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公开(公告)号：CN111462827B
公开(公告)日：2023-07-28
申请号：CN202010466655.3
申请日：2020-05-28
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种基于核受体二聚过程的雌激素干扰活性定量预测方法，属于预测毒理学领域。本发明首先获取雌激素受体的晶体结构，并确定晶体结构中配体的雌激素效应EC50值，然后对雌激素受体的晶体结构的受体蛋白和配体分子进行预处理；然后构建复合体对复合体进行分子动力学模拟，计算复合体的自由结合能；建立定量相关关系，拟合回归预测模型；最后利用所拟合的回归模型进行雌激素干扰活性预测。本发明综合考虑了受配体结合、二聚化、共因子招募过程，然后利用分子动力学方法计算复合体的结合能，并建立预测回归模型，有效地提高了雌激素干扰活性的预测准确性。
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公开(公告)号：CN110610745B
公开(公告)日：2021-12-24
申请号：CN201910904484.5
申请日：2019-09-24
Applicant: 南京大学
IPC: G16C10/00
Abstract: 本发明公开了一种基于增强采样分子动力学模拟的混合拟、抗雌激素效应的识别和预测方法，基于核受体变构和共调节因子调控机制，采用增强采样分子动力学模拟方法，通过识别局部和全局自由能最低点并进行动态轨迹聚类，提取配体化合物作用下雌激素受体α的稳态构象，并根据受体第12号螺旋稳定位置与共调节因子招募/抑制机制的关系，判断受测化合物的雌激素干扰效应，识别和预测拟性、抗性和混合拟、抗性干扰物。相比于传统体外实验方法，此方法成本低廉、效率更高，且避免了混合拟、抗性干扰物的细胞特异性问题；相比于已有的计算机辅助筛选方法，此方法能有效识别稳态构象，实现混合拟、抗雌激素干扰效应的预测。
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公开(公告)号：CN113409899A
公开(公告)日：2021-09-17
申请号：CN202110677549.4
申请日：2021-06-18
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明公开了一种基于作用模式的人类发育毒性预测的方法，属于化学品的人类发育毒性虚拟筛选与活性预测领域。包括构建化合物活性数据集，基于人类发育毒性作用模式，选取了有害结局路径，收集了有害结局路径信号通路上的研究事件及其活性数据；并基于所述数据集构建第一预测模型；然后利用若干种具有体内实验数据的化合物，以及利用所述第一预测模型对具有体内实验数据的化合物进行预测的预测结果，利用朴素贝叶斯算法训练得到第二预测模型；将待测化合物输入到所述第一预测模型中进行定性预测，并将定性预测结果输入所述第二预测模型，完成对化学品的人类发育毒性进行预测。本发明可以对潜在基于作用模式的人类发育毒性化学品进行高通量筛查。
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公开(公告)号：CN111413444A
公开(公告)日：2020-07-14
申请号：CN202010441244.9
申请日：2020-05-22
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明提供一种基于特征液质碎片匹配的环境样品中雄激素活性物质的鉴别方法，包括选取与雄激素活性相关的“活性警示结构”；将“活性警示结构”进行分类，建立“活性警示结构”与质谱特征碎片结构相关关系；提取可表征活性的特征碎片，并通过标准品和质谱谱图数据库进行验证；构建基于特征碎片的雄激素活性物质筛选方法并应用。本发明方法相比传统方法通量更高，覆盖的化合物范围更广，类别更多，建立了毒性特征和质谱碎片之间的直接联系，能进行大量未知化合物的高通量筛选，无需确定化合物完整结构，依据二级碎片的匹配就可快速筛选出可能的雄激素活性物质，大大提高了非目标的筛查效率，进而为环境中关键毒性物质识别提供新的技术方案。
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公开(公告)号：CN104878002B
公开(公告)日：2018-09-11
申请号：CN201510300317.1
申请日：2015-06-05
Applicant: 南京大学
IPC: C12N15/11 , C12Q1/686 , C12Q1/6888
Abstract: 本发明公开了一种检测水体鸭粪污染的巢式PCR试剂盒及其检测方法，属于水体污染检测领域。一种检测水体中鸭粪污染的巢式PCR试剂盒，包括两对巢式PCR引物、dNTP、PCR buffer、Taq酶、Mg2+溶液和ddH2O，该巢式PCR方法使用两轮PCR扩增，检测方法如下：提取待测水样DNA，以其为模板进行第一轮PCR扩增，引物为SDF、SDR，反应结束后，以第一轮PCR产物为模板，进行第二轮PCR扩增，引物为NDF、NDR，反应结束后，琼脂糖凝胶电泳检测158bp条带存在表明水体收受到鸭粪污染。该方法通过巢式PCR扩增，大大增加了检测的灵敏度，可以检测到水中存在的微量鸭粪污染，并且具有良好的特异性，可直接应用于水体粪便污染检测及防治工作中。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN105893759A
公开(公告)日：2016-08-24
申请号：CN201610201950.X
申请日：2016-04-01
Applicant: 南京大学
IPC: G06F19/00
CPC classification number: G06F19/12 , G01N2333/723 , G06F19/16 , G06F19/18 , G06F19/00
