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公开(公告)号：CN118212987B
公开(公告)日：2024-08-20
申请号：CN202410628294.6
申请日：2024-05-21
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
Abstract: 本发明提供了一种基因数据处理方法、装置、存储介质及电子设备，涉及基因技术领域，该方法包括：获取待测样本的测序数据；对测序数据进行预处理，获得目标测序数据；将目标测序数据与物种数据库进行比对，获得目标物种序列数据集，对目标物种序列数据集进行序列组装，获得组装结果；对组装结果进行基因预测，获得基因预测结果；对各个基因预测结果进行去冗余处理，得到各个非冗余基因序列；将每个非冗余基因序列与耐药基因数据库进行比对，获得每个非冗余基因序列对应的注释结果；基于每个非冗余基因序列对应的注释结果在各个非冗余基因序列中确定出耐药基因序列。应用本发明实施例提供的方法，能够准确地确定出耐药基因序列。
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公开(公告)号：CN115798576B
公开(公告)日：2023-06-02
申请号：CN202310065262.5
申请日：2023-02-06
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明一种预测克雷伯氏菌属对亚胺培南敏感性的系统及方法属于生物信息技术领域。所述系统包括计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序；所述计算机程序被处理器执行时实现一种Exp(‑k)幂值计算方法；所述Exp(‑k)幂值计算方法按下述计算步骤计算：S1：按下述公式I计算k值：公式I：；S2：求取以自然常数e为底数、以‑k为指数的Exp(‑k)幂值；其中，C1‑C5分别为bleomycin resistance determinant、ramA、mphA、KPC‑1、catI基因分别在待预测的克雷伯氏菌属菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行克雷伯氏菌属对亚胺培南敏感性的预测的准确率约99.4%。
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公开(公告)号：CN116042600A
公开(公告)日：2023-05-02
申请号：CN202211012812.9
申请日：2022-08-23
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明涉及生物技术领域，尤其涉及核酸提取试剂、试剂盒及其应用，以及核酸提取方法。本发明提供了核酸提取试剂，包括：抗凝剂、CSB、LMP、红细胞裂解液、白细胞裂解液、溶菌酶、蛋白酶K、RNase、溶胶酶和透析缓冲液。本发明提供了一种针对血流感染病原菌的长短片段共提取试剂或试剂盒，该试剂或试剂盒的效果可以达到：短至100bp左右的cfDNA，直到长至大于2Mb的病原菌gDNA在同一提取管中共同提取，实现了长度跨度极大的长短片段共同提取，比现有只能分相提取的方案节省一半的时间及样本量，且因操作简便而可减少污染的可能。
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公开(公告)号：CN115798577B
公开(公告)日：2023-04-21
申请号：CN202310065354.3
申请日：2023-02-06
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明一种预测克雷伯氏菌属对左氧氟沙星敏感性的系统及方法属于生物信息技术领域。所述系统包括计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序；所述计算机程序被处理器执行时实现一种Exp(‑k)幂值计算方法；所述Exp(‑k)幂值计算方法按下述计算步骤计算：S1：按下述公式I计算k值：公式I：；S2：求取以自然常数e为底数、以‑k为指数的Exp(‑k)幂值；其中，C1‑C5分别为TEM‑1、OmpA、AAC(6')‑Ib‑cr6、KPC‑1、QnrS1基因分别在待预测的克雷伯氏菌属菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行克雷伯氏菌属对左氧氟沙星敏感性的预测的准确率约89.5%。
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公开(公告)号：CN115881213A
公开(公告)日：2023-03-31
申请号：CN202310065171.1
申请日：2023-02-06
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 杭州杰毅生物技术有限公司
