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公开(公告)号：CN112802543A
公开(公告)日：2021-05-14
申请号：CN202110048797.2
申请日：2021-01-14
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明提供了一种基于概率图的基因调控网络分析方法，属于基因调控网络分析技术领域。包括：输入概率图，其每个顶点代表一个基因，顶点间的有向边代表基因间存在的调控关系，边上的概率值表示基因间调控关系的强度；在表示基因调控网络的概率图上计算各顶点的中心性，包括度中心性、紧密中心性和中介中心性，对中介中心性计算方法进行了优化；根据概率图上各顶点的中心性，筛选出关键节点；输入源顶点集合和目的顶点，根据实际需要可选择精确计算方法或者近似计算方法计算属于源顶点集合的各源顶点到目的顶点且经过关键节点的可达概率，并根据可达概率对各源顶点进行排序。该方法可以更高效、可靠地分析基因调控网络，大大提高分析结果的准确度。
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公开(公告)号：CN107368707A
公开(公告)日：2017-11-21
申请号：CN201710596384.1
申请日：2017-07-20
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明的基于US-ELM的基因芯片表达数据分析系统及方法包括，基因预处理单元，用于对基因芯片进行预处理以获得适用于实验的数据格式；差异基因筛选单元，基于基因表达数据矩阵寻找在基因芯片中不同个体或者是不同组织中表达发生明显变化的差异基因，获得差异表达基因矩阵；聚类单元，用于对差异表达基因矩阵进行聚类分析，得到共表达基因序列；富集分析单元，用于对共表达基因序列进行富集分析，得到关于基因所参与的多条通路，得出在数据上共表达基因序列的生物学功能解释。本发明的分析系统及方法整体上提高了数据分析的准确性，差异基因处理过程筛选出更有效的明显表达差异基因，聚类处理中得出的类别在生物学解释上具有更多的相似性。
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公开(公告)号：CN114662012B
公开(公告)日：2025-04-15
申请号：CN202210372499.3
申请日：2022-04-11
Applicant: 东北大学
IPC: G06F16/9536 , G06Q50/00
Abstract: 本发明提供一种面向基因调控网络的社区查询分析方法，涉及计算机技术领域。该方法首先读取基因调控网络数据，统计基因调控网络基本信息；再确定基因调控网络对应的距离范数评价模型；根据是否输入阈值p来决定对基因调控网络对应的距离范数评价模型进行常规核分解或p限制核分解；最后根根据用户输入的查询节点和条件在核分解后的基因调控网络上进行社区查询，并对查询结果进行评价。通过定义的有向图上的距离范数模型来进行社区查询，提高返回社区查询结果的质量。
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公开(公告)号：CN107358267A
公开(公告)日：2017-11-17
申请号：CN201710595459.4
申请日：2017-07-20
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明提供一种基于互相关特征的乳腺超声图像多元分类系统及方法，包括超声图像预处理单元；感兴趣区域提取单元，用于提取感兴趣区域图像；内部互相关密度特征提取单元，提取感兴趣图像的内部互相关密度特征值；传统特征提取单元，用于提取感兴趣区域图像的多种传统特征值；多元分类单元，用于对分类器进行训练，并将内部互相关密度特征值向量和传统特征向量输入到训练完成的3个分类器进行分类，把被预测最多的类别作为最终分类结果。本发明的分类方法增加了基于感兴趣区域内部互相关密度特征，能够有效地改善乳腺超声计算机辅助诊断效果，并增加了乳腺囊肿这一良性病变的分类类别，进一步满足医生对乳腺超声计算机辅助系统的需求。
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公开(公告)号：CN112802543B
公开(公告)日：2024-04-30
申请号：CN202110048797.2
申请日：2021-01-14
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明提供了一种基于概率图的基因调控网络分析方法，属于基因调控网络分析技术领域。包括：输入概率图，其每个顶点代表一个基因，顶点间的有向边代表基因间存在的调控关系，边上的概率值表示基因间调控关系的强度；在表示基因调控网络的概率图上计算各顶点的中心性，包括度中心性、紧密中心性和中介中心性，对中介中心性计算方法进行了优化；根据概率图上各顶点的中心性，筛选出关键节点；输入源顶点集合和目的顶点，根据实际需要可选择精确计算方法或者近似计算方法计算属于源顶点集合的各源顶点到目的顶点且经过关键节点的可达概率，并根据可达概率对各源顶点进行排序。该方法可以更高效、可靠地分析基因调控网络，大大提高分析结果的准确度。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115881231A
