基于分层原子加和模型的分子酸碱解离常数的预测方法

    公开(公告)号:CN101419214A

    公开(公告)日:2009-04-29

    申请号:CN200710047343.3

    申请日:2007-10-23

    Abstract: 本发明涉及一种全新的基于分层原子加和模型的有机小分子酸碱解离常数(pKa)的预测方法。基于在给定温度下酸碱解离平衡的自由能变化的线性关系规律,该方法首先以Hammett-Taft方程和Cherkasov等人提出的“解离中心-其余部分”的处理取代基效应建立一种分层的原子加和模型,然后通过该模型由化合物具体结构计算相应化合物的酸碱解离常数pKa值。该方法不存在常规方法涉及大量取代基电子效应常数及校正因子的困难,同时保证了预测的快速、准确,对多个样本集表现出良好的数据拟合和预测能力,打破传统的在新药研发的早期对药物pKa进行研究,大规模降低了药物研发成本,提高了新药发现效率。

    应用角动量守恒原理模拟生物大分子运动的方法

    公开(公告)号:CN101276382A

    公开(公告)日:2008-10-01

    申请号:CN200810036021.3

    申请日:2008-04-14

    Abstract: 本发明提供一种模拟生物大分子运动的方法,适用于研究离子通道开合和其他因此引起的构象的变化。首先,对生物大分子的指定区域整体沿主轴方向施加一个初始角速度;然后,通过调整该主轴方向的角速度的大小来控制转动,优选地根据角动量守恒原理,通过计算该区域的瞬间转动惯量,调整瞬间角速度的大小,使角动量始终保持不变;最终,通过模拟该区域的转动,引起整个生物大分子的构象变化,优先地分析离子通道的开合变化,进而研究结构构象-功能之间的关系。

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