一种核酸适体筛选方法
    1.
    发明授权

    公开(公告)号:CN113699215B

    公开(公告)日:2024-06-14

    申请号:CN202110921675.X

    申请日:2021-08-13

    Applicant: 东南大学

    Abstract: 本发明公开了一种核酸适体筛选方法,包括:将待检验的核酸样品分为两组,第一组核酸样品在不含靶物质的条件下进行扩增,或不进行扩增,第二组一组核酸样品在含有靶物质的条件下进行扩增;对扩增后的两组核酸样品分别进行测序;测序完成后,比较两组核酸样品中核酸序列的覆盖深度差异,找出第二组中覆盖深度明显下降的核酸序列,筛选出候选核酸适体。该筛选方法能够更加简便、快捷、大批量地进行核酸适体的筛选,适用于从较长序列的核酸、多物种的基因组中筛选候选核酸适体。

    一种基于细长反应腔的多重PCR扩增方法

    公开(公告)号:CN109385467A

    公开(公告)日:2019-02-26

    申请号:CN201811207172.0

    申请日:2018-10-17

    Applicant: 东南大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于细长反应腔的多重PCR扩增方法,包括将多重PCR扩增反应体系注入细长形的反应腔中,完成对特定样本多个靶区域的核酸扩增。细长形的反应腔体将多重PCR扩增反应体系相对分隔于一个细长的反应腔中,各微观反应单元之间的物质交换和相互影响大为减少,因此各微观反应单元以一个相对独立的状态发生反应,目标核酸各个片段之间的扩增一致性得到很大提升。同时,基于细长反应腔的多重PCR扩增,不需要预先制备微液滴发生装置或复杂反应微腔,并且在系统调试和扩增反应的过程中,不需要对微量液体进行精密和复杂的控制,简化了反应系统,降低了操作复杂度。

    一种能够提升微量核酸扩增效率的方法

    公开(公告)号:CN118726547A

    公开(公告)日:2024-10-01

    申请号:CN202410801059.4

    申请日:2024-06-20

    Applicant: 东南大学

    Inventor: 涂景 乔祎

    Abstract: 本发明公开了一种能够提升微量核酸扩增效率的方法,扩增所需的扩增溶液体系包括微量核酸物质和稀释溶液;扩增反应开始前,配置扩增溶液体系,将全部待扩增的微量核酸物质投入一部分稀释溶液中,形成连续相反应体系,扩增反应开始后,另一部分稀释溶液连续注入上述连续相反应体系中,持续注入的稀释溶液用于稀释扩增溶液体系,并保持整个反应体系为连续相,从而达到提升扩增效率的效果。降低体系中的核酸浓度,延长反应的高效时间。该方法通过改变除微量核酸以外其他反应组分的添加时机,提高核酸扩增反应的效率,缩短反应所用时间,适用于多种不同体积、核酸起始量的不同扩增方法,并可以依据使用情况灵活调整各阶段的体积。

    一种变温多重链置换DNA扩增方法
    4.
    发明公开

    公开(公告)号:CN118547053A

    公开(公告)日:2024-08-27

    申请号:CN202410801063.0

    申请日:2024-06-20

    Applicant: 东南大学

    Inventor: 涂景 陈粤洋 乔祎

    Abstract: 本发明公开了一种变温多重链置换DNA扩增方法,所述方法包括采用具有链置换活性的DNA聚合酶和随机序列引物对模板DNA进行扩增,扩增过程中反应温度发生变化,变化范围不小于3℃且不超过30℃,通过对反应温度的调控,较显著地提升了全基因组扩增反应的扩增均一性。本发明的变温多重链置换DNA扩增方法,通过控制反应温度,使得在较高的温度下,GC含量大于42%的约30%高GC含量区段得以解旋与DNA聚合酶结合并扩增,而在较低温度下,DNA聚合酶对GC含量较低的区段扩增效率更高,缓解了因不同GC含量而造成的DNA聚合酶扩增效率的差异,从而使得反应的扩增偏好性较低。

    一种用于微流控芯片的微阀装置及其制备方法和应用

    公开(公告)号:CN109307102B

    公开(公告)日:2020-07-31

    申请号:CN201811207202.8

    申请日:2018-10-17

    Applicant: 东南大学

    Abstract: 本发明公开了一种用于微流控芯片的微阀装置及其制备方法和应用,该装置包括盖片、弹性材料层和可变形装置层,弹性材料层位于盖片和可变形装置层中间,并且弹性材料层与盖片的中间设有独立的通液流道和空腔,空腔位于通液流道的两侧,弹性材料层能够在可变形装置层的挤压或者牵拉下进行弹性形变,从而控制通液流道的闭合和开启。本发明中的微阀结构易于制作,极大地降低了微流控芯片中阀结构的制作难度;同时该结构可以通过调整输入信号实时准确地改变阀的开合状态,从而精确控制微流控芯片中的流体运动。

