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公开(公告)号：CN113186185B
公开(公告)日：2023-05-26
申请号：CN202010037073.3
申请日：2020-01-14
Applicant: 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC: C12N15/10
Abstract: 一种从哺乳动物粪便中高效富集宿主DNA的方法，属于分子生物学技术领域。针对目前哺乳动物粪便样本提取DNA时，宿主DNA富集效率低、对陈旧粪便提取效果差、大量细菌DNA的残留严重干扰后续反应，而且成本居高不下等问题，本发明提供了一种从粪便中高效富集宿主DNA的方法，在提取前，对粪便样本进行SDS预处理：将粪便样本与10mmol/L磷酸缓冲液PBS溶液混合后，加入SDS溶液至终浓度为0.01％～5％(质量)混匀，在室温下静置1min～30min；然后离心取上清，从上清液中提取DNA。本发明成本低廉，不受样本数量的限制，拓展了粪便样本在动物研究和保护监测中的应用。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN114990201B
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202210639547.0
申请日：2022-06-08
Applicant: 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC: C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/6888 , G16B20/40 , G16B20/10 , G16B20/20 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B30/20
Abstract: 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。
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公开(公告)号：CN113186185A
公开(公告)日：2021-07-30
申请号：CN202010037073.3
申请日：2020-01-14
Applicant: 东北林业大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 一种从哺乳动物粪便中高效富集宿主DNA的方法，属于分子生物学技术领域。针对目前哺乳动物粪便样本提取DNA时，宿主DNA富集效率低、对陈旧粪便提取效果差、大量细菌DNA的残留严重干扰后续反应，而且成本居高不下等问题，本发明提供了一种从粪便中高效富集宿主DNA的方法，在提取前，对粪便样本进行SDS预处理：将粪便样本与10mmol/L磷酸缓冲液PBS溶液混合后，加入SDS溶液至终浓度为0.01％～5％(质量)混匀，在室温下静置1min～30min；然后离心取上清，从上清液中提取DNA。本发明成本低廉，不受样本数量的限制，拓展了粪便样本在动物研究和保护监测中的应用。
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公开(公告)号：CN119479791A
公开(公告)日：2025-02-18
申请号：CN202411497928.5
申请日：2024-10-25
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 一种片段化DNA重测序数据中变异位点的筛选方法，属于生物技术领域。本发明为解决现有技术中缺少高效、准确筛选片段化DNA重测序数据中变异位点的方法，提供了一种片段化DNA重测序数据中变异位点的筛选方法，所述筛选方法在序列比对中‑fq转.sai文件时，选择‑l min‑size‑n 0.04为参数；在序列比对中‑.sai转.sam文件时，选择‑o＝1000为参数；在变异位点筛选时，选择参数MQ阈值为36。本发明提供的筛选方法，与传统变异位点筛选方法相比，在保证高效比对率的同时，显著缩短了差异位点筛选的运行时间，提高了少选结果的准确度，所述方法可应用于片段化DNA重测序数据中变异位点的筛选。
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公开(公告)号：CN119446288A
公开(公告)日：2025-02-14
申请号：CN202411467387.1
申请日：2024-10-21
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 一种基于粪便DNA计算年龄的模型及构建方法，属于生物信息学技术领域。本发明通过以粪便为材料解决了现有技术中所需材料不宜获的问题，并且本发明首次公开了一种mtDNA异质性位获得的方法，可以更精准捕捉目标mtDNA异质性位点。基于目标mtDNA异质性位点和机器学习构建了一套筛选与年龄相关的检测位点的方法学流程，并构建了一种基于粪便DNA中的mtDNA异质性位点计算年龄的模型，该模型主要应用于计算大型动物或野生动物年龄，该模型解决了现有技术中成本较高的问题。
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公开(公告)号：CN114990201A
公开(公告)日：2022-09-02
申请号：CN202210639547.0
申请日：2022-06-08
Applicant: 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC: C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/6888 , G16B20/40 , G16B20/10 , G16B20/20 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B30/20
Abstract: 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。
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