公开(公告)号：CN114678081A

公开(公告)日：2022-06-28

申请号：CN202210491027.X

申请日：2022-05-07

Applicant: 辽宁大学

Inventor： 刘宏生 ,  于笑雪 ,  张力 ,  徐鑫

IPC: G16C20/30 ,  G16B25/00 ,  G06K9/62

Abstract: 本发明涉及一种融合网络拓扑信息的化合物‑蛋白质相互作用预测方法，包括以下步骤：步骤1：数据预处理；步骤2：构建相互作用网络，计算网络中每个节点的中心性度量；步骤3：对于数据集中每对化合物和蛋白质，使用基于共同邻居数的方法，计算化合物与蛋白质的相关性度量；步骤4：构建一个基于transformer的模型，将节点的中心性加到节点特征中。步骤5：将每对节点的相关性作为交叉注意模块中的偏置项。步骤6：利用全连接层输出预测概率。本发明考虑到了相互作用网络中的拓扑信息，将蛋白质和化合物本身的性质与相互作用网络的拓扑信息融合，有效地利用拓扑信息提高了化合物‑蛋白质相互作用预测的准确率。

公开(公告)号：CN106755550B

公开(公告)日：2020-12-08

申请号：CN201710157709.6

申请日：2017-03-16

Applicant: 辽宁大学

Inventor： 刘宏生 ,  张新刚 ,  张力 ,  艾海新

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/04 ,  C12R1/63

Abstract: 本发明涉及一种水产养殖动物体内溶藻弧菌的PCR检测方法。提取水产养殖动物组织的总DNA；以所提取的DNA为模板，采用溶藻弧菌特异性引物，进行PCR扩增；所述的溶藻弧菌特异性引物是针对菌种溶藻弧菌的topA基因的特异性引物P1、toxR基因的特异性引物P2、toxR基因的特异性引物P3；根据PCR扩增产物的琼脂糖凝胶呈像结果判断水产养殖动物是否被溶藻弧菌感染。本发明使得水产养殖动物体内残留溶藻弧菌的检测更为简便，为今后水产养殖动物体内残留溶藻弧菌检测和分析提供了必要的理论依据和完善的方法体系，同时为我国水产品病原菌检测和我国食品进出口安全奠定基础。

公开(公告)号：CN106868129A

公开(公告)日：2017-06-20

申请号：CN201710094757.5

申请日：2017-02-22

Applicant: 辽宁大学

Inventor： 刘宏生 ,  张新刚 ,  张力 ,  艾海新

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/04

CPC classification number: C12Q1/689 ,  C12Q1/686 ,  C12Q2565/125

Abstract: 本发明涉及一种麦氏弧菌特异性引物及在检测水产养殖动物体内麦氏弧菌中的应用。本发明设计的麦氏弧菌特异性引物由上游引物F:AACGATCTACTTGTTTCTCAGCC和下游引物R:GCCTGTACGACGAATATCTAAGC构成。本发明设计的麦氏弧菌特异性引物，能有效从各常见致病菌株中区分出麦氏弧菌，表现出很强的特异性和灵敏性。本发明所提供的水产养殖动物体内麦氏弧菌的PCR检测方法，使得水产养殖动物体内残留麦氏弧菌的检测更为简便。本发明方法的确立为今后水产养殖动物体内残留麦氏弧菌检测和分析提供了必要的理论依据和完善的方法体系，同时为我国水产品病原菌检测和我国食品进出口安全奠定基础。

公开(公告)号：CN103646193B

公开(公告)日：2016-07-06

申请号：CN201310723968.2

申请日：2013-12-24

Applicant: 辽宁大学

Inventor： 艾海新 ,  刘宏生 ,  张力 ,  赵健

IPC: G06F19/20 ,  C12Q1/68 ,  C12N15/11 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明公开一种用于近缘物种鉴别的PCR引物设计方法。本发明方法包括：获得目标种系和非目标种系同一基因的多条DNA序列，并进行多序列比对，获得多序列比对文件；按照常规引物设计方法设计出多个上游引物和下游引物，并排除敏感性和特异性低于设定阈值的单向引物；剩余的上游引物和下游引物互相配对，产生引物对，排除不合理的及敏感性和特异性较低的引物对；计算剩余各引物对的P值，进行聚类分析，取出每类中P值最小的引物对作为设计得到的PCR引物。本发明提供的用于近缘物种鉴别的PCR引物设计方法，能快速设计出对目标种系具有高度特异性且敏感性高的PCR引物，降低了种系特异性PCR引物设计的难度。

公开(公告)号：CN103602738B

公开(公告)日：2015-04-08

申请号：CN201310566790.5

申请日：2013-11-12

Applicant: 辽宁大学

Inventor： 刘宏生 ,  艾海新 ,  张力 ,  赵健

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明涉及一种快速鉴定扇贝品种的多重PCR引物及方法。属于应用生物技术领域。快速鉴定扇贝品种的多重PCR引物，由栉孔扇贝引物、华贵栉孔扇贝引物、海湾扇贝引物和虾夷扇贝引物组成。鉴定方法包括以下步骤：提取扇贝基因组总DNA，进行多重PCR扩增，根据琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物大小判定待检测扇贝种类。栉孔扇贝、海湾扇贝、虾夷扇贝和华贵栉孔扇贝的PCR产物条带大小分别为514bp、367bp、205bp和149bp。本发明的鉴定引物及多重PCR方法可以灵敏、快速地确定待检测扇贝样品的种类，较传统检测方法具有操作简单、可重复性强、成本低等优点。

公开(公告)号：CN103646193A

公开(公告)日：2014-03-19

申请号：CN201310723968.2

申请日：2013-12-24

Applicant: 辽宁大学

Inventor： 艾海新 ,  刘宏生 ,  张力 ,  赵健

IPC: G06F19/20 ,  C12Q1/68 ,  C12N15/11 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明公开一种用于近缘物种鉴别的PCR引物设计方法。本发明方法包括：获得目标种系和非目标种系同一基因的多条DNA序列，并进行多序列比对，获得多序列比对文件；按照常规引物设计方法设计出多个上游引物和下游引物，并排除敏感性和特异性低于设定阈值的单向引物；剩余的上游引物和下游引物互相配对，产生引物对，排除不合理的及敏感性和特异性较低的引物对；计算剩余各引物对的P值，进行聚类分析，取出每类中P值最小的引物对作为设计得到的PCR引物。本发明提供的用于近缘物种鉴别的PCR引物设计方法，能快速设计出对目标种系具有高度特异性且敏感性高的PCR引物，降低了种系特异性PCR引物设计的难度。