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公开(公告)号:CN112877308B
公开(公告)日:2022-10-11
申请号:CN202110225737.3
申请日:2021-03-01
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提出了一种具有反转录酶活性的DNA聚合酶I大片段及其编码基因、制备方法和应用,所述DNA聚合酶来源于光合藻类,属于I型DNA聚合酶,其具有很高的DNA聚合酶和外切酶活性,同时具有一定的反转录酶活性。本发明具有反转录酶活性的DNA聚合酶I大片段可以用于延伸DNA,制备DNA,同时可以用于以RNA为模板连,利用其反转录酶活性,合成互补的DNA链(cDNA)。将其克隆到pET28表达载体,通过重组表达载体在大肠杆菌中诱导表达,经固定化镍离子亲和纯化,制备DNA聚合酶。将其用于反转录反应,合成cDNA,用于RNA检测与cDNA编码基因的克隆。
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公开(公告)号:CN1147592C
公开(公告)日:2004-04-28
申请号:CN01139251.7
申请日:2001-12-27
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明涉及一种荧光共振能量转移类寡核苷酸基因芯片制备方法,采用将寡核苷酸片段两端分别用不同的荧光基团进行标记,中间用生物素标记的方法,将标记的寡核苷酸片段以微点阵列的形式固定于链亲和素包被的玻片表面,从而制备荧光共振能量转移类基因芯片。本发明制备的基因芯片可用于检测待测核酸的种类与含量,单核苷酸多态性分析以及疾病诊断等领域,待测样品无需预先用荧光标记,由于探针分子没有茎环结构,因此与目标核酸杂交时没有能量障碍,检测的灵敏度高,目标分子可以是DNA、RNA、单链核酸、双链核酸,因此可以提高检测通量。
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公开(公告)号:CN113151213B
公开(公告)日:2022-12-02
申请号:CN202110484455.5
申请日:2021-04-30
Applicant: 上海交通大学 , 中国大洋矿产资源研究开发协会(中国大洋事务管理局)
Abstract: 本发明提出了一种高忠实性DNA聚合酶及其制备方法和PCR应用,属于生物工程技术领域,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明DNA聚合酶来源于嗜热微生物Pyrococcus yayanosii,具有热稳定性高,扩增忠实性高,扩增能力强等特征。DNA聚合酶通过重组表达载体在大肠杆菌中诱导表达,经固定化镍离子亲和纯化和阳离子交换树脂纯化制备。
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公开(公告)号:CN112725300A
公开(公告)日:2021-04-30
申请号:CN202110225794.1
申请日:2021-03-01
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 本发明提出了一种DNA聚合酶γ及其编码基因、制备方法和应用。所述DNA聚合酶γ来源于噬菌体。本发明DNA聚合酶γ具有DNA聚合酶和外切酶活性,且在钙离子存在下同样具有活性,可以用于延伸DNA,制备DNA,同时钙离子下活性可用于检测钙离子的存在。将DNA聚合酶γ克隆到pET‑sumo表达载体,利用sumo蛋白酶标签序列来提高DNA聚合酶γ的可溶性。通过重组表达载体在大肠杆菌中诱导表达,经固定化镍离子亲和纯化,最后蛋白酶切除sumo标签,制备DNA聚合酶γ。
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公开(公告)号:CN101168769B
公开(公告)日:2010-11-17
申请号:CN200710047954.8
申请日:2007-11-08
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明涉及一种基于dU或dI寡核苷酸探针的单核苷酸多态性检测方法。dU或dI寡核苷酸探针序列特征是:全长30-40个核苷酸,5’端第15-25位的一个核苷酸与待检SNP位点配对,3’端第1-15位的一个核苷酸为dU或dI,dU或dI距离待检SNP位点5-15个核苷酸,整条寡核苷酸探针与待检SNP位点两侧核苷酸完全配对。反应组份包括dU或dI寡核苷酸探针,待测单链DNA,热稳定性mutS蛋白,报告DNA模板分子、报告DNA特异性的引物,dNTPs,pfu DNA聚合酶及其反应缓冲液。dU或dI寡核苷酸探针与待测单链DNA杂交后,若SNP位点处形成错配碱基,则PCR可扩增出报告DNA,若SNP位点处形成正确配对碱基,则不能扩增出报告DNA。根据报告DNA扩增结果,可推定待测SNP位点碱基种类。
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公开(公告)号:CN1200114C
公开(公告)日:2005-05-04
申请号:CN01139253.3
申请日:2001-12-27