Abstract: 本发明一种预测克雷伯氏菌属对哌拉西林‑他唑巴坦敏感性的系统及方法属于生物信息技术领域。所述系统包括计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序；其被处理器执行时实现一种Exp(‑k)幂值计算方法；按下述计算步骤计算：S1：按公式I计算k值：公式I：；S2：求取以自然常数e为底数、以‑k为指数的Exp(‑k)幂值；其中，C1‑C5分别为dfrA12、KPC‑1、determinant of bleomycin resistance、mphA、sul2基因分别在待预测的克雷伯氏菌属菌株中的拷贝数。采用本发明的预测方法和预测系统进行克雷伯氏菌属对哌拉西林‑他唑巴坦敏感性的预测的准确率约98.3%。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN115466682B
公开(公告)日：2023-03-24
申请号：CN202211416787.0
申请日：2022-11-14
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 予果生物科技(北京)有限公司
IPC: C12N1/04
Abstract: 本发明属于微生物保存技术领域，涉及一种微生物保存液及其使用方法。本发明提供的微生物保存液，以质量份计，由以下有效成分构成：聚乙烯醇42‑75份、低密度脂蛋白2‑3份、四氢嘧啶6‑40份、硫乙醇酸钠0.5‑1.2份和甘油100份。本发明提供的微生物保存液为微生物保存提供载体，能有效保护微生物活性，提高菌体存活率和菌体活性。
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公开(公告)号：CN112538538B
公开(公告)日：2022-10-14
申请号：CN202011349887.7
申请日：2020-11-26
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
Abstract: 本公开涉及一种用于脓肿分枝杆菌检测的试剂盒及系统，该试剂盒包括用于检测分子标志物的试剂，其中，所述分子标志物包括benM基因、aqpZ基因、aldHT基因、osmX基因、fsr基因、rrl A1173G位点和aceE C867T位点中的至少一种。通过识别上述分子标志物，本公开能够实现脓肿分枝杆菌的精确检测。
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公开(公告)号：CN112538539B
公开(公告)日：2022-09-23
申请号：CN202011349925.9
申请日：2020-11-26
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
Abstract: 本公开涉及一种用于鸟分枝杆菌检测的试剂盒及系统，该试剂盒包括用于检测分子标志物的试剂，其中，所述分子标志物包括nikA基因、ddpC基因、yejF基因、rrl G2368T位点、rrl T3066A位点、acpM C177T位点中的至少一种。通过识别上述分子标志物，本公开能够实现鸟分枝杆菌的精确检测。
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公开(公告)号：CN115064218A
公开(公告)日：2022-09-16
申请号：CN202210986706.4
申请日：2022-08-17
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院
Abstract: 本申请公开了一种构建病原微生物数据鉴定平台的方法及装置，所述方法包括：将病原微生物数据进行去重复、去缺失、删除无关信息、数值替换和数据类型转化处理；利用处理后的病原微生物数据构建数据集，所述数据集包括所述处理后的病原微生物数据和与所述处理后的病原微生物数据对应的数据鉴定标签；基于所述数据集，使用PreAI算法构建模型；根据所述模型构建平台。本申请通过对病原微生物数据中的重复、缺失、无关信息等内容进行去除，并且对部分数据进行了数值替换和数据类型转化，有效提高了后续对于模型训练的效率以及准确性，从而能够有效减少鉴定病原微生物数据所需要耗费的时间成本和人工成本。
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公开(公告)号：CN114807403A
公开(公告)日：2022-07-29
申请号：CN202210725237.0
申请日：2022-06-24
Applicant: 中国医学科学院北京协和医院 , 领航基因科技(杭州)有限公司
IPC: C12Q1/689 , C12Q1/6851 , C12Q1/04 , C12N15/11
Abstract: 本公开涉及一种用于检测普罗威登斯菌的核酸试剂和数字PCR试剂盒，该核酸试剂包括SEQ ID NO.1‑6所示的引物和SEQ ID NO.9‑11所示的探针。本公开建立了同时检测斯氏普罗威登斯菌、产碱普罗威登斯菌和雷氏普罗威登斯菌的检测体系；检测体系中含有外源内控作为对照，能够对检测过程进行质控；检测结果具有良好的灵敏度和特异性。
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