Abstract: 本发明公开了一种基于核受体共调节因子的甲状腺激素干扰物虚拟筛选及其干扰活性的定量计算方法，它基于核受体共调节因子调节机制，采用分子动力学模拟和结合自由能计算方法，通过12号螺旋的稳定位置、甲状腺激素的后踢与共激活因子、共抑制因子相互关系判断受测化合物的甲状腺激素干扰效应，区分积极的抗性、消极的抗性和拟性效应，通过计算配体?受体结合自由能预测相关活性大小。与现有技术相比，本发明相比于传统的体外筛查方法，成本低廉、操作简单、效率更高；相比于其他虚拟筛选方法，此方法更全面地考虑了分子作用机制，可以区分拟性和抗性，定性和定量预测结果更可靠。
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公开(公告)号：CN105891365A
公开(公告)日：2016-08-24
申请号：CN201610252354.4
申请日：2016-04-21
Applicant: 南京大学
CPC classification number: G01N33/5014 , B01D15/00 , G01N33/743 , G06F17/30424 , G06F19/00 , G06F19/326 , G01N30/02 , G01N30/06 , G01N30/08 , G01N2030/027 , G01N2030/062 , G01N2030/065
Abstract: 本发明公开了一种以效应为导向复杂环境样品中目标/非目标雄激素干扰物鉴别方法，其步骤为：样品前处理及初步分离；雄激素活性测试；致毒物质的高通量分离与制备；基于高效液相色谱–飞行时间质谱的活性组分扫描；雄激素干扰物目标性筛选；结合质谱、色谱和毒性特征的雄激素干扰物非目标性鉴别与毒物确认。本发明利用SPE柱和制备分离相串联的方法进行分离，将DMSO作保护剂优化高通量分离浓缩方法，利用目标数据库实现关键毒物目标性鉴别，基于高效液相色谱–飞行时间质谱谱库进行质谱特征鉴别、基于保留时间与化合物物化性质进行色谱特征鉴别、基于分子动力学模拟技术进行毒性特征鉴别，进而实现关键雄激素干扰物的非目标性识别与毒物确认。
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公开(公告)号：CN103983727B
公开(公告)日：2016-04-13
申请号：CN201410236171.4
申请日：2014-05-29
Applicant: 南京大学
IPC: G01N30/88
Abstract: 本发明公开了一种以大型溞毒性为先导的农药废水中关键致毒物质鉴别方法，属于非目标污染物识别领域。其步骤包括：水样中有机物的富集；水样有机提取物的大型溞毒性实验；水样有机提取物的分级分离，将不同极性的化合物分开；分离组分的大型溞毒性实验；致毒组分中化合物的定性识别、定量确认。本发明利用分级分离技术将不同极性的化合物分开，筛选致毒组分来降低样品的复杂性，通过高效液相色谱-飞行时间质谱来定性识别潜在致毒物质，利用液质联用对可疑致毒物定量确认，弥补了传统非目标性化学分析无法得到混合体系中关键致毒污染物的不足，同时通过分级分离与特征物筛选分辨率高，准确度高，信息量大，使得非目标性关键毒物鉴别更加便捷可靠。
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公开(公告)号：CN104878106A
公开(公告)日：2015-09-02
申请号：CN201510300853.1
申请日：2015-06-05
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6848 , C12Q2531/113 , C12Q2549/119 , C12Q2565/125
Abstract: 本发明公开了一种检测水体鸡粪污染的巢式PCR试剂盒及其检测方法，属于水体污染检测领域。一种检测水体中鸡粪污染的巢式PCR试剂盒，包括两对巢式PCR引物、dNTP、PCR buffer、Taq酶、Mg2+溶液和ddH2O，该巢式PCR方法使用两轮PCR扩增，检测方法如下：提取水样DNA，以其为模板进行第一轮PCR扩增，引物为SCF、SCR，反应结束后，以第一轮PCR产物为模板进行第二轮PCR扩增，引物为NCF、NCR，结束后，琼脂糖凝胶电泳检测403bp条带存在表明水体收受到鸡粪污染。该方法通过巢式PCR扩增，大大增加了检测的灵敏度，可以检测到水中存在的微量鸡粪污染，并且具有良好的特异性，可直接应用于水体粪便污染检测及防治工作中。
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公开(公告)号：CN104846113A
公开(公告)日：2015-08-19
申请号：CN201510305364.5
申请日：2015-06-05
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6876
Abstract: 本发明公开了一种同时检测水中狗、猪、鸡粪便污染的PCR试剂盒及其检测方法，属于水体粪便污染检测领域。一种同时检测水中猪、狗、鸡粪便污染的试剂盒，包括引物、dNTP、PCR buffer、Mg2+溶液和ddH20，利用该试剂盒检测水体粪便污染方法如下：提取待测水样DNA，以其为DNA为模板，利用试剂盒中提供的引物、dNTP、PCR buffer、Taq酶、Mg2+溶液和ddH20进行PCR扩增，PCR产物通过琼脂糖凝胶电泳后在紫外灯下观察，若出现390bp、490bp、和783bp的条带，则分别对应指示水中存在狗、猪、鸡粪便污染。该试剂盒可准确检测到水中单独存在或随机组合存在的狗、猪、鸡粪便污染，最多可同时检测到以上三种粪便污染，在排查粪便污染源时，可在很大程度上节省检测时间和费用，具有较高的应用前景。
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