    一种用于微流控芯片的微阀装置及其制备方法和应用

    公开(公告)号:CN109307102A

    公开(公告)日:2019-02-05

    申请号:CN201811207202.8

    申请日:2018-10-17

    Applicant: 东南大学

    Abstract: 本发明公开了一种用于微流控芯片的微阀装置及其制备方法和应用,该装置包括盖片、弹性材料层和可变形装置层,弹性材料层位于盖片和可变形装置层中间,并且弹性材料层与盖片的中间设有独立的通液流道和空腔,空腔位于通液流道的两侧,弹性材料层能够在可变形装置层的挤压或者牵拉下进行弹性形变,从而控制通液流道的闭合和开启。本发明中的微阀结构易于制作,极大地降低了微流控芯片中阀结构的制作难度;同时该结构可以通过调整输入信号实时准确地改变阀的开合状态,从而精确控制微流控芯片中的流体运动。

    一种核酸适体筛选方法
    7.
    发明公开

    公开(公告)号:CN113699215A

    公开(公告)日:2021-11-26

    申请号:CN202110921675.X

    申请日:2021-08-13

    Applicant: 东南大学

    Abstract: 本发明公开了一种核酸适体筛选方法,包括:将待检验的核酸样品分为两组,第一组核酸样品在不含靶物质的条件下进行扩增,或不进行扩增,第二组一组核酸样品在含有靶物质的条件下进行扩增;对扩增后的两组核酸样品分别进行测序;测序完成后,比较两组核酸样品中核酸序列的覆盖深度差异,找出第二组中覆盖深度明显下降的核酸序列,筛选出候选核酸适体。该筛选方法能够更加简便、快捷、大批量地进行核酸适体的筛选,适用于从较长序列的核酸、多物种的基因组中筛选候选核酸适体。

    一种基于荧光共振能量转移的核酸高通量测序方法

    公开(公告)号:CN113308524A

    公开(公告)日:2021-08-27

    申请号:CN202110544302.5

    申请日:2021-05-19

    Applicant: 东南大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于荧光共振能量转移的核酸高通量测序方法,该方法将将荧光共振能量转移的供体和受体荧光基团分别修饰在DNA聚合酶和dNTP上,待测核酸分子或者修饰后DNA聚合酶其中之一固定位置之后加入另一种共同孵育,再将修饰后的dNTP依次循环投入,通过dNTP参与碱基合成时DNA聚合酶在DNA链上的移动使供‑受体之间空间距离的改变,产生连续改变的FRET信号,并结合投入的dNTP种类得出该次反应对应碱基类型,通过连续的多次反应确定核酸序列。本发明可以测量单分子水平、单克隆分子簇和单分子多拷贝的FRET信号,可以实现对核酸快速检测分析,对核酸浓度和总量要求低,避免高循环PCR带来扩增错误。

    一种由复合结构接头分子构建高通量测序文库的方法

    公开(公告)号:CN119220639A

    公开(公告)日:2024-12-31

    申请号:CN202411228807.0

    申请日:2024-09-03

    Applicant: 东南大学

    Inventor: 涂景 乔祎

    Abstract: 本发明公开了一种由复合结构接头分子构建高通量测序文库的方法,该方法包括:将高通量测序反应建库所需的双端碱基序列串联整合在同一条链状DNA分子上,其两端序列分别对应测序文库双端接头序列;将所得链状DNA分子插入待测序核酸序列末端,使每段待测核酸序列上下游均具有两种串联的测序接头序列,随后进行末端补齐延伸;扩增反应生成兼容高通量测序反应的待测序文库,在扩增过程中通过区分有效、无效引物延伸产物,得到标准测序文库结构。本发明基于转座酶高通量测序文库构建方法,进一步降低了实验操作的复杂度,有利于发展基于自动化加样的建库流程,双端接头序列连锁的设定同时有利于高效组合编码测序的设计和应用。

    一种基于重叠混合测序的肿瘤突变负荷计算方法

    公开(公告)号:CN118711655A

    公开(公告)日:2024-09-27

    申请号:CN202410834053.7

    申请日:2024-06-26

    Applicant: 东南大学

    Inventor: 涂景 崔悦 乔祎

    Abstract: 本发明公开了一种基于重叠混合测序的肿瘤突变负荷计算方法;属于生物信息技术领域,可应用于大规模样本肿瘤突变负荷检测中,包括如下步骤:提取样本全基因组DNA;基于混合方案分别取样本DNA混合;对混合后的DNA进行文库构建并上机测序;对混合测序数据进行生物信息学分析,检测每个混合池的体细胞非同义突变;根据混合池变异检测结果和混合方案,重建每个样本的体细胞非同义突变情况;根据重构结果计算每个样本的肿瘤突变负荷数值;本发明解决了大规模并行建库带来的实验操作复杂、成本高昂、实施难度大的问题。

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