公开(公告)日：2023-03-31
申请号：CN202211580333.7
申请日：2022-12-09
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明提供一种基于基因调控网络的基因间最大概率最短路径查询方法，涉及生物遗传技术领域。输入含有概率的基因调控网络、源顶点s和目标顶点t；设定合适的采样阈值，利用随机抽样的思想，根据边概率随机生成N个可能世界；根据搜索方法计算源顶点s到目标顶点t的最大概率最短路径候选集；根据抽样估计及概率近似方法对候选集中的所有路径进行估计，分析两种方法间的误差，最终得到最大概率最短路径。本发明提出适用于基因调控网络的查询算法，利用Carp‑Luby采样思想提出基于基因调控网络的最大概率最短路径估计值的计算方法，并通过数学方法对概率计算公式进行简化，提出的概率近似查询方法，既减少了采样次数，又能有效提高查询效率。
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公开(公告)号：CN110555530B
公开(公告)日：2022-11-08
申请号：CN201910821699.0
申请日：2019-09-02
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明提供一种基于分布式的大规模基因调控网络构建方法，涉及医学信息学领域，本发明首先利用基因间的互信息值构建出基因调控的概要网络，根据结点的连结情况将网络分为若干个子网络，在每个子网络利用贝叶斯等方法在分布式环境下计算结点的调控方向，再将子网络进行合并，从而得到最终的基因调控网络。该发明可以提高基因调控网络的构建效率，通过分析基因调控网络让我们更系统地剖析细胞的功能，更深刻地洞见生命的本质。
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公开(公告)号：CN109243523B
公开(公告)日：2021-06-11
申请号：CN201810972336.2
申请日：2018-08-24
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明提出一种基于乳腺癌疾病的基因调控网络构建及分析方法，流程包括：乳腺癌相关基因初步筛选；基因调控网络的构建；根据基因调控网络结果，进行节点中心性分析，包括节点的度中心性，接近中心性，中介中心性和特征向量中心性；取网络节点的度中心性，接近中心性，中介中心性和特征向量中心性的前N个数据作为为筛选出的相关基因；在人类基因中有效地筛选出了乳腺癌相关基因，从而建立与乳腺癌疾病相关的基因调控网络，并通过节点中心性分析得到重要基因，可以促进从基因学的角度对乳腺癌疾病的研究，为找到干预乳腺癌疾病发生的有效途径奠定基础。
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公开(公告)号：CN114155913A
公开(公告)日：2022-03-08
申请号：CN202111514147.9
申请日：2021-12-13
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明公开了一种基于高阶动态贝叶斯的基因调控网络构建方法，涉及医学信息学技术领域。通过利用时序基因表达数据去构建基于时间变量的高阶动态贝叶斯基因调控网络，在不同的时间延迟下为目标基因寻找父节点，以提高网络结构构建的准确率。由于高阶网络结构学习的搜索空间非常大，导致结构学习的时间复杂度特别高，为了加快学习速度，提出了在结构学习之前进行潜在调控因子筛选的办法，首先筛选出与目标基因关联度较高的基因作为目标基因的潜在调控因子集，删除与目标基因关联程度较低的基因，以达到缩小搜索空间的目的，可以加快后面进行网络结构学习的速度。
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公开(公告)号：CN109300113B
公开(公告)日：2021-12-24
申请号：CN201810984893.6
申请日：2018-08-28
Applicant: 东北大学
Abstract: 本发明提供一种基于改进凸包方法的肺结节辅助检测系统及方法，涉及计算机辅助检测领域。该系统包括肺轮廓分割、肺实质空洞填充及气管去除、肺边界修补、疑似候选结节分割、灰度共生矩阵构造、Haralick特征参数计算、Haralick特征集合构成和肺结节辅助检测8个单元；该方法包括：获取肺结节图像并预处理；对图像进行二值化分割；去除图像中非重点部分；修补边缘的凹陷；获取疑似候选结节区域并提取其特征值；判断特征值是否符合过滤条件；生成符合条件图像的灰度共生矩阵及Haralick特征集合；获得训练后的ELM诊断器；获得待诊断肺结节图像的风险概率。本方法能够有效改善肺结节患病风险预测的性能，辅助临床医生根据风险概率更好的为病人诊断，提高诊断的准确性。
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