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 一种荧光共振能量转移寡核苷酸微阵列的核酸检测方法,将未进行荧光标记的待测核酸样品与寡核苷酸微阵列杂交、洗脱,使能够与寡核苷酸探针完全配对的核酸结合在基因芯片上,寡核苷酸微阵列上寡核苷酸片段的序列特征是5′-末端的序列与待测核酸样品目标区域的3′-序列配对,3′-末端的序列与目标区域的5′-序列配对,中间序列是寡聚胸腺核苷酸,两个末端分别用不同的荧光基团修饰,中间用生物素修饰,根据荧光供体基团的激发光波长与荧光受体基团的发射光波长,检测微阵列的荧光信号及其位置,确定待测核酸样品的结构特征及其含量。本发明可用于检测目标核酸的种类与数量、目标核酸的单核苷酸多态性、疾病的基因诊断等领域。
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公开(公告)号:CN1360058A
公开(公告)日:2002-07-24
申请号:CN01139251.7
申请日:2001-12-27
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明涉及一种荧光共振能量转移类寡核苷酸基因芯片制备方法,采用将寡核苷酸片段两端分别用不同的荧光基团进行标记,中间用生物素标记的方法,将标记的寡核苷酸片段以微点阵列的形式固定于streptavidin包被的玻片表面,从而制备荧光共振能量转移类基因芯片。本发明制备的基因芯片可用于检测待测核酸的种类与含量,单核苷酸多态性分析以及疾病诊断等领域,待测样品无需预先用荧光标记,由于探针分子没有茎环结构,因此与目标核酸杂交时没有能量障碍,检测的灵敏度高,目标分子可以是DNA、RNA、单链核酸、双链核酸,因此可以提高检测通量。
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公开(公告)号:CN101182514A
公开(公告)日:2008-05-21
申请号:CN200710047953.3
申请日:2007-11-08
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/09
Abstract: 本发明涉及一种基于dI修饰引物和内切核酸酶V的等温PCR核酸扩增方法,扩增目标核酸的引物与模板完全配对,5'端第10-30位含有1-5个dI核苷酸,dI核苷酸下游具有10-30个核苷酸。等温PCR反应组分包括dI修饰的正向引物与反向引物、目标核酸模板分子、dATP、dTTP、dCTP、dGTP共4种脱氧核糖核苷三磷酸、DNA聚合酶、内切核酸酶V、单链DNA结合蛋白和解螺旋酶。等温PCR混合物经过最初的热变性、杂交退火后,在恒定温度下进行PCR。扩增过程中由内切核酸酶V实现引物-模板复合物的循环再生,引发DNA合成反应;单链DNA结合蛋白与解螺旋酶可提高等温PCR效率。本发明目标核酸的扩增不依赖于热循环仪,操作简便,可用于目标核酸的大规模高产量扩增。
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公开(公告)号:CN101067133A
公开(公告)日:2007-11-07
申请号:CN200710039383.3
申请日:2007-04-12
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明涉及一种基于硫代修饰的连接酶非依赖性基因克隆方法,其中扩增目标基因与质粒载体的引物的5’端第11-21位间的某一磷酸二酯键为硫代修饰;目标基因的正向引物和载体的反向引物,目标基因的反向引物和载体的正向引物,每对引物5’端至硫代修饰上游第2位的连续碱基序列互补配对。PCR扩增目标基因与质粒载体后,纯化PCR产物。5’外切核酸酶从5’端降解DNA链,硫代修饰与5’外切核酸酶消化DNA双链的共同作用会生成长10-20个核苷酸的3’单链突出端。由于目标基因与质粒载体的3’突出端碱基序列互补,形成稳定的完全配对双链,不需要进行DNA连接反应,直接转化大肠杆菌。本发明目标基因克隆不依赖于限制性核酸内切酶与DNA连接酶,操作通量大,可用于大规模基因克隆。
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公开(公告)号:CN116790742A
公开(公告)日:2023-09-22
申请号:CN202310748156.7
申请日:2023-06-25
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6883 , C12Q1/6858 , C12N15/113 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及一种用于检测阿尔兹海默症相关SNP位点的gRNA分型探针、标记引物、试剂盒及检测方法。该SNP位点包括rs671、rs7412、rs429358以及rs7649121;每个位点对应的gRNA分型探针分型探针序列如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:8所示;以及每个位点gRNA的靶标扩增引物序列如SEQ ID NO:9‑SEQ ID NO:16所示。本发明利用CRISPR/Cas13核酸检测技术对一系列与阿尔兹海默症疾病患病风险相关的重要单核苷酸多态性SNP:rs671、rs7412、rs429358、rs7649121进行准确的分型,通过引入额外突变碱基的方法提高了分型区分度,利用RPA核酸恒温扩增技术代替PCR,完成前期靶标分子扩增,简化了操作流程并提高了检测灵敏度。
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