公开(公告)号：CN118853715A

公开(公告)日：2024-10-29

申请号：CN202411329018.6

申请日：2024-09-24

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘毓文 ,  朱秀生 ,  黄雷

IPC: C12N15/63 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种全基因组绝缘子筛选系统，该系统包括MAI‑seq‑experiment载体与MAI‑seq‑control载体，MAI‑seq‑experiment载体中核心基因位置排列顺序为：弱启动子、标记靶基因、待筛选序列插入位点、增强子、poly A位点；MAI‑seq‑control载体中核心基因位置排列顺序为：弱启动子、标记靶基因、增强子、待筛选序列插入位点、poly A位点。该全基因组绝缘子筛选系统主要由2个载体组成，灵敏度高，可以用于任何物种的基因组绝缘子筛选。而且可以有效剔除沉默子的影响，筛选精度高。该系统为构建绝缘子图谱、了解绝缘子的特征及作用机制提供了重要技术支撑。

公开(公告)号：CN117497063A

公开(公告)日：2024-02-02

申请号：CN202311601745.9

申请日：2023-11-27

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘毓文 ,  马文龙 ,  郑伟刚 ,  牛士奇

IPC: G16B40/00 ,  G16B20/20 ,  G16B20/40 ,  G06N3/094 ,  G06N3/045 ,  G06N3/0475

Abstract: 本申请提供了一种GAN模型的构建方法和基于GAN模型的数据拟合、表型预测、样本扩充以及育种的方法。所述GAN模型的构建首先根据输入的真实多组学数据，进入到真实多组学数据生成器G1，提取特征，然后进入到真实表型判别器D1，实现G1和D1的训练；然后，随机生成一组噪音，输入到拟合多组学数据生成器G2，以及真实数据输入到G1，两个的输出进入到拟合多组学数据判别器D2，进行G2和D2的训练。本发明的方法能够实现至少用于弥补数据量不足的同时，充分发挥深度学习算法的优势，全面提升基因组选择的准确性。

公开(公告)号：CN119020524A

公开(公告)日：2024-11-26

申请号：CN202411137906.8

申请日：2024-08-19

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘毓文 ,  鲍泳舟 ,  宋琰未 ,  李昭宏 ,  陈云 ,  郑伟刚

IPC: C12Q1/6895 ,  C12Q1/6869 ,  G16B30/20

Abstract: 本申请公开了一种基于STARR‑seq在植物体内筛选活性调控元件的方法和活性调控元件，方法包括：将多个片段化序列连接到载体的核酸序列中，以得到包括片段化序列的初始目标载体文库；将目标载体文库转入可侵染微生物，接着通过可侵染微生物将多个片段化序列转入目的植株，并将目的植株进行培养，以使片段化序列表达；对微生物中的文库进行检测获得第一株植物的输入文库；检测目的植株中的片段化序列表达情况，以得到输出文库；比较输出文库和输入文库中多个片段化序列的含量，以实现从多个片段化序列中筛选出活性调控元件。该方法在植物体内进行高通量筛选，真实地反映了植物体内细胞环境，得到不同外界环境以及调控元件的真实活性。

公开(公告)号：CN119662683A

公开(公告)日：2025-03-21

申请号：CN202411850532.4

申请日：2024-12-16

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘毓文 ,  陈畴霖 ,  付阳 ,  李国丽 ,  赵师磊 ,  冉斌

IPC: C12N15/65 ,  C12N15/113 ,  C12N15/70 ,  C12N5/10 ,  C12Q1/66 ,  C12R1/19

Abstract: 本申请实施例公开了一种质粒的新用途，所述质粒具有如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，可以用于在3'UTR序列的活性检测中保证荧光比值的高度。本申请实施例还提供了一种双荧光素酶重组载体、转化体、转染体及用途，可以用于检测3'UTR序列的活性。

公开(公告)号：CN119479789A

公开(公告)日：2025-02-18

申请号：CN202411548748.5

申请日：2024-11-01

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘毓文 ,  马文龙 ,  付阳 ,  王超 ,  郑伟刚 ,  牛士奇

IPC: G16B20/20 ,  G16B20/30 ,  G16B40/00

Abstract: 本申请公开一种基于机器学习的全基因组数据的育种表型预测方法、装置、电子设备、介质及产品，方法包括：获取任意生物体的SNP位点数据；所述生物体包括植株或动物；根据所述生物体的SNP位点数据和表型预测模型，以实现对任意生物体的表型预测。采用本申请的育种表型预测方法进行育种，育种的基因型与表型性状的皮尔森相关系数较高，可以实现精准育种以及提高对特定基因型生物体的表型预测。

公开(公告)号：CN118853715B

公开(公告)日：2024-11-22

申请号：CN202411329018.6

申请日：2024-09-24

Applicant: 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)

Inventor： 刘毓文 ,  朱秀生 ,  黄雷

IPC: C12N15/63 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种全基因组绝缘子筛选系统，该系统包括MAI‑seq‑experiment载体与MAI‑seq‑control载体，MAI‑seq‑experiment载体中核心基因位置排列顺序为：弱启动子、标记靶基因、待筛选序列插入位点、增强子、poly A位点；MAI‑seq‑control载体中核心基因位置排列顺序为：弱启动子、标记靶基因、增强子、待筛选序列插入位点、poly A位点。该全基因组绝缘子筛选系统主要由2个载体组成，灵敏度高，可以用于任何物种的基因组绝缘子筛选。而且可以有效剔除沉默子的影响，筛选精度高。该系统为构建绝缘子图谱、了解绝缘子的特征及作用机制提供了重要技术支撑。