样本差异曲线；以及，基于所述至少一个中间RNA测序样本与所述第二RNA测序样本之间的样本差异，构建第二样本差异曲线；对所述第一样本差异曲线和所述第二样本差异曲线进行梯度积分分析，确定所述第一RNA测序样本和所述第二RNA测序样本中各基因对之间的差异度。该方法能够确定不同RNA测序样本中各基因对之间的差异度，实现了不同RNA测序样本间样本差异的分析。

公开(公告)号：CN117219167B

公开(公告)日：2024-02-20

申请号：CN202311388048.X

申请日：2023-10-25

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 钱坤 ,  李若男 ,  刘万飞 ,  林强 ,  崔鹏

IPC: G16B30/10 ,  G16B20/00 ,  G16B40/00 ,  G06F18/214 ,  G06F18/23213 ,  G06F18/24

Abstract: 本申请提供一种样本间差异的归因方法、装置、电子设备及存储介质，所述样本间差异的归因方法，包括：获得第一RNA测序样本和第二RNA测序样本之间的至少一个中间RNA测序样本；基于所述至少一个中间RNA测序样本与所述第一RNA测序样本之间的样本差异，构建第一样本差异曲线；以及，基于所述至少一个中间RNA测序样本与所述第二RNA测序样本之间的样本差异，构建第二样本差异曲线；对所述第一样本差异曲线和所述第二样本差异曲线进行梯度积分分析，确定所述第一RNA测序样本和所述第二RNA测序样本中各基因对之间的差异度。该方法能够确定不同RNA测序样本中各基因对之间的差异度，实现了不同RNA测序样本间样本差异的分析。

公开(公告)号：CN117116350A

公开(公告)日：2023-11-24

申请号：CN202311388051.1

申请日：2023-10-25

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 钱坤 ,  李若男 ,  刘万飞 ,  林强 ,  崔鹏

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/20 ,  G16B40/30 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/08 ,  G06F18/23 ,  G06F18/24

Abstract: 本申请提供一种RNA测序数据的校正方法、装置、电子设备及存储介质，RNA测序数据的校正方法，包括：利用预先构建的校正模型，对RNA测序数据进行校正处理，获得校正后的RNA测序数据；校正模型基于对变分自编码器的训练获得；变分自编码器包括校正模型，变分自编码器用于提取RNA测序样本中的噪声信息分布和校正后的RNA测序样本中的生物学信息分布，并结合噪声信息分布和生物学信息分布，对RNA测序样本进行解码还原处理，获得还原后的RNA测序样本；变分自编码器，至少基于还原后的RNA测序样本和RNA测序样本，以及针对噪声信息分布和生物学信息的判别结果训练得到。

公开(公告)号：CN117116350B

公开(公告)日：2024-02-27

申请号：CN202311388051.1

申请日：2023-10-25

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 钱坤 ,  李若男 ,  刘万飞 ,  林强 ,  崔鹏

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/20 ,  G16B40/30 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/08 ,  G06F18/23 ,  G06F18/24

Abstract: 本申请提供一种RNA测序数据的校正方法、装置、电子设备及存储介质，RNA测序数据的校正方法，包括：利用预先构建的校正模型，对RNA测序数据进行校正处理，获得校正后的RNA测序数据；校正模型基于对变分自编码器的训练获得；变分自编码器包括校正模型，变分自编码器用于提取RNA测序样本中的噪声信息分布和校正后的RNA测序样本中的生物学信息分布，并结合噪声信息分布和生物学信息分布，对RNA测序样本进行解码还原处理，获得还原后的RNA测序样本；变分自编码器，至少基于还原后的RNA测序样本和(56)对比文件钱坤 等.基于 ＲＮＡ－ｓｅｑ技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释《.西北农林科技大学学报（自然科学版）》.2016,第44卷(第6期),第1-8页.刘腾 等.基于变分自编码器的空间转录组细胞聚类研究 《.生物信息学》.2023,第1-10页.Luca Alessandri et al.Sparsely-connected autoencoder (SCA) for singlecell RNAseq data mining《.npj SystemsBiology and Applications》.2021,第1-10页.Lucas Seninge ET AL.VEGA is aninterpretable generative model forinferring biological network activity insingle-cell transcriptomics《.NATURECOMMUNICATIONS》.2021,第1-9页.Wolfgang Kopp ET AL.Simultaneousdimensionality reduction and integrationfor single-cell ATAC-seq data using deeplearning《.NATURE MACHINE INTELLIGENCE》.2022,第4卷第162-168页.